午時二刻，織田信長在下令佐久間信盛率領所部留守寺廟群后，親自率領主力抵達了京都南邊。而聯軍北路軍在整頓了一個時辰後，終於勉強恢復了大部分的建制，擁有了一戰的能力。他們從南邊和東邊兩個方向，包圍了京都。除掉一個上午戰鬥的傷亡減員外，圍攻京都的聯軍總人數達到了11000戰兵。而京都內堅守的三好家在苦戰一上午後，同樣損失不小，只剩下了將將4000餘戰兵。
由於京都本身就不適合防守，無論是天皇和宮卿們居住的京都御所，還是退位天皇居住的仙洞御所，都僅僅是擁有簡單的牆垣罷了。雖然天皇已經被奪取權柄數百年，但是他在日本人心中的地位卻始終神聖而不可侵犯。即使是最為彪悍的武士，也不敢對天皇太過無禮。因此，近年來每次京都附近遭遇戰火，大家都會努力避開天皇的居所。
不過這一次，三好家似乎決定抵抗到底了。三好義賢以兵兇戰危為由，派人把天皇和宮卿們從京都御所、仙洞御所等地請了出來，送到西邊兩裡外的晴明神社避難。而自己則率軍進駐了京都御所，讓巖成友通和三好長逸進駐仙洞御所，準備死守京都。
三好義賢擺出這樣堅決的姿態，讓織田信長也有些趕到迷糊了。如果三好家主力和輔兵早就撤退，他們沒必要如此拼命啊？還是說，三好長慶給他們的命令就是竭盡全力拖住織田軍，為主力回師平定攝津的叛亂爭取時間。
不過，織田信長和三好義賢一樣，同樣是個天不怕地不怕的主。三好義賢既然敢犯天下之大不韙驚動天皇，佔據皇宮駐守，那他就敢直接進攻皇宮！
在收到了織田信長進攻京都御所和仙洞御所的命令後，聯軍上下一片譁然。因為聯軍並不清楚，三好義賢已經將天皇和宮卿送出京都之外，還以為三好義賢是挾持了天皇和宮卿，在皇宮裡據守。兵兇戰危，萬一在戰亂中傷害了天皇，這重擔誰也擔不起。不僅自己要切腹謝罪，家族也難逃滅頂之災。
一向正義感爆棚的淺井長政接到命令後第一個勃然大怒，他當時正坐在石墩上休息，聽到命令後幾乎跳了起來，一刀把石墩給劈成了兩半，同時對著織田信長的使者怒吼道：“織田殿下在想什麼？我們武士就是為了守護天皇而存在，豈能做出這種大逆不道的事情來！這樣的命令，在下拒絕接受！”
而織田家的諸位老臣，包括柴田勝家、丹羽長秀等人也反對織田信長如此誇張的命令，苦勸織田信長三思。明智光秀更是提議織田信長從本陣裡請出和三好家與天皇都有舊的足利義輝進行斡旋，請求三好義賢退出皇宮，實在不行也要讓三好義賢把天皇和宮卿們送出去再開戰。
然而，眾人的猶豫和抗命卻讓今天已經心情十分不爽的織田信長暴跳如雷。上頭了的他直接下令自己的旗本武士和直轄戰兵悍然強攻京都御所。這些織田信長的直轄部隊雖然不能拒絕執行命令，但是在進攻時也都不情不願，連前田利家、佐脅良之這些天不怕地不怕的年輕人打起來也束手束腳。戰鬥持續了兩刻鐘，織田家卻沒有取得任何進展。
無奈之下，織田信長只得妥協，派出明智光秀進入京都御所和三好義賢交涉。然而，兩軍接上頭了後才知道，三好義賢早已把天皇和宮卿們送走。感覺自己被耍了一般的織田信長再次暴怒了，立刻傳令聯軍全軍猛攻。沒有了心理包袱的聯軍使出渾身解數，三好軍漸漸地難以阻擋。仙洞御所在未時六刻淪陷，守軍退往京都御所坐著最後的抵抗。京都地帶道路複雜，地形狹窄，織聯軍沒法很好地展開兵力，給了三好軍堅持下去的機會。
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而與此同時，雨秋平和美濃三人眾經過多時的苦戰，終於擊退了三好義興，奪回了岡崎神社。三好義興退回銀閣寺後，美濃三人眾便不願意再追擊，而是直接追隨著織田信長中路軍走過的路追趕而去。畢竟，打下銀閣寺算不上什麼，但是進入京都卻是莫大的榮耀。
而雨秋平手下的部下們，也都紛紛請戰。雨秋平不是傳統的日本武士，沒有那麼強烈的榮譽感，但是他的部下可不一樣。吉崗勝政。御前崎仲秀這些人，都快把雨秋平的耳朵磨出繭來，一直催促著他也進軍京都。
而織田信長，更是派出傳令兵下令聯軍本陣內的50000輔兵攜帶著大量的輜重，沿著北路軍進軍的路線前去京都。他認為京都馬上就可以攻陷，要開始進行整頓工作了，輔兵就必不可少。
眼看著連輔兵都要進京了，而自己還待在岡崎神社，常磐備部下的不滿集體爆發了。雨秋平雖然無意搶攻，但是也只得順著部下的心意，整頓部隊準備向京都進發。
然而，就在他準備出發前，卻發現有幾十個鬼鬼祟祟的人騎著馬從岡崎神社的南門溜了進來。雨秋平眉頭一皺，就帶著身邊的侍衛向著那邊追去。等他趕到時，發現領頭的正是幾天前從二條城裡逃出，來給聯軍報告足利義榮病逝的那個小姓。他正領著幾十個人拿著鏟子，在那裡挖掘著什麼。
“你們是誰？”雨秋平皺著眉頭，有些不滿地問道。而他身後的龍子等人也紛紛都是抽刀出鞘，十分戒備地看著那幾十個人。
那幾十個人聞聲轉過頭來，發現是一個穿著紅葉披肩的人帶著十幾個頭盔上插著紅葉的侍衛，立刻認出了這是雨秋平。
“紅葉殿下。”領頭的那個小姓恭敬地答道：“在下等人是公方殿的奉公眾。”
“奉公眾來這裡幹嘛？你們不好好留在本陣保護將軍，跑到前線幹什麼？”雨秋平意識到這是足利義輝的部下後，更加不滿地責問道。
由於雨秋平和足利義輝的糟糕關係，那幾十個奉公眾對雨秋平也有很深的敵意。其中有十幾個人索性直接繼續開始剷土，還有一個人沒好氣地冷哼了一聲：“這裡還哪裡是前線？京都才是前線。把我們公方殿晾在後面，切。”
