而潘越名在之後發現，他的合作伙伴，也是他的摯友每天都用作為“後門”的應急預案偷偷獲取本該被刪除的“無關名單”，然後嘗試去幹預和拯救這些並非kb襲擊的預期事故或犯罪事件，因為官方設定的嚴密保護和防火牆，他只能獲取可能會發生的犯罪的罪犯或受害者的身份證號碼。
事情暴露後，潘越名與摯友因為理念不合而翻臉，潘越名堅持機器應該用在預防kb襲擊上，而不能肆意干涉正常社會的運轉，這會帶來非常危險的後果，每天那麼多意外事故、那麼多犯罪事件，你只能干預一個兩個。
這跟人類的本性相關，“天下無罪”是個烏托邦的幻想，即便說服官方出手，把機器當作“犯罪先知”開始透過名單抓人，掃除犯罪，那麼可能烏托邦沒實現，反而釋放了更可怕的潘多拉魔盒。
潘越名解除了好友同時也是他十幾年的合作伙伴的的許可權，將其趕出了公司。
沒想到在與好友翻臉後不久，摯友就死於一場犯罪事件，而當潘越名進入機器，調取當天還未刪除的“無關名單”時，發現他的摯友的身份證號就在這個“無關名單”中。
當“無關名單”跟他有關時，“無關名單”就不是一行行簡單的數字了。
摯友的死亡讓他的觀念出現了改變，他決心繼承摯友的遺願，哪怕不能實現“天下無罪”的烏托邦，但是能救一個是一個。
每天出現又會在第二天零時刪除的“無關名單”此時在他眼裡已經不只是一行行數字了，而是一個個將會在一起起事故和罪案中失去生命的人。
以上就是這部劇的整體設定背景，這些“前因”並不會直接交代給觀眾，而是會在劇情中一點點透露，而《疑犯追蹤》的故事開端會從這裡展開，潘越名選中了一個因某個原因被開除的曾經破獲過很多大案的老刑警，段毅弘。
潘越名僱傭段毅弘對機器產生的“無關名單”進行調查和干預。
“無關名單”中給出的身份證號或者是即將發生罪案的潛在罪犯，或者是受害者，而這些犯罪事件有預謀犯罪，也就激情犯罪，多年的矛盾積累被機器透過監控、電話及網路資訊收集分析出可能會出現矛盾爆發。
總之第一季中基本保持著一集一個案子的節奏，潘越名每天交給段毅弘一個人名和照片資訊，然後段毅弘透過跟蹤和調查，或干預阻止犯罪，或及時報警透過官方力量來救人，阻止行兇過程。
因為按照設定，“無關名單”的號碼可能是施害者，也可能是受害者，也有一個人既是加害者同時又是受害者的情況，而這都需要去調查才能確定，才能補完目標人物的人際關係、當前困境與潛在危險的來源。
所以劇情是相當有懸疑感的，是觀眾和主角們一起在接近真相，發現真相的過程，有極強的代入感。
當然，在過了幾個案子後，段毅弘也發現交給他任務的潘越名並不簡單，很多案子其實根本不是有長期預謀的犯罪，甚至都是市井小人物，涉及到各行各業，犯罪動機也是五花八門，這根本不是什麼線人或者臥底能提前探知的。
所以段毅弘也開始試探並暗自調查潘越名，以及潘越名給的名單到底是從哪來的。
與此同時，段毅弘這個前刑警在很多案子中無所不在的痕跡，以及似乎能預知犯罪的奇怪之處也引起了警方的注意。
吳越扮演的刑警隊長也跟段毅弘開始了合作、較量與試探。
所以這是一個潘越名、段毅弘與吳越三人合作、糾纏、較量、發現真相併最終志同道合的戰友的故事。
當然《疑犯追蹤》既然是部神劇，不會只是查案而已，第一季末尾就會有神轉折。
在末尾三集，潘越名和段毅弘會發現他們調查的幾個“無關名單”互相之間竟然有著神秘的聯絡，原來這是kb組織的“釣魚”行動，他們察覺到了魔都發生的一些預先制止犯罪的痕跡，因此判斷出有人在使用那個阻止他們發動kb襲擊的機器用在制止普通犯罪方面。
因此kb組織想要透過釣魚，引出被官方嚴格保密和保護的潘越名，從而獲知機器的位置與弱點。
第一季的最後一集就是kb組織終於得知了機器的設計者，並且綁架了潘越名，而段毅弘則在無可奈何之下將希望放在了機器身上。
如果說第一季的故事是在能利用大資料預測犯罪的神秘機器設定下，透過“預知犯罪”到“制止犯罪”的故事的話，到了第二季就變成了人機大戰或者機機大戰。
kb組織也設計出了一個人工智慧，名叫“幽靈”，他們想要透過“釣魚”獲知機器的準確位置和弱點，就是為了能讓“幽靈”找到機器，並取而代之。
因為在官方的配合下，機器已經全面連線了人類社會的所有資訊系統，這才能做到預測犯罪。
而如果“幽靈”能消滅機器，並且能悄無聲息間取而代之，那就相當於被kb組織李代桃僵，透過“幽靈”統治世界，機器被潘越名和官方設定了種種限制，但是“幽靈”將是一個完全沒有限制和顧忌的真正的“天網”！
當然機器也不是沒有反抗之力的“傻白甜”人工智障，當“幽靈”找到機器的藏身之地時，機器已經帶著自己的伺服器失蹤了。
第二季、第三季以及之後的內容就是一個對人類帶有善意的人工智慧與另一個kb組織設計出的對人類含有惡意的人工智慧間的對抗，而主角團也跟機器一起對付“幽靈”與kb組織的陰謀。
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