原因很現實，汙染。
製造化合藥，廢氣、廢水、廢渣是三大汙染，成分複雜，汙染危害嚴重，淨化要付出很大的代價，一旦大規模生產，對空氣、水和土質的危害都很大。對空氣損害就是直接影響元氣，而危害水和土質，就是危害綠色植被的生長和純淨，這是本世界生成元氣的主體，怎麼能不重要？
事實上，有人類活動就對天地元氣有破壞，但這是避免不了的，只能儘量用科技和術法的淨化手段，儘量減少對天地元氣的破壞。像本草藥的炮製工段也是有汙染的，但這汙染遠遠比化合藥小。何況，化合藥物也沒上升到國計民生的程度必須得生產，這只是現有本草藥學的一種補充，補充可以要也可以不要，除非太醫署能用純科技力量解決汙染問題，別想著靠法陣，大耗元氣的法陣道門是不願意多用的，能少用就少用。
不只道門反對，劍閣梵音寺天策書院都反對。
四大宗門都佔全了，有這樣大的阻力，太醫署哪還敢研究下去？
何況太醫署內的反對者就多，各個醫道世家的勢力少有支援化合藥物的，畢竟都是繼承本草醫藥學，轉變思想是不容易的，除非有極大的利益；但有道門施加壓力，就算製造化合藥有巨大利益，也沒哪家敢上啊？——凡是不妥協的，都是被滅的結局。
沈清猗一早就知道，道門不是那麼仁慈。
道門的確重生，一切道都是求“生”，但求的是長生，不是普通百姓的生。
凡與道門的長生大道相悖的，都會被道門無情的掐滅。
在道門待得越久沈清猗越清楚，有多少“無益”、“用處不大”的成果被鎖在藥殿的石櫃中，不見天日……就像這牛痘，二十五年前師尊就留下了筆札，難道藥殿真是近期才完全研究成功？不過是留著……等待最好的時機。而她就是這個時機。再往深裡想，藥殿設立外殿，招攬民間有名的大夫郎中研究各類瘟疫的防治，除了為善為生的一面，恐怕更多的，是為了道門的聲望和信仰力的集聚。
沈清猗看清這一點，並沒有因為道門的這種“冷酷”而憤慨。
上古廣成子等大能成立道門，為的是人族傳承巫道不滅，可不是為了救死扶傷。所以藥殿叫藥殿，不叫醫殿。研究藥的，不一定是為了治病。佛陀的道是行善，解救眾生之苦，而道門的道是成神之道，這是逆天而行，天不允許人成神，但也是順天而行，因為大衍四十九中的遁去的一，這就是天道給人的希望。而墨家武宗和文宗分裂，便是因武宗棄兼愛之道，以追尋進化為道，故立劍閣。道不同，又如何能強求？
沈清猗當然沒想過要改變道門的道，這是愚蠢的，世間河流無數，原就不能要求只有一條大河。但是，藥殿的一些做法可以改變。
她對太上長老道荷子說：“不破不立。”
什麼是煉丹之道呢？本質上也是提取分子進行各種淬鍊組合，但因是道則分解融合，有毒之氣自然消解，不會對丹師和天地有害。然而煉丹原料是最大的問題。如今已經不是靈氣濃厚、天材地寶到處生長的遠古時代了，“我們只能無中生有。”
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按照正常的演變，這個世界的天地元氣還是會越來越稀薄，而本草藥效得不到足夠的元氣滋養，其藥效也必定是在一個逐步的下降過程中，可能兩三百年後，一千年的靈芝藥效只抵得上現在五百年份的，再往後幾百年，恐怕這類生長週期長的靈藥就要絕跡了，人工養殖的又如何比得上天生地養？那時的丹師們又怎麼辦呢？恐怕丹道就要絕了，不是絕在人才上，也不是絕在傳承斷絕上，而是絕在“無藥可用”上。“為了丹道的傳承不滅，我們也必須無中生有。微分子就是一種手段。如果天地沒有，那我們就自己造。人族當初能在沒有靈根的凡體下，進化出巫靈體，我們有什麼做不到呢？”連神我們都能造了。
“當然，最初的化合藥必定很低端，我估計，百年內都不能為我們丹師所用。”
甚至對普通人的治病都有著毒副作用，比不上本草藥。
“但是，任何發展都要有開始。”
遠古時代的人族不也是在萬年的混血進化中才有了巫族嗎？只要有研究，就會有發展，百年後，合成藥的技術必定會越來越高明，也必定會向生命藥物學發展，那時，就有希望成為丹師們煉丹的原料，而這個原料是不會枯竭的。
有這個前景，化合藥暫時的破壞也就無懼了。
總不能因為害怕噎死，就不去吃飯。
當然，淨化技術的提高這就是朝廷要做的了。
這些說服道門的話沈清猗當然不會和外祖家說，事實上道門的態度跟這些醫家反對分子藥學的原因是兩回事。
沈清猗在這裡說的也是“不破不立”。
宇宙是多樣的，這個世界也是多樣的，所以有不同的道，如百花齊放才是春，醫道也是如此，一道獨存不會長久，最終會因缺乏競爭和補益而發展緩慢，甚至停頓發展。
她說道：“分子藥學和本草醫藥學走的是不同的路，這是一個打破，也是一個有益的補充，微觀藥學在急救方面，在制定量化、規範化用藥上，都有它的優勢。譬如戰場上的急救用藥，這是本草藥不及的，不是做不到急救，而是在價效比上，化合藥更佔優勢。譬如用藥的量化、規範化，本草藥學很難做到，同樣的病症，因病人體質不同，用藥的分量就不能一樣，這是因微而變，沒法去規範，量化也是不合適的。譬如藥堂裡售賣的風寒丸藥散劑，若不按醫囑根據症狀進行配伍，同樣是風寒症，同樣吃一盒的效果就不一樣，有的治得好，有的治不好——這是藥的問題嗎？不是，這是醫的問題。”
她又說到大唐的國情。
論醫者的培養，宏觀和微觀哪個快？這是很顯然的。本草醫道至少需要二三十年的經驗累積，這個培養時間太長了。而帝國有多少人口，現在的醫者又有多少？能真正治好病的醫者又有多少？一個風寒症就能奪去那麼多人的性命，這不是很可笑？哪裡是醫道的問題呢？早三百年前就被各醫家論述解決了——這是醫者不會治的問題，不能分表裡溫涼，散發補益，有的甚至是該發散時反而去溫補，越治越重，辨症析微把握不準，用藥不對症，怎麼能治呢？還有一個小兒痢疾，竟也能死那麼多人，這是不能治嗎？不是，換了申翁和四位叔叔，任中一位去辨症，一劑藥下去就能包治，但多少醫者能有您四位的水平呢？上升到整個江東道，這樣的醫者也不多啊。而江東道有多少平民戶？鄉村又佔多少人？一個縣能醫、會醫的醫者又有多少？
沈清猗招手讓道侍拿出一個白玉瓷瓶，說道：“這是我煉的傷風丸。不管風寒還是風熱，不管感染性還是非感染性，不管病者體質如何，輕者一次三丸，重者一次九丸，一刻鐘內立愈。”
皇甫申和皇甫懷正父子五人眼睛放光，盯著那玉瓶彷彿是看無上珍寶。
沈清猗清冽的聲音道：“如果是這種藥，就算是庸醫，只要能分辨症輕症重，都能指導病患正確服藥；就算沒錢看大夫郎中，只要看得懂藥瓶上的劑量說明，也能自己用藥治癒。如果有這樣的藥，醫者的水平又需要多高呢？類似傷風吐痢這種常見病還能大量的死人？”
皇甫申父子的目光愈發灼灼，皇甫懷仁忍不住問：“文茵，這藥容不容易煉？”
沈清猗輕嘆，舉起玉瓶說道：“這瓶藥用了三十四味本草藥，一爐只煉出七十二丸，不算丹師煉製人工，只算藥草成本，就是一百四十五兩銀。”
