在清軍的兩路夾擊之下，李自成知道關中的陷落已成定局，若是再繼續死守潼關等到阿濟格兵臨西安城下自西夾攻，等待大順軍的唯有覆滅一途。
無奈之下，李自成被迫帶著主力撤回西安，只留下巫山伯馬世耀帶著七千士兵在潼關阻擋多鐸。
以七千士兵獨擋數萬強敵，馬世耀根本無力抵擋，遂假作投降卻暗中向李自成送信，請李自成回師潼關內外夾攻擊敗清軍。
誰知道派出的信使被伏路清軍俘獲，第二天，多鐸以打獵為名，在潼關西南十里的金盆口設下埋伏，然後謊稱舉行宴會，把馬世耀部下的馬匹器械全部解除，一聲號令，埋伏的清軍突然衝出，把馬世耀和他部下七千餘名大順軍將士全部屠殺。大順軍擊敗清軍最後的希望就此破滅。
阿濟格大軍南下，潼關失守，守住關中無望的李自成決定放棄西安，取道藍天、商洛向南陽轉移，和留在荊襄一帶的大順軍白旺部會和。
正月十三日，李自成命令權將軍、澤侯田見秀殿後。隨行的有汝侯劉宗敏、、磁侯劉芳亮、綿侯袁宗第、義侯張鼐等大將，以及牛金星、軍師宋獻策等大順高官，還有包括皇后高氏在內的眷屬，兵員約為十三萬。
當然這部分並非大順軍在陝西的全部軍隊，此刻李過高一功在榆林還有數萬人，而漢中寧夏、甘肅、西寧還分別有數路順軍來不及撤退。在另一個時空，李過等部順軍選擇了西上甘肅會合黨守素等甘肅西寧的軍隊，然後取道漢中南下四川，一路順江而下到達荊州一帶，直到李自成死後才在湖廣和隨李自成東下的大順軍餘部會合，後被南明朝廷改編為忠貞營。
李自成倉促撤退純屬無奈之舉，他沒有選擇西進和以上數路順軍匯合，因為西北甘肅西寧一帶都是荒涼之地，即使到了那些地方也沒有發展潛力。而經武關南下，到達湖廣，卻是大明的富裕之所，李自成打算以荊襄為根基，南下可攻略湖廣全境，順江東下可以攻打南京江南大明腹心之地。
為了遲滯清軍的追擊，李自成下令殿後的澤侯田見秀燒掉西安來不及攜帶的糧食和庫存物資，把整個西安城燒個精光。可關鍵時候，田見秀犯了婦人之仁，認為與其燒掉了糧食，不如留給百姓們度過饑荒，燒了西安城更會使得大量的百姓無處可住流離失所。便只燒掉了東門城樓和南門城樓。
田見秀的婦人之仁使得清兵在西安得到了大量物質補給，得以從容休整。而事實上經歷了數月的行軍作戰，清軍也已經疲憊不堪。多鐸部率先攻佔了西安，很快阿濟格也帶著北路清軍與他會合，兩軍便留在西安休整，並向滿清朝廷請示接下來該如何動作。
滿清攝政王多爾袞代表滿清朝廷傳來旨意，先是斥責了阿濟格因迂道至蒙古鄂爾多斯部落索取馬匹，耽誤了時間才沒能把李自成留在關中，命令把西安的清軍一分為二，阿濟格帶領一半清軍南下追趕，將流寇餘孽務期剿除，以贖從前逗遛之咎。多鐸則帶著另一半清軍出潼關經開封歸德府向南攻打大明南京朝廷。
連續的勝利，使得滿清上下狂妄無比，自認為整個天下再也沒有對手，不管是逃往內鄉南陽的順軍還是揚州南京的明軍，都抵不住一路清軍的攻擊。剿滅順軍，滅掉大明，一統天下在此一舉！
而此刻，但從數量上來說，大順軍的兵力依然遠在清兵之上。李自成從西安帶著十三萬大軍走藍天出武關到達南陽府內鄉縣，而荊襄四府的白旺郝搖旗還有順軍數萬，而聚集在西安的清兵總兵力也就八九萬人，還一分為二，追趕李自成的阿濟格部總兵力也就四萬多。
不過清兵都是真正的八旗精銳，吳三桂尚可喜孔有德耿仲明部漢軍旗戰力也是超絕，戰鬥力不是屢遭失敗的大順軍能比。
在西安休整了一段時間之後，阿濟格帶軍向南追擊。
而李自成軍隊數量雖然遠在清軍之上，可是大敗之後士氣低落，撤退時又拖家帶口，行動遲緩。正月十三日出發，二十九日才到了內鄉，並在此停留修整了很長時間。直到阿濟格部清軍追趕上來，才於三月十八日拔營南下湖廣。
而順軍的內部就南下路線來說有過激烈的爭執，按照李自成的計劃，大順軍應該直奔南京，佔據大明的東南財富之地。由於顧君恩的竭力勸住，才決定南下襄陽承天，和白旺部會合，畢竟順軍在荊襄四府已經經營了很長時間。
從崇禎十八年的三月到四月，順軍在鄧州、承天府、德安府一帶和清兵連續交戰，卻屢戰屢敗，荊襄四府根本守不住，李自成便只能試圖率軍渡過長江，向長江以南轉移，遂和盤踞在武昌的左良玉軍接觸併發生了戰鬥。
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在阿濟格率軍南下追剿大順軍的同時，多鐸帶領另一半的八旗主力約四萬多人，於二月十四日出潼關，經洛陽東進至歸德府，三月初九，攻陷歸德橫掃河南大半地區，河南諸州縣皆為其收降。大順軍將領劉忠，明河南總兵許定國等部紛紛投降。
而西北乃至河南河北山東一帶，原本投降了大順的明朝降官降將，紛紛拜表改投了清廷，比如大順寧夏節度使陳之龍、投降大順的原明朝總兵牛成虎，以及白廣恩、姜鑲、唐通、黎玉田、馬科等，滿清平添了十數萬降軍改編為綠營，用以鎮守各地，從而抽調出八旗主力用以南下攻打順軍和大明。
多鐸軍到達歸德府，再往南就是南直各府，也就是平南侯陳越的轄地。早在多鐸清軍出潼關向東之時，在歸德的劉能就探出了清軍的情報，急急的把情報送往揚州南京。
得到清兵大舉南下的訊息，南京朝廷大振，急下令江北總督陳越整斥防線，務必把清軍擋在淮河以北。同時命令左良玉部死守武昌，守住長江上游，擋住闖賊南進東下之路，逼迫闖軍和清兵死戰，好坐收漁翁之利。
對現在的大明來說，等於受到清軍和順軍的兩路夾攻。這兩路大軍哪一路都是大明的死敵，哪一路也都不好惹都曾屢次擊敗過明軍。
形勢如此危急，剛剛偏安南京一年時間的崇禎朝廷陷入一片恐慌之中。
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