明清以來，土司制度賴以存在的經濟基礎——封建領主經濟發生了變化，土司在本民族中的影響也在逐步消減。
明代中葉以後，大量漢族地主、官吏、兵差和商人深入到土司統治區及其周圍地主經濟的強大影響，也衝擊著土司內部的經濟結構和政治制度，使土司內部的經濟結構日益發生變化，於是封建地主經濟在土司地區應運而生，迅速改變了土司地區的經濟基礎。
漢官和商人進入土司統治區後，使得土司統治區的商品經濟開始興起。
最先興起的商品生產是礦業的開採，如廣西凌雲、河池、南丹等土司區的銻、銀、錫、銅、土砂(煉水銀的原料)都得到開發，漢商到此設立專門的商號來收買，運輸到外地。
甚至廣西的土特產八角、田七等亦有商號經營，轉銷外地，使一部分農副產品也逐步商品化。
商品經濟的發展，衝擊了土司內部的封建領主經濟。
首先是土地關係的變化，要知道明清以來曾在土司地區屯田，屯民將多餘的屯田分給土民耕種，收取屯糧以供軍需。
後來還准許土民自由屯墾，每4畝納銀1兩即可。
在貴州還規定軍屯以外的“餘田”，由官府招募人民佃耕，或由漢族地主承領再轉佃他人。
這些佃田皆可自由買賣，政府發給田契，在廣西大新縣原8個土司區發現了大量的清乾隆年間的官發田契約執照。
土地的私有和自由買賣，這就從根本上改變了過去土司壟斷其轄區內全部土地的狀況，導致土地兼併的劇烈。
各地土司“往往以有糧田詭稱無糧，賣與紳衿商民”。
土官亦將土地出賣，南丹土司莫氏就將400畝產田典賣與鄧姓人家，使大量土地流入漢族地主之手。
乾隆年間，天柱縣關、李、龍、楊4戶大地主佔地很多，僅龍姓1戶所佔土地竟跨越3縣，遍及30多個村寨，年收租糧3萬餘石。
安龍、羅甸、望謨等地收祖谷上千石的大地主也為數不少。
在土司地區各民族內部，也出現了田連阡陌的大地主，湘西乾州廳的重阿寨苗族地主吳廷海、吳學仁佔有的田地，遍佈其家周圍數十里;永緩廳紫兒寨苗族地主石季山佔有土地達500餘畝之多。
說明地主經濟已在土司區內逐步形成。
土司佔有土地的外流，這就是土司政治主權與土地所有制分離的開始，從而從根本上動搖了土司統治的基礎;其次是地租形態的變化。
封建地主土地所有制的形成和發展，衝擊了領主制下的剝削關係，隨著土司地區人口的增長，耕地面積的增加，生產力的提高，農民私田的增多，加上新興地主勢力的發展，於是原有的勞役地租形式已不能適應了，促使地租形態發生變化。
各地土司不斷將過去的勞役地租改為實物或貨幣地租。
有的土司開始將土地出租給農民“按谷分花”，即收取實物地租，如廣西龍州一帶，“凡租耕田，田主不出谷種，不納官糧，概歸佃戶負擔，得谷仍是均分”;凌雲縣境土司的莊田多采用徵收實物的辦法;大新縣境的土司還規定可以用錢來贖買“伕役”，用實物來代替力役，甚至有的土司超經濟剝削的苛派也逐步改用實物地租來代替;再次是人身依附關係的變化。
由於勞役地租逐漸向實物地租過渡，過去那種嚴格的人身依附關係不斷鬆弛，農民開始從繁重的徭役、兵役、勞役地租的剝削下解脫出來，農民可以稍許自由地支配和經營自己的土地，轉化為稍有點自由的農民，促進了生產的發展，這就為改土歸流創造了社會經濟基礎。
上述變化說明，隨著各土司地區社會政治經濟的不斷發展，土司地區的社會經濟已逐漸與內地的經濟相一致，土司制度的繼續存在已經防礙了統一多民族國家中央王朝的統治，而且在社會經濟基礎發生變生的情況下，土司制度這個上層建築就越來越不能適應新的變化的需要了。
在這樣的歷史背景之下，廢除土司制度已成為一種歷史的必然了。
因此改土歸流不是偶然發生的事件，是有其歷史背景和政治經濟原因的。
首先是封建地主經濟的產生和發展，這就要求改變落後的封建領主制發展和確立封建地主制;其次是封建中央王朝也想要透過改土歸流以便對邊遠地區和土司統治地區實行直接的統治;再次是封建中央王朝經過幾個世紀與土司的鬥爭，實際上已取得了對不少土司的支配地位，並透過派遣“佐貳”、掌握承審權和對土司的各種限制，已將土司的權力大大削弱，為改土歸流掃除了一定的障礙。
此外再加上明清封建中央王朝的勢力已經強大到足以對付那些不接受改土歸流土司的反抗，因此明清王朝便利用土司地區人民群眾反抗土司統治的機會，逐步實行有計劃的改土歸流。
改土歸流是明清中央王朝的既定方針，它的實施是有目的、有計劃、分步驟進行的。
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