鄂爾泰在1726(清雍正四年)的奏疏中就對四川、貴州、雲南、廣西的改土歸流提出了具體的原則和計劃。
鄂爾泰說“雲、貴大患無如苗、蠻。欲安民必制夷、欲制夷必改土歸流”。
指出改土歸流必須進行，然後提出了對4省改土歸流的計劃將原屬四川的東川、烏蒙、鎮雄改隸雲南，相機改流設三府一鎮。
廣西的土府、州、縣、峒、寨分隸南寧、太平、思恩、慶遠4府，並將牂牁江以北的普安州劃歸貴州，牂牁江以南的西隆州劃歸廣西，增州設營。
雲南以瀾滄江為界，江內(瀾滄江以東)的鎮源、威遠、元江、新平、普洱、茶山等地改設流官，江外(瀾滄江以西)暫不改流，即“江外宜土不直流，江內宜流不宜土”的改流原則。
貴州苗疆3000餘里，1300餘寨的改土歸流，首先要開通黔桂道路，然後派兵深入“徧加剿撫”而後設立流官政權。
關於改土歸流的原則和方法，鄂爾泰在其奏疏中也說得很清楚“改流之法計擒為上，兵剿次之;令其自首為上，勒獻次之”。
就是“剿撫兼施”，“恩威並用”的政策。
明清王朝的改土歸流是在各種機會和藉口下進行的。
(1)當地各民族起來反抗，被鎮壓後藉機改流，如貴州的治古、答意二長官司、施秉蠻夷長官司均是因當地苗族人民反抗被鎮壓後而，改流的。
(2)土司犯罪或叛亂被鎮壓後改流，如貴州金達蠻夷長官司土官何倫父子犯死罪而被改流，還有云南武定土司鳳氏、順寧土司猛廷瑞叛亂被鎮壓後均設流官。
(3)土司宗族爭襲時被改流，如雲南鶴慶土府因土司高氏宗族爭奪土官職位“伏誅”後改設流官知府。
廣西的左州、利州也都是因族人爭襲而改流的。
(4)土司侵掠鄰境被鎮壓後改流，如廣西養利州、永康州土司侵掠鄰境，“總兵官趙輔等擒誅之，因改流”。
(5)以不繫世襲為由改流，如貴州大萬山長官司申世隆死後，其繼承人因“不繫世襲”而被改流。
(6)土司絕嗣後無人承襲而改流，如貴州永從蠻夷長官司李瑛死後絕嗣，無承襲者而被改流;廣西上石西州、土田州皆因土司死後絕嗣改流。
(7)土民請求改流，如酉陽、保靖、桑植、容美等土司地區人民“迫切呼號，蠻皆改土”而被改流。
(8)土司自請改流，如貴州金築安撫司土舍金大章乞改流，遂改金築安撫司為廣順州。
(9)以新建州縣或劃州並縣為由而改流，如廣西的忻城、程縣、鎮安、西林、西隆州等地流官的設定皆以劃州並縣為由而實現的。
總之明清王朝是利用一切機會，只要條件許可即實行改土歸流。
而明朝的話，要知道明代的改土歸流是明朝中葉前後才開始的，在一些具備改土歸流條件的地區進行，一般改流的規模較小。
在貴州地區的改土歸流是從1413年(永樂十一年)開始，廢思南、思州二宣慰司，並鄰境之地設思州、思南、鎮遠、銅仁、石阡、黎平、烏羅、新化八個流官府。
1415年(永樂十三年)因普安安撫司“土酋慈長謀為不軌”，改設普安州，歸流官管轄。
1431年(宣德六年)因永從蠻夷長官司土司死後絕嗣，無承襲者而被改為永從縣。
1444年(正統九年)因施秉蠻夷長官司地區苗族反抗被鎮壓後，改設施秉縣。
正統年間流官勢力已深入控制了安順、普定，這些地區實際上已經改流。
1497年(弘治十年)由於金容金達蠻夷長官司土官“何倫父子罪死”，改設流官。
1612年(萬曆四十年)金築安撫司土舍金大章請求改流，改金築安撫司為廣順流官州。
1628年(崇禎元年)在貴州宣慰司的宋氏洪邊十二馬頭(水東地區)地區設開州(今貴州省開陽)流官州，水西地區安氏勢力已經衰落，流官實際已控制了貴州宣慰司土司地區。
明朝在四川的改土歸流是從弘治年間開始的。
1495年(弘治八年)馬湖“土知府安鰲有罪伏誅”，遂改馬湖土府為流官知府，但知府駐地以外的泥溪、沐川、平夷、蠻夷4長官司仍然是土司的勢力範圍。
1573年(萬曆元年)明軍剿平山都掌地區的水都、山都後，改該戌縣為興文流官縣。
1600年(萬曆二十八年)明朝在鎮壓了播州宣慰使楊應龍的反叛後，“分播地為二屬蜀者曰遵義府，屬黔者為平越府”，原屬播州宣慰司的2安撫司、6長官司亦同時全改設流官。
1623年(天啟三年)由於永寧土司奢氏長期侵奪鄰境，並發動叛亂，明朝在鎮壓了奢崇明的叛亂後，將永寧宣撫司改土歸流。
明朝在雲南的改土歸流是從正統年間開始的。
1443年(正統八年)鶴慶土府土官高氏長期“屢逞兇惡，屠殺士庶”，並不斷髮生爭奪土司職位的仇殺，於是明朝便宣佈高氏領地內“戶下人口收籍當差，止令流官管事”，改鶴慶土府為流官知府。
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