各個土司之間往往因為爭奪土地、人口、財產，繹常混戰仇殺，“一世結仇，幾世不休”，破壞了生產的發展和人民生活的安定。
1534年(明嘉靖十三年)容美土司田世爵指令土目田文祖、張琦、周萬雄率兵出境，殺死巴餘縣應捕劉聰、火甲羅延瑞、吳鮮九數人，擄民百餘家。
1657—1662年(清順治十四年至康熙元年)四川雜谷土司桑吉朋、阿日土司巴必太與瓦寺土司曲翊之間爭鬥，互相之間劫堡斷橋，殺戮漢、羌人民，擄掠男女為奴，致使地方聲息不通。
明末清初，百戶土司與卯洞土司力爭奪人口土地爭戰不息，達數十年。
1724年(清雍正二年)容美、桑植上司率士兵搶掠保靖民財，焚掠村莊60餘處，搶走男女千餘人。
1726年(雍正四年)“桑植土司向國棟恃強負固，與容美、永順、茅岡各土司尋釁仇殺，貪暴不仁，民不堪命”。
容美土司向九霄每當外出，“民皆閉戶，雞犬無聲”。
土司內部因爭襲之事而互相爭鬥亦累累發生。
廣西恩城州上司岑欽在明弘治年間先與他的叔父田州上司岑溥相仇殺，後又殺了岑應父子，不久岑欽父子又被岑應之弟接所殺，相互爭襲仇殺多年。
這種仇殺紛爭，使人民遭殃，嚴重破壞了生產。
土司制度的這些腐朽落後性，已經成為嚴重阻礙生產力發展的侄桔，引起上司統治區內廣大人民群眾的不滿和憤怒，因而各族人民對土司的統治進行了強烈的反抗，土司制度在各族人民不斷反抗鬥爭衝擊下已經搖搖欲墜了。
可見，土司制度是封建王朝在某些發展不平衡的少數民族地區實行的一種民族政策，是在適應這些地區奴隸制和封建農奴制發展過程中建立起來的。
封建中央王朝建立土司制度只不過是一種權宜之計，其最終目的是先將這些少數民族地區穩定下來，然後創造條件，實行改土歸流，最後徹底廢除土司制度。
隨著土司制度的發展，它的腐朽性、落後性、不適應性逐漸暴露出來，越來越不適應南方各民族社會的發展了，改土歸流的條件日趨成熟。
所以上面說的改土歸流是在兩大歷史背景之下進行的
土司的存在已逐漸成為統一多民族國家進一步發展和鞏固的障礙自16世紀以來，各地土司的割據、抗拒朝命，使中央王朝越來越難以制御，這就直接影響到中央封建王朝在南方各少數民族地區統治的深入和穩定，更成為統一多民族國家行政區劃統一、完整的障礙。
最初的土司統治制度是在封建中央王朝無力進行直接統治的少數民族地區採取的一種特殊的地方政權形式，其本身就具有較多的地方割據性質，隨著土司制度的發展這種割據性越發突出了。
土司們“各長其長，各世其世”，“彼之官其官也，彼之民其
民也”。
世代領有其土其民其軍，擁有政治、經濟、軍事大權，設有自己的一套完整統治機構。
如雲南車裡宣慰使司的統治機構，宣慰使(土司，傣語稱為召片領)有似皇帝，宣慰司署有如中央王朝的國務機構，設有大小官員30餘人，司署議事庭的4個官員(4大卡貞)猶如中央王朝的宰相。
宣慰使的嫡親兄弟猶如親王，分封到各勐為土司(召勐)的猶如諸候，宣慰使派到各地的波郎則是欽差大臣，各勐以下的隴、火西、村的叭、鮓、先頭人則是各級地方官員，這儼然是一個獨立的封建小朝廷。
“雖受王朝爵號，實自王其地”。各土司往往佔有數十、數百上千裡地方，並擁兵自恃。
土司便以此為資本，邀功請賞，擴大割據勢力，專事劫殺。
鄂爾泰在奏疏中說廣西“思陵州土司鄧橫，強暴恣橫，積惡多年??聚集兇徒，專事劫殺”。
四川西陽土司擅自設5營、副將5人、守備5人、千總20人、把總40人，衙門大旗書寫“崇文振武”4個大字，地分12裡，恣意徵派。
而且土司抗拒朝命的事也時有發生。
像是四川烏蒙土府“自康熙五十三年(1714)土官祿鼎乾不法，欽差、督撫會審畢節，以流官交質始出，益無忌憚”。
湖北容美土司田旻如自造官室，自造武器，抵抗清軍，違抗朝命。
包括土司為亂之事更是史不絕書，然而由於這些土司的違法行為有世襲的特權，又無革職削地之罰，更使這些上司有恃無恐為所欲為，是為封建朝廷所不容。
因此土司的這種封閉性、割據性不僅成為統一多民族國家實行統一行政區劃的極大障礙，而且還嚴重地阻礙了各族經濟文化的交流和發展，很不利於國家的統一和人民生活的安定，可見廢除割據一地的土司統治已勢在必行。
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還有就是經濟基礎的變化促使上層建築隨之引起變革。
