天曆二月初二日（夏曆正月二十八日），李開芳所率陸路大軍進逼江寧。初三日，水軍前鋒逼近金陵，分泊大勝關至草鞋峽一帶江面。初六日，水陸太平軍大隊人馬趕到，分兵佔領浦口、江浦，切斷了江北清軍進援通路，完成對江寧的包圍。
江寧城外有高山要隘，內城十三門，外郭十八門，外加長江天險，秦淮護河，城防體系嚴密，易守難攻。江寧城防守的旗兵綠營加在一起不足五千人，臨時募集的壯勇也只有萬人。本應該全力守住要隘，阻擊太平軍，不過陸建瀛在九江已嚇破膽，竟然下令封閉內城城門，妄圖固守。他與江寧將軍祥厚分守南北城。
總督大人如此佈置，各級下官也只得如此行事。駐紮城外的江寧副都統霍隆武、江南提督福珠洪阿、徐州鎮總兵陳三光等將領眼見著太平軍東來，上司又要關門，哪還敢待在城外，一骨碌全跑進城內，至此清軍阻止太平軍進攻江寧的最後希望也破滅了。
太平軍則是環城進攻，地官正丞相李開芳率陸師扎聚寶門外，天官副丞相林鳳祥、殿右六指揮吉文元紮營儀鳳門外，金一總制黃益芸領右一軍攻旱西門。途中新加入的殿左三指揮朱錫琨率領前四、中五兩軍圍攻南京大東門、朝陽門，構成四面圍攻的態勢。
深夜，左二軍自從在採石磯下了船，急行軍一天一夜，僅在江寧城西南六十里板橋鎮休整過。鍾良相從師帥彭奕嵩那裡尋來兩頭騾車，都是用來拖拉全卒輜重，除了蔣琬體弱時常乘坐外，其他人都是徒步，即便是年過五十的陸遐齡，也是健步如飛。王靖元未經歷過長途跋涉，則略顯吃力，但也強忍著，畢竟只有同甘共苦，聖兵們打起仗來才捨生忘死。這是他來到這個世界第一次感到累，而且累得很痛苦。這不是通宵上網，也不是逛馬路溜大街，這是實實在在地走路，十幾個小時不合眼，還好他撐住了。
初六辰時，左二軍方才到達儀鳳門外營地，不過並沒有立即得到足夠的休息，而是各自搭建營地。按照營制，王靖元這一卒搭了四個帳篷，一個兩司馬分一個。幹完活後，林紹璋才下令休息，頓時全軍上下鼾聲一片。、
午後，營裡戰鼓齊鳴，王靖元緊急集合全卒人馬，隨彭奕嵩到監軍林紹璋帳下聽令。太平軍無論平時還是作戰，都以軍為最高建制單位。軍帥負責平時的訓練和行軍紮營等基本任務。戰場上則以監軍排程指揮，由監軍、軍帥、師帥一直到兩司馬，這是一套作戰指揮系統，又以職同監軍的各種典官及其屬官和僚吏組成後勤補給系統，在這兩班人馬之上還有個總製作為全軍的最高長官，管理全軍事務。以炎、水、木、金、土對應前、後、左、右、中軍，木二總制曾春發，便是右二軍的統帥。他此刻已被東王招到殿前聽用，職務卻沒變，所以左二軍目前是林紹璋說的算。
王靖元趕到時，只見師帥彭奕嵩正在約束部眾，整理佇列，趕緊率部下加入序列。隨後，全軍魚貫而出，趕往儀鳳門戰場，林紹璋打馬在前，軍帥黎振輝緊隨其後。
林鳳祥與吉文元將陣地擺在靜海寺前，萬餘大軍迎風肅立，仰望儀鳳門，或執明火，或持刀槍。左二軍並未作為突擊主力，被排在諸軍之後。只見數十門火炮猛轟城頭，鐵心實彈狠狠砸中城牆，頓時黑煙四起，少數落在城頭上，所到之處也是人仰馬翻。如此輪番轟擊了半個時辰，城牆仍是文風不動，炮聲漸歇。這邊，攻城主力前五軍開始做好準備，每兩人發下一具藤牌，兵器也多換成了短刀，排頭便是四五十架雲梯。先是，太平軍推出五尊短小精悍的臼炮，炮響後，轟出五枚開花彈，落地之處便是一片死傷，如此三番，城頭清軍氣勢喪盡。前五軍將士齊出，狂吼著衝向城牆，其身後，數百聖兵各持鳥銃抬槍跟進。
前五軍聖兵離城牆百丈時，城頭槍聲大作，清軍火器強行壓制。太平軍後排槍銃就地反擊，雙方死傷頗多。前五軍聖兵迅速接近城牆，四面架梯，緣梯登城。清軍冒死拋下雷石滾木，城下聖兵只能以藤牌擋避，避之不及，便是應聲倒下。城頭也有不少清兵被火器打中，不時掉落下來。
如此激烈戰況，不僅王靖元第一次親眼見到，卒中上下也是觀之大駭。左二卒三CD是新兵，從安慶行來，一路倉促，並無操練，與廣西老兵有天壤之別。每當有聖兵爬上城頭，陣中便是一頓歡呼。不過稍後，清軍又將缺口補上，如此廝殺了個把時辰，前五軍銳氣不再，方才鳴金收兵。雲梯奪城，只為儘量縮短雙方對峙時間，一鼓作氣，迅速攻破城防，守城士兵只要擋住幾波攻勢，攻城方便氣洩而退。
太陽將落，太平軍依次撤出陣地，監軍林紹璋、軍帥黎振輝去了林鳳祥大營。
次日左二軍三更做飯，移師水西門。原來昨晚統帥們選定城北儀風門為突破口，採用穴地攻城法，埋設火藥於該門之下。同時分攻各門，迷惑清軍。吉文元帶兵向東，林紹璋的左二軍獨自負責水西門。江寧城大，秦淮河穿城而過，自東水關而入，西水關而出，水西門便是緊鄰著西水關。
既是迷惑清軍，林紹璋自然不會死攻，但是樣子還要做，於是命令麾下五營師帥輪流攻城，彭奕嵩這後營被排在十四日。命令一下，師帥彭奕嵩、卒長王靖元都犯難了。王靖元是因左二卒沒上過戰場，本來希冀著打上幾場順風仗，也好磨鍊著，沒成想第一仗便是這攻城的硬仗，也不知要死多少兄弟。而師帥彭奕嵩則是想著如何立功，五個師帥，他最後一個上陣，清軍或許被前幾日佯攻麻痺了，如果一鼓作氣，說不定就奪下城門，這可立大功了。如今東王已經發話，要建都江寧，眼見著入城便要升職，這要是立下首登城牆之功，豈不是在東王那裡有了名號。到時候軍帥的職務也是手到擒來，他升上師帥，也是得益於上一次破武昌。不過麾下有不少新兵，戰鬥力不足，這也是正是他焦慮的。
戰力不足，解決方法只有實戰和操練，目前沒有實戰，也只能操練了。彭奕嵩親自督促，每日卯時集合，先是行軍奔跑，而後練習武藝，晚間還要練習識別旗語鑼鼓，戊時方才結束。如此四五日，全師新兵叫苦不迭，老兵也是苦不堪言。
強登城樓，必會死傷許多，這是王靖元不願見到的，眼見著第二天便是後營攻城的日子，忽心生一計，當晚帶著胡永祥等十幾個熟悉水性的聖兵來西水關下。只見那水關上下三層，設有閘門三道，前後兩道為木閘門，中間設鐵柵門以防敵人潛水入城，王靖元與胡永祥隨即潛入水底。天下承平日久，江寧近兩百年不聞戰鼓，西水關的防務功能早已弱化。王靖元摸到厚厚木閘底部，竟是泡軟淤泥，當下浮出水面與胡永祥計議，掘開汙泥，鑽過這道木閘。於是二人交替入水，不到一刻鐘，便鑽過木閘。再潛入鐵閘底部，此處緊要，上有純鐵所鑄閘門，重達千斤，水底鋪有條石，然年久失修，條石多有脫落，再招來多名水下好手，數人合力移除數段，出現一個僅容單人穿過的石洞來。穿過石洞，最後一道又是木閘，再次掘泥而入。
王靖元浮出水面，便已進入城內，秦淮河道里堵滿了烏篷船。四周並沒有什麼清軍，倒是二三十丈外有數個崗哨。王靖元使了個眼色，胡永祥貓著腰竄到往水西門方向偵查。半刻過後，胡永祥摸了回來。王靖元見已摸清了敵情，便帶著胡永祥原路返回。當下立即稟告師帥彭奕嵩，彭奕嵩聽後大喜，匆匆帶著王靖元求見監軍林紹璋。
林紹璋驚喜之後，立即點兵，撥出軍中熟稔水性者兩百人，由王靖元帶隊由西水關突擊。十三日辰時，天色微亮，春霧朦朧，左二軍突擊隊各個渾身赤條，口銜短刀。由王靖元、胡永祥帶頭鑽入冰冷的秦淮河中。求戰心切的袁宏謨只因不熟水性被撂在河邊跺腳，兩淮平原多善騎馬，而家住長江邊的池州人胡永祥則水下功夫了得。
江寧城的百姓從始至終沒想過在這大清的太平盛世會遭臨兵馬之災，更不知從哪冒出來的長毛竟然出現在銅牆鐵壁的江寧城外，自明亡二百年，江南人都忘記了什麼戰爭，不少人自信大清八旗和綠營的實力，更相信鐵桶一般的城池，盲目自信總是少數。平日裡，人手兩杆槍的大清官兵，欺負百姓倒是綽綽有餘的，叫他們打仗，恐怕是輸多贏少。面對著來路不明的太平軍，他們既新奇又恐懼。大軍征伐從來不決於小民，他們的疑惑只有靠時間來解答。
