1727年(雍正五年)閏三月出兵謬衝，謬衝是黔、楚之交界處花苗中最強大者，鄂爾泰攻下謬衝之地後，將其地一部分歸黔省黎平府，另一部分歸廣西懷遠縣管轄。
從1728年至1730年(雍正六年至八年)對貴州八寨、丹江、九股、清水江、八萬古州等地用兵，爾後將這些地區改置流官。
1728年(雍正六年)清朝出兵攻下廣西八達寨改歸西隆州管轄。
1731年(雍正九年)清軍又攻下廣西鄧橫寨，將其地改流。
以土司“貪劣”、“不法”而改流。
這種情況以廣西改流為最突出，如廣西的泗城土知府岑映宸、思城州土知州趙康祚、小鎮安土巡檢岑繩武、下龍司土巡檢趙墉等人均以貪暴專橫不奉法而被廢除，改置流官。
至於土司主動請求改流的話，種情況多發生在湖北、湖南兩省土司中，原因是這些地區土司大都接近於內地，受到漢族地主經濟的影響較多，而清朝在雍正年間西南地區的大規模改土歸流對湖北、湖南的土司震動很大，在形勢所迫之下，大部分土司皆主動要求改流。
1728年(雍正六年)永順“宣慰使彭肇槐納土，請歸江西祖籍”，遂改永順司為永順府。
1727年(雍正五年)南渭州土知州彭宗和上溪州土知州張漢儒即納土，施溶州土知州田永豐亦納土，錯若峒、麥著峒、田家峒、驢遲峒等長官司土官皆納土，請求改流，清朝將以上各地歸入永順縣。
同年，白巖峒長官司土官亦納土，將其地劃歸龍山縣。
以土司因互相仇殺，互爭不息而改流。
湖南桑植土司向國棟，長年與容美、永順、茅岡各土司仇殺，民不堪命，於1726年將其地改為桑植流官縣，屬永順府，廣西上林長官司長官等人互相仇殺，被改設流官。
到1731年(雍正九年)改土歸流高潮結束，基本上完成了清政府予期改流任務，大部分土司地區皆改為流官統治，先後招撫討平貴州苗瑤寨2000餘，繳納廣西土司敕印和軍器2000餘件，雲南瀾滄江以東普遍設立流官知府，湖北、湖南大部分土司“納土”，故史稱“自四年至九年(雍正四年至九年)蠻悉改流，苗亦歸化，間有叛逆，旋即平定”。
最後就是改流的末期階段，怎麼說呢，清朝改土歸流的末期階段，是從1732年(雍正十年)經乾隆最後到清朝末年的宣統年間。
這一階段是在原改流的基礎上，對尚未改流的土司繼續不斷的改流。
在雲南對瀾滄江以西沿邊土司不斷改流。
猛緬長官司於1746年(乾隆十一年)改設流官通判。
猛猛土巡檢於公元1764年(乾隆二十九年)改設流官歸順寧府;四川、湖北、湖南在1731年(雍正九年)後改流的土司最多。
四川酉陽地區土司從1734年至1736年全部改流;石柱土司區於1760年(乾隆二十五年)改流。
川西的改流一直延續到清末，1775年(乾隆四十年)平定大、小金川開始改流，直到1911年(宣統三年)才最後完成大、小金川的改流。
1909年(宣統元年)川督趙爾豐將德格、春科、高日、靈蔥等地土司改流。
1910年(宣統二年)將巴塘、甘孜等地的土司印信收繳，改設流官，四川改流到此全部結束。
在湖北，1735年(雍正十三年)唐崖長官司覃梓桂、龍潭安撫司田貴龍“納土”，將二地併入咸豐流官縣。
同年被改流的還有西萍長官司、施南宣撫司、忠路安撫司、沙溪安撫司、建南長官司等土司地區;此外東鄉安撫司、忠建宣撫司、忠孝安撫司、忠峒安撫司、高羅安撫司、木冊長官司、散毛宣撫司、大旺安撫司、卯峒長官司、漫水宣撫司、容美宣慰司等都先後在1733年至1735年改置流官。
在湖南，1735年(雍正十三年)上峒長官司、下峒長官司、茅岡長官司皆“納土”改流;繼後石門天平所、慈利麻寮所相繼請求改設流官。
湖北、湖南改流全部完成，“合境無土司名目”。
經過清朝3個階段的改土歸流，到1911年(宣統三年)民政部所奏各地改土歸流的情況可作為清朝改土歸流的總結，其奏雲：
湖北的施南，湖南的永順，四川的寧遠，廣西的泗城，雲南的東川，貴州的古州、威寧等府州廳縣先後建置流官，漸成內地。
乾隆以後征服大、小金川改流官。
近幾年(宣統前後)雲南富州、鎮康，四川巴塘等處先乒奏請改土歸流，而廣西一省改流尤多，所有土州縣土司皆停襲，及撤任調省。
四川尚有瞻對、察木多等處沒有改流。
除湖北、湖南已全部改流官外，廣西土州縣、貴州長官司等，名雖土官，實已漸同郡縣。
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