之後，東晉內亂，桓玄篡位，譙蜀獨立，疆域逐漸萎縮。
劉裕崛起後，攻滅譙蜀並發動兩次北伐，收復蜀地、青兗、司豫及關中地區。
然而劉裕因故返京，將領內亂，夏人入侵，導致關中得而復失。
此時，東晉領有揚、北徐、豫、江、北青、司、荊、北雍、東益、寧、交、廣、北並、北冀、梁、徐、北兗等十七州，及幽、冀、東秦、青、並、兗、秦、雍等僑州，共二十五州。
東晉的統治區襲承西晉，雖然也是實行州、郡、縣三級制，但是其州郡越分越多，從而導致轄區縮小。
西晉末年，大量流民南渡。
東晉朝廷為了安撫僑民及僑姓世族，以原籍州郡縣名寄治別處，而無實地，此即僑州郡縣。
等到安定後實施土斷，使其州郡領有實地，戶籍和賦役與一般州郡縣相同。
東晉沿襲西晉軍事制度，但已有變化。
軍事上，因為皇權衰微，中軍往往有名無實，同駐京師的還有揚州都督所屬軍隊。
外軍大多由世族的軍隊組成，統軍將領稱霸一方，其中荊州軍甚至超越中央。
東晉多次北伐，確有助於鞏固偏安之局，但如果方鎮具有野心，往往藉此篡位。
關於兵源方面，因為戰亂軍戶大減，兵員改以募兵補充，或直接徵兵。
其中，由北方流民招募組成的北府兵，屢次擊敗強敵，在東晉後期等級如同中軍。
政治上，東晉朝廷逐漸形成了門閥制度，地方設立僑置州郡。
經濟上，東晉勸課農桑、出現莊園經濟，江南得到了初步的開發。
然而，漢末三國以來土地兼併的情況，到了東晉時期卻是愈演愈烈。
賦稅上，在淝水之戰後，東晉基本恢復了西晉的戶調之式。
謝安的王公以下都要交稅，而在役者可以免交的制度被改變了。
由此可以見到，人們把役、調對舉，服役者不能免調，輸調者不能免役。
《晉書·範寧傳》所記便有“舉召役、調，皆相資須”之言。
所謂“皆相資須”，即役、調都得承擔。
聞人奭也有“百姓單貧，役、調深刻”之言《晉書·會稽文孝王道子傳》），百姓是既要交稅，又要服役，從而出現了“流瑾不絕”的現象，王公貴族卻是從來不服役的。
淝水之戰前要納稅，而戰後，也看不到有關他們納稅的規定。
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南朝有所謂“復士”，推其源當始於淝水之戰。
淝水之戰後，親屬雖不可蔭，世族公卿本人卻重新變成了可以享受免稅特權的階層。
這又是鎮之以靜方針被破壞的表現。
人口方面，由於北方戰亂不堪，大量人民逃至南方，從而形成一股人口大流動。
