不過出於對機動艦隊本身的安全性的擔憂，南雲忠一拒絕了對方，提出發動第三攻擊波的請求。
他向所有前置艦隊釋出命令，要求還沒有返航的戰機，迅速返航所有，輔助艦隊做好返航準備。
110，正在南太平洋地區執行任務的薩拉託加號航空母艦，在得到了太平洋艦隊的緊急命令之後，已經趕回到了夏威夷，200海里之外。
同企業號組成了雙航母戰鬥群，雙方的偵察機正在夏威夷以北緊張有序的搜尋著日本艦隊的蹤影。
同時，越來越多的美軍飛機從美國本土抵達夏威夷，這些美軍飛機無論是偵查機還是轟炸機，全部起飛尋找日本機動艦隊的行蹤。
130，南雲忠一在得知了薩拉託加號航空母艦和企業號航空母艦已經組成雙航母戰鬥群，並且大批的美國本土飛機已經抵達夏威夷的情況下，在思索了片刻之後，直接下達了全艦隊返航命令。
145，最後一艘在同美國海軍作戰的日本潛艇脫離戰鬥。
至此，對珍珠港的攻擊行動全面結束。
445，夏威夷總督簽署了行政命令，宣佈夏威夷進入戰爭狀態。
從730左右，第一攻擊波抵達珍珠港上空，到130第二攻擊波返航，整個攻擊力全部用時6個小時。
日本航空兵，在用極其微小的代價，取得輝煌的勝利。
其擊沉了，亞利桑那號戰列艦，賓夕法尼亞號戰列艦，田納西號戰列艦，內華達號戰列艦，馬里蘭號戰列艦。
停泊在珍珠港的太平洋艦隊的八艘戰列艦，有五艘直接被擊沉，剩餘的三艘全部遭到了極其慘重的損傷。
與此同時，在珍珠港內停泊的，其他巡洋艦和驅逐艦也遭到大量的損失。
有六艘重巡洋艦直接被擊沉，被擊沉的驅逐艦高達17艘，整個太平洋艦隊主力幾乎全軍覆沒。
夏威夷的空軍也遭到極大的損失，有273架飛機，停在地面上沒有來得及起飛，就被日本空軍摧毀。
其中有57架飛機升上天空之後被日軍機會而日本航空兵一共只有43架飛機被擊毀。
整個夏威夷地區的人員傷亡，達到了2745人。
雖然這次攻擊取得了極其輝煌的成功。
但是，作為這次攻擊最為主要的目標，美國太平洋艦隊的三艘航空母艦，沒有一艘在這次攻擊中受損。
企業號和薩拉託加號，甚至還在戰役的後期組成了雙航母戰鬥群，準備尋找日本機動艦隊主力進行決戰。。。
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