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關於機速房的職掌，《宋會要》中有如下記載：
“機速房掌行事務：邊防急速運事，調發軍馬移屯非措置控扼去處；遣發間探人並回推恩探報事宜；諸處申解到歸正人並申解到奸細；北界關牒；禁止北販客船合歸刑房；逐年募發海船防託合歸兵房，候有調發移入機速房；非次差出官兵，幹辦邊事。”
如上所述，機速房的主要職能有：處理邊防軍機事務；調發軍隊；派遣間諜並進行管理；審問並處理從北邊投奔南宋的人和抓獲的奸細；與刑房一起管理對外貿易；與兵房一起管理海船的募發和海防事務，涉及到海船的調遣則由機速房單獨處理；根據需要派遣專門人員處理邊防事務。
機速房是建立在戰爭需要的基礎上的，因此，當戰爭結束時，機速房也就失去了它原有的功用而被閒置，並面臨著被罷黜的命運，但當戰亂又起時，朝廷則會恢復機速房的建制。
紹興二十九年1159年），朝廷以“祖宗舊制樞密院即無機速房”為由將機速房“合行減罷，所掌職事依舊本院諸房以科目掌行”，正式取消了機速房。
可惜好景不長，紹興三十一年1161年）九月，金海陵王南侵，與南宋開始了正面衝突；十月，宋高宗為抵制進兵南下“復置機速房”，稱為“三省樞密院機速房”。
這一時期的機速房仍然負責處理邊防兵機等事，地位之顯赫不減當年，“每朝，二府先共呈機速房事。
即畢，宰相兼樞密使自與其貳呈西府文書”，“樞密院之權反奪於機速房”。
到了隆興二年1164年）宋金和議達成之後，雙方關係一直比較和緩，機速房再一次失去了存在的價值。
乾道八年1172年）機速房被撤銷，其職事中“凡錢糧事歸三省，邊防、兵政歸密院焉”。
高宗朝與孝宗朝的機速房因間隔時間短，職能相似，故可以看作是同一時期。
宋寧宗開禧年間12061207年），韓侂冑為建立蓋世之功準備進行北伐，為此他“置機速房於私第，應御前金字牌悉留家中”，以機速房作為自己施政發令之所。
在北伐失敗後，機速房也隨之被撤銷。
鹹淳九年1273年）襄陽城的陷落震驚了南宋朝野，權相賈似道假裝“請親行邊”督戰，宋度宗為留住賈似道“旋降御筆別置機速房，亦建督於京之意”。
這次開設機速房的目是為了革除“樞密院漏洩兵事，稽違邊報之弊”，“專行密院急切之事。且大開言路，以集眾思”。
周密在《葵辛雜識》中詳細的記載了這一時期機速房的職掌和編制：機速房主掌“急切邊事”，擁有“先行後奏”的權力，“凡有上書獻書關涉邊事者”也要先“送本房面問”。
機速房的經費來源於封樁庫，“封樁庫內支第一料金五百兩，銀一萬兩，關子銀五萬兩，十八界會子二十萬”用於機速房日常開支；其編制有“闢屬官二員，右司許自，檢詳家鉉翁，制領十員，使臣九十員”。
另外機速房還有辦公人員“提點文字沈因、張夢龍、徐良弼、沈大發，書寫文字王景陽、張汝楫、吳桂芳，監印陳柯、汪雲、鄭大淵”。
機速房雖位高權重，但實際上，這一時期的機速房沒有起到任何作用，時人對其的評價是“一籌不畫，坐致危亡”。
最後，機速房隨著南宋的滅亡而徹底消失在了歷史的長河中。
機速房前後共出現了三次，但實際上發揮作用了的僅在第一時期。
根據《宋會要》的記載，南宋前期的機速房具有“遣發間探人並回推恩探報事宜”的職能，那它就應該是樞密院中負責處理間諜事務的特別部門。
由於歷來間諜的使用與派遣都是一件非常機密的事情，史書上很難見到確切的記載，機速房是如何進行這項工作的，我們已無法考證，可以肯定的是機速房的這項職能並非憑空出現。
機速房負責處理間諜事務的職能應該繼承於御營司。
雖然御營司的職責根據史料記載是“總齊軍中之政”，並無說明御營司有管理間諜事務的職能，但在御營司下有御營使司激賞庫“專充軍書警奏間探之用”。
即此庫經費專供頒降軍中文書、烽火急奏及派遣間諜之用。
由此我們可以推測，當時中央的間諜事務應是由御營司全面負責的，當御營司被撤銷之後，這項職責便由機速房所繼承。
機速房被取消後“凡錢糧事歸三省，邊防、兵政歸密院焉”，樞密院收回了原有權力。
機速房被廢期間，所有職能由樞密院重新劃分，因此樞密院應該有某一部門接管了機速房原有的處理間諜事務的工作，但由於間諜機構所肩負的特殊使命，使得他們習慣於以一種隱蔽的方式存在於歷史的背後，這就給後世的研究帶來了許多困難。
樞密院究竟是哪一部門負責此項事務？如何運作？
