徵臺戰役，由楊國瑞負責指揮。未來的臺灣軍政委員會主任，也將由楊國瑞擔任。
楊國瑞年輕有為，又是楊烜的九叔，地位晉升很快。徵越戰役中，楊國瑞擔任徵越軍司令部參謀長，輔佐羅大綱攻下交趾，事後受封男爵，軍銜晉升為准將。
有了這種經歷，楊國瑞便有了獨當一面的資本。再加上交趾局勢已經穩定，楊烜特意抽調他進攻臺灣。
5月10日，徵臺軍從金門出發，前往征伐臺灣。
部隊分為兩個梯隊，第一梯隊照例由南洋艦隊擔任先鋒。第二梯隊共七千多人，主要由步兵第二師兩個步兵團組成。
第二師一直駐防交趾。因交趾戰事已靖，步二師特意抽出兩個步兵團，作為進攻臺灣的陸軍主力。事後，楊國瑞將以這兩個步兵團為基礎，組建臺灣守備師。
5月11日，南洋艦隊先遣支隊抵達澎湖。澎湖位於西南部海域，是臺灣清軍防範大陸來敵的防禦重點。
清軍福建水師設有一個臺灣鎮總兵，為清朝在臺灣的最高武官。此公是個旗人，不願不戰而降，在澎湖集中了一批戰船，主動迎戰革命軍。
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南洋艦隊有六艘蒸汽戰艦參戰，最大一艘排水量為兩千三百噸。這些蒸汽戰艦都是西式木質戰艦，有四艘購自外國，兩艘自造。鐵甲炮艇排水量小，不能遠洋作戰，所以並未參戰。
令人意外的是，臺灣鎮水師戰船上，已經裝備上了洋炮，還有少量怡和公司生產的舊式火炮。這種新式火炮較清軍自鑄火炮先進得多，對革命軍水師亦有威脅。
原來，瑞麟做閩浙總督時，聽從幕僚徐師爺的建議，購買了一批洋槍洋炮。
近海作戰，革命軍海軍有鐵甲炮艇打頭陣，完全不懼洋炮。在澎湖外海，臺灣鎮水師戰船上有洋炮，革命軍就不能等閒視之了。
然而，海軍作戰最是講究，有炮而無船，有船而無陣法，同樣無濟於事。清軍臺灣水師雖有洋炮，卻沒有得力的戰船，仍以老舊的鳥船、趕繒船為主，數量雖多，卻全然不是西式戰船的對手。
澎湖一戰，臺灣鎮水師丟盔棄甲，戰船或被擊沉，或舉白旗投降。楊國瑞年輕氣盛，一面令海軍戰船繼續搜剿清軍戰船，一面下令登陸澎湖，奪佔清軍炮臺。
澎湖是臺灣的門戶，澎湖一失，臺灣頓失屏障。
清朝在澎湖設定一個澎湖廳，隸屬於臺灣府。
步兵第二師副師長馮子材，率二團登陸澎湖。馮子材在徵越戰役中表現突出，被晉升為步二師副師長。此次徵臺，馮子材統率陸軍主力。若表現得力，預計將成為臺灣守備師的第一任師長。
所以，馮子材作戰頗為賣力。他率領一千餘名登陸兵，乘坐舢板，乘漲潮時登陸澎湖主島。清軍依託炮臺阻擊革命軍。
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馮子材指揮兩個尖刀連，冒著炮火逼近清軍炮臺，與清軍短兵相接。清軍與革命軍遠距離對射火器，尚能差強應付。一旦短兵相接，清軍不敢白刃戰，或投降，或逃散。看書喇
澎湖是串列島，四面環海。驚散逃竄的清軍敗兵，無路可去，最終只得投降革命軍。
澎湖廳同知，也是個識時務的人，隨即奉上公印，向革命軍投降。
清朝的廳，與州縣一樣都是基層行政機構。但廳往往設在偏遠的地方，時設時變，其主官稱為“同知”或者“通判”。
在正常的州縣裡，同知、通判都是佐貳官，隸屬於知縣、知州。廳同知，或者廳通判，卻是掌印的正官，只是其官階低於知縣、知州。
第二天，楊國瑞登陸澎湖，在澎湖設定行轅，佈置對臺戰事。徵臺軍總人數還不足一萬，楊國瑞打算先撫後剿，爭取不戰而屈人之兵。
下午，他正在與幕僚推敲軍報，主要是彙報澎湖之戰的經過，以及下步對臺策略。另有一個“夾片”，報告在清軍中發現了怡和公司生產的火炮，請軍政府酌情調查。
