崇禎年間天災大旱，救災不力釀成農民大起義也與國庫不足有關。
至於後期加徵“遼餉”、“剿餉”、“練餉”等“三餉”導致矛盾激化，加速明朝滅亡，無不與財政危機有關，至於最後“闖王”迫近京師，因軍餉不足而延誤調兵入京，更可見危害之深。
從常理來講，崇禎在李自成兵迫京師的緊要關頭，社稷將亡之日，若有餘財，何須要百官“納捐”，最終延誤調兵。這是不符合常理的。
李自成入京時，國庫與皇家內庫已俱空。
明代的財政危機為何此般嚴重，很大程度上是一項重要財政來源的流失，即軍屯體系的破壞。
明初的軍屯體系曾有力的保證了軍費支出。
明代永樂元年，全國軍屯田子粒兩千三百多萬餘石，而當年全國稅糧不過三千一百餘萬石，軍屯田收入佔全國稅糧的百分之七十多。
而不幸的是，軍屯體系自明中葉以來逐漸被破壞，早在弘治年間，兵部尚書馬文升就指出，“屯田政廢，冊籍無存。上下因循，無官查考。以致衛所官旗、勢豪軍民侵佔盜賣十去其五六，屯田有名無實。”
原本由軍屯負責的軍費開支，自明武宗正德以後俱從國庫支出，這意味著從此之後，不僅減少了一項巨大的財政收入，軍費開支成了國家財政的沉重負擔，而且以此之後，由於軍餉需要國家調撥而不能就地取餉，軍屯體系下軍餉主要來源於軍屯田收穫。
軍餉及時發放的可靠性大大降低。
從此之後，明王朝常有“打不起仗”的憂慮。
“萬曆三大徵”，僅援朝之役就耗資700萬兩，寧夏之役耗資200萬兩，擂州之役耗資至少200萬兩。
後來的遼東戰事、國內民變，無不在大量消耗軍費開支。
天啟、崇禎年間因軍餉不能及時發放，兵變時發，兵士索餉譁變，遍及各地軍衛。
明末農民大起義前期實力最強大的“闖王”高迎祥所屬部隊，多由明軍變節而來，就是軍餉不發的惡果。
拖欠軍餉甚至影響到了遼東，崇禎元年，遼東兵變，又是因軍餉所為。
而崇禎十七年，因湊不齊一百萬犒軍軍餉，而延誤了調吳三桂的關寧鐵騎入京，則又是放棄了明王朝的最後一顆救命稻草。
設想若軍屯體系未廢，軍費充裕，足以自給自足，又豈有此憂。
百年前軍屯廢馳的惡果，終於天啟、崇禎年間體現。
無論如何，明朝正統王朝直接滅亡於明末起義軍，殘部勢力滅亡於清軍。
與農民起義軍和清軍的長期兩線作戰是明朝滅亡的直接原因。
崇禎帝夙興夜寐，勤於政事，不是一箇中國傳統史學中“亡國之君”的典型形象。
但遭遇內憂外患的現實局面，內有天災大旱，以及以此為誘因而起的農民起義軍，外有遼東後金八旗鐵騎。
明末戰事常常出現兩大憂患交替之勢。
明朝單獨對後金時，曾取得了一定的勝利及戰略優勢，如天啟年間的“寧錦大捷”。
但隨之農民軍在黃土高原不斷發展，明末農民起義軍的發展壯大，無疑有加派“遼餉”“練餉”以及“剿餉”的因素，“三餉”無疑大大加重了底層民眾的負擔。
而為了支撐遼東戰事而消耗的人力、物力、財力，最終將轉嫁於底層民眾。
同時，為支援戰爭，也分流了對救災的投入。
因此，可以說，明末民變與遼東戰事有緊密的間接聯絡。
而明朝的兩線作戰，使其不能專注於一處。
農民軍有幾次在明軍的圍剿下瀕臨絕境之時，均恰逢清軍再次進攻京薊，因而得以恢復發展，當然這不是主要原因，最終被由農民軍內部攻破首都而滅亡。
而在遼東戰場上，崇禎十四年的松錦大戰之敗，使得其“九塞之精銳俱失”，十多萬精銳部隊陣亡沙場，遼東從此僅剩吳三桂所屬的三萬步騎兵，關寧防線徹底崩潰。
也讓明王朝喪失了最後一支完整的精銳部隊。
當然，當時的形勢下，也難以避免兩線作戰。
