在觀海衛駐紮的海軍統領鄭芝鳳接到舟山敗報時，已是七日之後，此時施琅率領著整編後的一百五十艘戰艦已起航北上，並未與鄭芝鳳的艦隊決戰，而是直撲鎮海、金山二衛。
鄭芝鳳本想追擊施琅的艦隊，卻發現風向、潮流都是利用由北攻南，若此時去追擊施琅，被施琅的艦隊調頭攻擊，鄭家水師怕是會損失慘重。
鄭芝鳳無奈之下，只能暫時息兵，決定等風向、潮流有利之時再行北上與施琅的艦隊決戰。
施琅的艦隊到達鎮海、金山二衛後，立刻攻佔了二衛的軍港，並與方原水路合擊，打得死守二衛的倭兵只敢躲在衛城裡，動彈不得。
鎮海衛、金山衛的海路補給線被切斷，二衛裡的倭兵沒了後援，已是糧草斷絕，堅守了十日，將衛城裡能搶的食物全搶了，仍是食不果腹，只能苦苦的支撐，巴望著鄭家的水師能從海戰來援。
在觀海衛指揮的松平信綱知二衛的倭兵斷絕軍糧已有十日，若再不派艦隊打通救援二衛的海路，四萬倭兵必然全軍覆沒。
他一再責令鄭芝龍、鄭芝鳳立刻派艦隊出戰，至少也要救出被圍困在二衛的倭兵，否則今後倭國不僅會斷絕與鄭家的交往，更會與方原商議投降，轉投方原一方。
鄭芝龍迫於松平信綱施加的壓力，更要維護與倭國的盟約，強行下了軍令，迫令鄭芝鳳立刻率觀海衛的兩百艘出戰施琅，打通海路補給線。
鄭芝鳳無奈之下，雖然戰機未到，卻只能勉強帶領著兩百艘戰艦組成的水師艦隊浩浩蕩蕩的北上，與施琅進行最後的決戰！
雙方的艦隊在杭州灣以北遭遇，天時地利人和全部佔優，施琅早做好了戰備，令來自鎮海、金山二衛的艦隊兩面夾擊鄭家艦隊，他自己則率著三艘新型鉅艦，在鄭家的戰艦中橫衝直撞，當者披靡。
鄭家水師強撐了兩日兩夜，在損失了七十艘戰艦後，終告不支，敗退回了觀海衛。
施琅以二十五艘戰艦損失，擊沉了鄭家六十四艘戰艦，俘獲了六艘戰艦，又大勝了一場。
杭州灣海戰後，鄭家北上的水師只餘下一百二十餘艘，而施琅的艦隊已達到了一百七十艘，勝利的天平已徹底的偏向了施琅一方。連戰連敗，無論軍心士氣，還是戰艦數量都落在下風的鄭芝鳳不敢再主動出擊，派出運輸船接回了攻佔海寧衛的鄭軍，退兵堅守觀海衛。
鄭軍一撤退，兩千玄甲鐵騎立刻收復了海寧衛。唯一還在死撐的，就只有鎮海、金山二衛的兩、三萬倭兵。
玄甲軍在二衛前設定了一重柵欄，一道大壕溝，將整個衛城圍得水洩不通，並以一千火槍手輪流看守，防止這些倭兵偷出衛城，四處潰散，給蘇州府、松江府的百姓造成巨大傷亡。
倭兵在餓肚子，日夜火炮炮擊的雙重摺磨下，堅持了二十日，仍是見不到海面上有前來援助的水師，再也支撐不住，黑田忠之派出使者想與方原談判，願意有條件的投降。
方原接過倭兵使者帶來的和談書信，看都不看，直接就撕了。
倭兵的這次入侵，不僅造成了鎮海、金山二衛城防的嚴重破壞，更給太倉州、上海縣的百姓造成了巨大損失，打不過就想投降？簡直是在做夢！
方原直接將倭兵使者砍了頭，懸掛在陣前，態度十分的堅決，不接受投降，鎮海衛裡的倭兵只有兩個下場，要麼戰死，要麼去海里喂王八。
黑田忠之的和談請求被拒絕，迫於無奈，只能組織起還能活動的八千倭兵，出了衛城城門，便開始突圍。
因玄甲軍火力兇猛，再加上一道難以逾越的大壕溝，倭兵根本無法越過壕溝突圍，兩日兩夜的激戰下來，被打死在壕溝、柵欄前的倭兵至少有三千人之多，屍體是堆積如山，隔了數十里仍是惡臭連連。
倭兵最後一波困獸之鬥仍是失敗告終，再沒了後續的攻勢，只能坐以待斃。
方原令赤古臺率三千玄甲鐵騎回師湖州府，突襲仍未攻陷湖州府的鄭森主力，再向圍困金山衛的景傑發出軍令，也抽調三千鐵騎，配合赤古臺的攻勢，兩面夾擊湖州府的鄭森，將鄭軍徹底趕出湖州府。
七日之後，湖州府傳來捷報，被狙擊在湖州城下二十日，士氣低落，更是疏於防備的鄭軍主力被六千玄甲鐵騎左右夾擊，剛一交戰就潰不成軍，鄭森見無法再戰，立刻敗軍退回杭州府。
玄甲鐵騎一路追殺至錢塘衛才收兵，這一戰殲滅鄭軍八千餘，還包括兩千最精銳的虎賁近衛。鄭森的四萬鄭軍主力，經過連番大戰，僅餘一萬七千，慘敗而歸，再無力，也不敢再越過湖州府雷池一步。
再過了七日，鎮海衛裡被圍困的倭兵再沒了動靜，方原令玄甲軍士試探性的進城檢視，卻發現衛城裡到處是餓死倭兵的屍體，至少有數千具之多，整個衛城都瀰漫著噁心至極的惡臭。更令人作嘔的是，還有數之不盡被分而食之的倭兵屍體，只留了一具空骨架，肌肉、內臟都被吃得乾乾淨淨。
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