1908年11月光緒帝和慈禧太后相繼病死，年幼的溥儀繼位，改元“宣統”，其父載灃為攝政王。載灃因為反對袁世凱的很多新政措施，更因為戊戌政變一事他懷疑袁世凱出賣維新派，致使光緒被慈禧太后幽禁至死），對袁世凱非常痛恨，成為攝政王后立即解除袁世凱的官職，袁稱疾返回河南，最初隱居於輝縣，後轉至安陽。袁在此期間韜光養晦，暗地裡仍關心政事，等待時機復出。被解職的袁世凱回到了河南安陽的洹上村，過起了賦閒垂釣的生活。並寫了名為《自題漁舟寫真二首》的兩首詩，其中的一首“百年心事總悠悠，壯志當時苦未酬。野老胸中負兵甲，釣翁眼底小王侯。思量天下無磐石，嘆息神州變缺甌。散發天涯從此去，煙蓑雨笠一漁舟。”
1911年10月10日武昌起義，1911年11月1日清廷宣佈解散皇族內閣，任命袁世凱為內閣總理大臣。11月13日袁世凱抵達京師，16日組織新內閣。其成員是：外務大臣梁敦彥，民政大臣趙秉鈞、度支大臣嚴修、學務大臣唐景崇、陸軍大臣王士珍、海軍大臣薩鎮冰、司法大臣沈家本、農工商大臣張謇、郵傳部大臣楊士琦、理藩大臣達壽。並以胡惟德、烏珍、陳錦濤、楊度、田文烈、譚學衡、梁啟超、熙彥、梁如浩、榮勳分任各部副臣。
就任總統
1911年10月10日武昌起義，辛亥革命爆發，南方各省紛紛宣佈獨段祺瑞立。北洋新軍成為清室唯一可以抵抗革命的力量，於是再用袁世凱，先任其為湖廣總督，旋任其為內閣總理大臣。袁世凱一面以武力壓迫南方革命，另一方面暗中與革命黨人談判。革命黨人也認為袁世凱是能領導中國的政治領袖。12月29日，南方十七省選出孫文擔任中華民國第一任臨時大總統，1912年1月1日在南京宣佈民國成立，孫文就任。當時革命黨節節敗退，武漢三鎮已被袁世凱北洋軍攻下兩鎮。1月16日，袁世凱回家路上，在東華門丁字街遭到同盟會京津分會組織的炸彈暗殺，炸死袁衛隊長等十人，袁世凱倖免於難。為了結束南北對立，1月25日，袁世凱及各北洋將領通電支援共和。2月12日，袁世凱逼清帝遜位，隆裕太后接受優待條件，清朝對中國的統治宣告終止。
1912年2月15日，南京參議院正式選舉袁世凱為臨時大總統。依據中華民國臨時約法，改總統制為內閣制，大大削減袁世凱的權力，但袁堅持於3月10日在北京就職。[6]
摺疊宋教仁事件
1913年2月，依據臨時約法，舉行了中國歷史上第一次國會選舉。國民黨所得議席最多，按約法精神應由該黨理事長宋教仁出任內閣總理。3月20日，宋教仁卻在上海遇刺身亡，全國大譁。革命元勳孫文、黃興等指袁氏授意暗殺，袁世凱則予以否認；當時之證據指向時任國務總理趙秉鈞涉嫌教唆殺人，而宋案兇手武士英則是共進社成員，屬國民黨陣營。宋教仁案成為歷史之謎。當年7月孫文組織了中華革命黨，發動二次革命，武力討伐袁世凱，遭到失敗。二次革命開創了民國武力解決爭端的先例，也開創了民國軍閥混戰的先例。10月6日，國會選舉袁世凱為第一任大總統，袁世凱隨即於北京故宮太和殿就職。11月4日，袁世凱下令解散中國國民黨，並收繳國民黨議員證書。國會因人數不足而無法開會。1914年1月，袁世凱悍然下令解散國會。袁堅持“人民濫用民主自由、人民政治認識尚在幼稚時代”，廢止中華民國臨時約法，於5月正式推出新的《袁氏記法》，改內閣製為總統制。之後再修改總統選舉法，總統任期10年，任屆沒有限制，可指定三個新總統候選人。
簽訂二十一條
1915年1月18日，日本駐華公使日置益晉見袁世凱，遞交了二十一條要求的檔案，並要求袁政府“絕對保密，儘速答覆”。二十一條共分五大項：1承認日本繼承德國在山東的一切權益，山東省不得讓與或租借他國。2承認日本人有在南滿和內蒙古東部居住、往來、經營工商業及開礦等項特權。旅順、大連的租借期限並南滿、安奉兩鐵路管理期限，均延展至99年。3漢冶萍公司改為中日合辦，附近礦山不準公司以外的人開採。4所有中國沿海港灣、島嶼概不租借或讓給他國。5中國政府聘用日本人為政治、軍事、財政等顧問。中日合辦警政和兵工廠。武昌至南昌、南昌至杭州、南昌至潮州之間各鐵路建築權讓與日本。日本在福建省有開礦、建築海港和船廠及築路的優先權等等。
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二十一條要求嚴重損害了中國的主權，袁世凱不敢立即表示接受。訊息一經傳開，反日輿論沸騰。歐美列強對日本損害他們在華的侵略權益一致不滿，紛紛給予抨擊。正式談判於1915年2月2日開始。日本以支援袁世凱稱帝引誘於前，以武力威脅於後，企圖使袁世凱政府全盤接受。中國人民反日愛國鬥爭日趨高漲，日本見事態嚴重，便一面宣佈第五項為希望條件，屬於勸告性質；一面提出新案，內容與原要求一至四項基本相同，僅將若干條文改用換文方式。5月7日日本發出最後通牒，限48小時內應允。袁世凱指望歐美列強幹涉落空，便以中國無力抵禦外侮為理由，於5月9日遞交覆文表示除第五項各條容日後協商外，接受日本的要求。5月25日在北京簽訂了所謂“中日條約”和“換文”。
二十一條是日本帝國主義以吞併中國為目的而強加於中國的單方面“條約”，袁政府事後也不得不宣告此項條約是由於日本最後通牒而被迫同意的。此後歷屆中國政府均未承認其為有效條約。
洪憲帝制
1915年12月，在國會、民眾請願團妓女請願團、乞丐請願團[1]）、籌安會和各省國民代表的推戴下，恢復了君主制。袁世凱多次揖讓，最終接受皇帝之尊號，建立中華帝國，以1916年為洪憲元年，行君主立憲政體，把總統府改為新華宮。12月23日，袁世凱身著袞冕在天壇祭天，並擬定於1916年1月1日舉行登基大典。袁世凱即位後，擬定《新皇室規範》，其中包括“親王、郡王可以為海陸軍官，但不得組織政黨並擔任重要政治官員；永廢太監製度；永廢宮女採選制度；永廢各方進呈貢品制度；凡皇室親屬不得經營商業，與庶民爭利。”然而，孫中山、梁啟超等人堅決反對帝制，北洋將領段祺瑞、馮國璋等也深為不滿，段祺瑞致電袁世凱：“恢復國會，退位自全”。12月25日，蔡鍔、唐繼堯等在雲南宣佈起義，發動護國戰爭，討伐袁世凱。貴州、廣西相繼響應，1916年3月22日袁世凱被迫宣佈退位，恢復“中華民國”年號，起用段祺瑞為國務卿兼陸軍總長，企圖依靠段團結北洋勢力，壓制南方起義力量，但起義各省沒有停止軍事行動。5月下旬袁世凱憂憤成疾，1916年6月6日，袁世凱因尿毒症不治而亡，時年57歲。同年8月24日正式歸葬於河南安陽。
袁世凱被後人指責最多的是他稱帝問題。其實袁世凱袁世凱的年號“洪憲”是弘揚憲法的意思。袁世凱所謂的弘揚憲法，不過是欺瞞國人的把戲而已。當時倡導袁世凱君主立憲的有楊度、嚴復、劉師培、孫毓筠、李燮和、胡瑛等。
袁世凱稱帝，與楊度等君主立憲人士蠱惑及長子袁克定迷戀太子權位是分不開的，其中最嚴重的是袁克定偽造《順天時報》，營造日本支援袁世凱稱帝的氛圍此事被袁世凱次子袁克文和女兒袁叔楨無意中發現），袁世凱曾責袁克定“欺父誤國”。袁世凱死後，王士珍、張鎮芳等開啟金匱石屋，找出了袁世凱留下的繼承者的提名，只見上面親筆寫著：黎元洪、段祺瑞、徐世昌。按照《大總統選舉法》袁世凱修改過後）的規定，前任總統所推薦的三人，將作為總統的候選人，從三人中選出一人為總統，名單寫於嘉禾金簡，藏於金匱石屋內。）
“洪憲”憲法
袁世凱稱帝逆歷史潮流而行，但事實上，沒有人知道他想要的究竟是一個什麼樣的帝制。
近年學界不斷有新論指出，袁世凱改元“洪憲”，即弘揚憲法之意。從頒佈的“新皇室規範”中可以看出一些“新”內容，比如某些對於皇權的監督機制和法律：自親王以下至於宗室，犯法治罪與庶民一律；親王、郡王可以為海陸軍官，但不得組織政黨，並擔任重要政府官員；永廢太監製度；凡皇室親屬不得經營商業，與庶民爭利，等等。
“袁世凱很清楚，過去的君主專制制度已經玩不下去了。他本人也曾是晚清立憲派的領袖人物，並在天津試點推行普選，產生議會。”袁世凱研究專家、廣州市社科院研究員劉路生表示，袁世凱並沒有一個完整的制度建設構想，歷史給他的時間太短了。民國初年紛爭不已，讓他忙於應付，根本來不及著力於此。
但劉路生同時又認為，以袁世凱的個性，他應該也不會願意成為一位“虛君”。有人揣測，袁可能是想選擇日本或德國式的君主制。袁世凱的長子袁克定自幼起即隨袁世凱去朝鮮及山東、直隸各地，並曾留學德國，對德國的強大和君主制印象十分深刻。
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