1477年(成化十三年)由於尋甸土府土司統治勢力的衰落，土官為保其統治而發動叛亂，加上土司家族長期為爭奪土司職位而仇殺，導致土官統治的滅亡，明朝藉機將尋甸土府改為流官知府。
1481年(成化十七年)因廣西土知府昂貴有罪革職，改為流官知府。
1553年(嘉靖二十二年)元江土司那氏族人爭奪土司職位，被明軍鎮壓而在元江第一次設流官知府。
1567年(隆慶元年)在平定武定土知府鳳繼祖的叛亂後，改為流官知府，但又象徵性地保留了土司的地位。
1597年(萬曆二十五年)順寧土知府猛廷瑞與其兄爭奪土司職位，被誣告為反叛朝廷，“官兵悉剿除之”，改為流官知府，並改大侯土州為雲州流官州，隸屬順寧府。
明代在廣西改流較早，從洪武年間就開始了。
據統計整個明朝在廣西地區改土歸流共16處。
1368年(洪武元年)將忻成土司改為流官知縣;1505年(弘治十八年)上思州黃姓土司“叛服無常”，被明軍討平後改設流官知州。
嘉靖年間因思恩土府土官岑濬屢出兵侵掠鄰境，明朝出兵征討，殺了岑濬，改設流官知府。
明朝的改土歸流主要在貴州、四川、雲南、廣西4省進行，其它地區的改流並不突出。
明代的改土歸流總的說是不徹底的，並曾遭到土司的強烈反抗，因而出現了許多反覆，在許多改設流官的府、州、縣中，流官政權很不鞏固，有的土司地區設流官後，因為各種原因而出現了複流為土的現象。
這是因為明代土司制度還處在全盛時期，一方面土司制度對明王朝的統治還能起到一定的作用。
另一方面土司勢力還比較強大，可以利用群眾的力量起來反抗改流。
同時明代改流的土司地區，大部分處於地主經濟興起的時期，還未能徹底戰勝領主經濟，就是說土司統治的社會基礎還沒有受到根本的破壞，明王朝也沒有力量對改流地區進行完全的控制，決定了明代改土歸流的不徹底性和反覆性，改土歸流就只有在條件完全成熟的清朝才能徹底進行。
因此改土歸流貫是通於整個清朝的事情，可以說在整個清朝的統治過程都在進行，大體可以分為3個階段
首先是初期階段，初期階段是從清初到1725年(雍正三年)。
清朝初期，清軍進入南方土司地區時即對有條件改流的土司趁軍事勝利改流。
1659年(順治十六年)吳三桂在鎮壓了雲南元江傣族土知府那嵩的抗清活動後，將元江改設流官知府。
1664年(康熙三年)貴州水西宣慰使安坤起而抗清，被討平後，吳三桂奏分其地為4府以大方城為大定府，以利城為平遠府，以烏撒為威寧府，以水西為黔西府，水西地區第一次改流。
1665年(康熙四年)雲南新興州(今雲南省玉溪)土司王耀祖和寧州土官祿昌賢聯絡嶍峨、石屏、蒙自、陸良、彌渡、維摩、王弄山、教化等大小土官共起反抗，被吳三桂鎮壓後，廢除了這些地區的土官，改新興、寧州為流官知府，在教化、王弄山、維摩等原土司地區設立開化府，委派流官管理。
1723年(雍正元年)將雲南麗江土府改流。
1724年、1725年又將雲南威遠、姚安等地改為流官知府。
在廣西，清朝於1663年(康熙二年)將鎮安土府改置流官通判。
1719年(熙五十八年)廢思明土司黃氏，改設流官。
這是清朝改土歸流的初期階段。
其次是進階階段，1726年(雍正四年)鄂爾泰任巡撫雲南兼雲貴總督事後，向清政府提出了全面改土歸流的計劃，開始了大規模的改土歸流活動，改流進入大規模時期。
在這一階段清政府根據不同地區、不同情況和土司的不同表現，採取了區別對待的不同策略進行改土歸流。
(1)邊遠地區與內地的區別，認為在內地的土司可改流，雖在邊遠地區但實際和內地一樣的也可改流，邊遠地區則暫時保留土司統治，即先改內地條件成熟的地區，後改邊遠地區。
(2)在雲南改流是以瀾滄江東西為分界線，瀾滄江以東必須改流，瀾滄江以西的土司暫予保留。
(3)奉法與不法的區別，清朝對罪大惡極違抗朝命的土司首先改流，對守法的能撫綏其民的與流官州縣循良相同的土司則不改流，只使其向化。
清朝在改土歸流的高潮時期按照剿撫相兼兵威並舉和3種不同區別的策略，採用以下幾種方式改流
首先自然是武力改流，清政府認為世代擁有土地、人民、武裝的土司，要他們“去封號、徼兵械、納土稱臣，解甲歸田，帖然受命改流，是不可能的事。
故鄂爾泰受命之日，即移兵攻貴州廣順州之長寨，終於古州，首尾用兵凡五六載”。
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清朝首先對東川、烏蒙、鎮雄3地用兵，最後改置烏蒙、烏撒、鎮雄、東川4流官知府。
繼後，對雲南鎮源、威遠、恩樂、車裡、茶山、孟養等處用兵，將這些地區改設流官。
1726年(雍正四年)二月鄂爾泰出兵攻貴州廣順州長寨，長寨是滇、黔兩省苗、彝雜處之地中勢力最強大的土司，故鄂爾泰在貴州改流之始首先對長寨用兵，前後用兵3年，設流官統治地區計有1298寨，5978戶，男婦口，地方600公里。
