日本控制琉球，靠的是薩摩藩設在琉球的“在番奉行”制度。
薩摩藩的藩主為島津氏。1197年，島津忠久被鎌倉幕府將軍源賴朝任命為薩摩、大隅、日向的守護官。自此之後，島津家族一直統治著九州島南部。
這片地方位於日本列島的西南邊疆，又是火山地帶，土地貧瘠，百姓貧困。
但島津家族歷來不乏雄主。日本戰國時期，薩摩藩積極向九州島中北部擴張，吞併了許多小國。
豐臣秀吉統一日本後，出兵征服薩摩藩，把薩摩藩的屬地從九國削減為兩國。
在關原合戰中，薩摩藩再次站錯隊，站到了德川家康的對立面。但此戰中，島津氏武力值極高，以1500人突破東軍幾萬人，順帶幹掉了井伊直政和松平忠吉，在德川家康心中留下了心理陰影。
從此之後，薩摩藩成為德川幕府的“外樣大名”，受到幕府的猜忌和防範。
日本的大名，共分為三種，即親藩大名、譜代大名、外樣大名。
親藩大名，主要是德川家康的親屬同族，封地在近畿一帶，待遇優渥。
譜代大名，主要是早年追隨德川家康的忠心家臣，包括關原合原前投順德川家康的大名。
外樣大名，主要是早年與德川家康平起平坐，在關原合戰後被迫投降的大名。
外樣大名封地多在邊疆貧瘠之地，不能擔任幕府要職，還要實行“交替居住”制度。全國各地的外樣大名，一半住在封地，一半住在幕府所在地江戶今之東京），每年四月輪換。
外樣大名的妻子、兒子必須常住江戶，形同人質。“交替居住”產生的費用，人質居住在江戶的費用，全部由外樣大名承擔。
因此，這是一項非常巧妙的制度，既能削弱外樣大名的財力，又能提高大名子嗣對江戶幕府的認同感。
薩摩藩藩主多為雄主，也多為好大喜功、鋪陳奢侈之人。封地被削減後，薩摩藩無力供養龐大的武士隊伍，也無法維持體面的大名生活，便轉而南下侵略琉球。
1609年，薩摩藩正式出兵琉球，迅速佔領琉球全境。一開始，薩摩藩試圖直接統治琉球，在琉球設定“代官所”、“大奉行所”等機構，測量耕地。1629年，又實行“在番奉行”制度。
所謂“在番奉行”，是指薩摩藩主派遣家臣常駐琉球王國各主要附屬島嶼，直接掌管各地的行政。這樣一來，琉球就完全成為薩摩藩的附屬國了。
德川幕府亦支援薩摩藩的行動。因為薩摩藩勒令琉球國王“上江戶”，按照中國屬國參拜中國的模式，要求琉球國王參拜中國。
為欺騙民眾，德川幕府還讓琉球使節穿著明朝衣冠，演奏明朝禮樂，聲稱是中國向日本朝貢。清代明後，改令琉球使節穿著清朝衣冠。）
德川幕府此舉，公開向中國表明，日本在外交上與中國的地位平等。讓琉球使節身著明朝衣冠到江戶朝貢，更有羞辱中國之意。看書喇
幕府試圖模仿中國建立“華夷秩序”，建立以日本為中心的新的東亞秩序。此時中國正是明王朝後期，國力衰弱，無力壓制日本這種分庭抗爭的態度。
詭異的是，在薩摩藩的統治下，琉球仍嚮明朝稱臣，定期嚮明朝進貢。以日本人的尿性，為什麼不禁止琉球嚮明朝進貢呢？
因為不能！
琉球的富庶，建立在東亞海上貿易基礎上。而東亞海上貿易，正是以中國為貿易中心。琉球的貿易利益，一大半都是透過與明朝的朝貢來實現的。
