後面到了康熙二十年又是廢衛改縣的重要時期，如二十六(1687)年裁畢節、赤水二衛置畢節縣，裁永寧衛置永寧縣，烏撒衛亦裁，全部併入威寧府。
此後的雍正五年(1727)改永寧縣隸四川，七年(1729)改大定州為府，以威寧府為州，屬大定，十一年(1733)設大定通判駐水城，設水城廳，乾隆元年(1736)割四川敘永廳之巖上、巖下地益黔西州，編為平定裡，四十一年(1776)，割平遠州之崇信、時豐、歲稔三里屬水城通判，於是大定府領廳一、州三、縣一。終清之世，不再有變。
與此同時，駐兵數量也在不斷削減。康熙二十三年(1684)平遠、黔西改鎮為協，各裁兵一千多名，第二年威寧鎮裁兵七百多名。
雍正三年(1725)，大定改鎮為協，兵員逐漸減至1，200名，一鎮三協遂成定製。
而流官制建立後，清廷接著將則溪制下的自然寨改造為裡甲。
與明代貴州行省建立之初，為彈壓土司而設府、每府只有兩三里、每裡只有寥寥幾戶的狀況不同，清廷在黔西北地區的府州制、裡甲制已不再徒有象徵意義，如平遠州共有向化、懷忠、興文、慕恩、太平、敦仁、崇信、時豐、歲稔九里，威寧州則編戶十里，即全化、遵化、德化、性化、宣化、歸化、順化、致化、廣化、大化。
裡甲的名稱顯示出清王朝對“新疆”教化的期望。
這些裡甲涵蓋了黔西北數目眾多的自然寨，但原有的聚居狀況得到了新制度的尊重，裡甲正是在則溪制與自然寨的基礎上建立的。
每個則溪編二里、三里不等，如大定府將原來的四個則溪各編二里，共八里。
每裡通常含十甲，但也有含七甲、六甲的，如黔西州。
每個甲由數目不等的寨組成，多則六、七十寨，如大定府親轄地的樂貢裡一甲;少則一、二寨，如黔西州永豐裡的四甲只有黃土坡一寨。
與裡甲制不同，後來的保(牌)甲制有明顯的對自然寨進行劃分的痕跡，如平遠州向化裡共有甲10，寨49，編為145牌。
像是畢節縣主要由畢節、赤水二衛合併而成，情況有所不同。
要知道衛所本來就是王朝“版圖”與“文教”之區，官員們規定裡甲名稱時似乎注意到了這個特點，沒有炫耀“開疆”之功，也沒有寄寓對教化的殷切期望。
該縣有東、南、西、北、長樂等裡，而新納入“版圖”的八個夷屯，則被命名為平定裡。
這些裡主要由屯、堡、鋪、伍構成，甲的數量極少，帶有明顯的軍衛痕跡。
如東里含十八伍;南里由七伍、二屯組成;西里有十一伍、十鋪，只有北里含有六個甲、十七個伍，長樂裡似乎全由甲組成。
夷屯原非畢節縣的土地，系雍正七年(1729)由四川割歸而來。
夷屯的來源通常是，土目隨朝廷從徵有功，授其土千總等職，其領地便被稱為夷屯。
與此相對，畢節、赤水二衛原有的屯地被稱為軍屯。
怎麼說呢，有學者在畢節縣清水鎮等地作調查時，哪裡的老人們尚能清楚地告訴我哪些地方是夷屯，哪些地方是軍屯。夷屯的主管者主要是彝族人。
明初編訂裡甲的原則是，“以一百一十戶為裡，推丁多者十人為長，餘百戶為十甲，甲凡十人。”
不管實際執行過程中是否嚴格遵循此原則，其著眼點無疑在人不在地。
清初黔西北的裡甲制以寨為基礎，雖然一里十甲的規則可以大致遵照，卻無法拘泥於固定的戶數，並且指導思想與前朝亦有差異。
例如平遠州“境內頗多田，因田制裡，裡有九”，田土而不是戶丁成為劃分裡甲的依據。
大定府的情況與此頗有相似之處，首任知府寧雲鵬稱
爰度地方遠近，亦劃東西南北為四鄉，分八里府城東，舊伐戈則溪，編悅服、樂貢二里;府城南，舊火著則溪，編大有、嘉禾二里;府城西，舊架勒則溪，編永順、常平二里;府城北，舊木垮則溪，編仁育、義漸二里。裡各有甲，甲各有戶。
這段引文透露出來的另一重要資訊是，與流官府、州的設定相似，大定府的裡甲與原來的則溪制度亦有著密切的淵源關係。
戶丁沒有成為劃分裡甲的依據，這或許與明清時期整個賦役制度的變革有關，但與當時“夷多漢少”的情況似亦不無聯絡，改流之初為官平遠的黃元治稱
(平遠)城中皆兵，惟東西二門外，流氓落落十數家。
至群苗，則居溪洞、籠箐中，如鳥獸之巢穴，不可以近人。
