飛龍隊經歷八路軍著名戰役後，隊伍日漸壯大。而吟天隊也在各大會戰中嶄露頭角。兩隊都引起日軍注意。為嚴懲投敵者。
吟天隊在特工白玉璃協助下，潛入上海準備暗殺一名投敵官員，卻遭遇埋伏。危急時刻，地下黨指引飛龍隊殺到接應，重傷毒蟒特戰隊。
毒蟒深感無力，在汪精衛正式建立偽國民政府後，毒蟒開始授權陳空組建毒牙漢奸特工隊。
昆侖關、五原之戰後。毒蟒設下圈套，率領特工隊配合日軍於棗宜，殺害國軍名將張自忠。而此期間，八路軍先消滅日軍“名將之花”阿部規秀，不久又發動百團大戰，令日偽震驚。
為此，毒蟒決定執行“屠龍”計劃，開始著手準備圍剿刺殺八路軍總部首長。
飛龍隊奉命督促新四軍北撤，遭遇“皖南事變”。當周恩來在重慶為新四軍尋求公道之時，飛龍隊則著手協助新四軍重建，才返回八路軍。
飛龍隊歸隊後，孟飛龍救援狼牙山五壯士失敗，自責不已，但在黃崖洞保衛戰中又找回自信。
隨後，兩支特種部隊再次聚首上海，各自查清日軍企圖偷襲珍珠港的陰謀，並再度攜手痛擊“毒蟒”、闖出上海。“珍珠港事件”後，美國參戰。
吟天隊奉命隨遠徵軍孫立人部，在緬甸救援英軍，讓盟軍對中國人刮目相看。
飛龍隊則在麻田，大戰假八路軍，但八路軍總部被日軍圍攻，左權犧牲。此後不久，古伯雄執行任務時被暗殺。
另一方面，中共康生的親信懷疑柳雲權為特務，導致柳雲權拒捕時墜落山崖。
隨後，飛龍隊趙宇在奉命掩護郭吟天時英勇犧牲。吟天隊鄒瑾為保衛常德也不幸陣亡。兩隊遭受巨大損失，痛定思痛，再度出擊，聯手救援美飛行員、消滅重慶日特，毒蟒親信水川、女兒銀狐先後亡命。
日軍敗局已定，飛龍隊奉命趕往東北，潛入哈爾濱，突襲“731”駐地，但敵人已在美國掩護下逃走。
之後，根據潛伏在吟天隊的“赤鴿”情報，飛龍隊協助吟天隊追捕毒蟒。兩個特戰隊在日軍秘密基地大戰頑敵。
中國特戰隊戰士為此犧牲極大，孟飛龍和郭吟天面對荒野中毒蟒的投降，再也無法忍下心中的憤怒，一起射出複仇的子彈……
當孟飛龍拾起毒蟒扔出的名單，潛伏在飛龍特戰隊中的軍統特務“流星箭”現出身影……
三、電視劇特點
1、風格的轉變電視劇要貼近歷史、貼近社會、貼近時代，給觀眾留下思考體會的韻味。同時加強歷史劇因素，減少傳奇劇因素。進一步脫離臉譜化的人物設定和情節設計，充分體現出可信、充分、完整的人物形象和歷史畫面。對人物無論正邪都要有充分的人性化設計，對於歷史事件處理，避免以過分誇張去違背合理邏輯、去淡化歷史的沉重感。進一步挖掘史料，增加小說版與動漫版中未涉及的歷史戰役與細節，擴大內容題材。
2、人物縮減原作中，僅僅是兩個小隊的高手就多達50人，為方便電視劇的拍攝、節省成本，各方主要人物一共僅剩二十多人。在此版本中，僅在主要人物中保留周恩來、左權、蔣介石、戴笠四名歷史人物。特型演員可只用兩名周恩來與蔣介石）。其餘歷史人物以單集配角、龍套角色乃至主角臺詞來表現，最大程度減低製作方人員成本。
3、劇情改變原作本來多達六十回合，每一個回合都是一個故事，電視劇劇本根據抗戰歷史年表，進行重新演繹，除了增加更多歷史事件外，同一歷史事件注重挖掘與打造全新細節，力求與其他版本皆不相同。
4、主線增加原作由於是幽默式評書話本，基本圍繞飛龍與吟天兩條主線進行暢快淋漓的鋪陳。進行電視劇改編，加入了日軍“毒蟒”特戰隊這條主線。同時圍繞周恩來與蔣介石，去表達抗戰時期國共錯綜複雜的關系，形成歷史主線。
5、輔線展開尤其是感情線的展開，如郭吟天與白玉璃、劉蘇河與林雪瓊、孟飛龍與風祭綾、白玉璃與水川數條愛情輔線。同時加強三方諜戰之間的情節。
6、人名的改變。當初原作中特戰戰士的名字是為了宣傳遊戲而進行網路徵名除了郭吟天和孟飛龍）。為防止不必要的麻煩，徵集來而保留人物的名字除了喬清宇外喬清宇為歷史中真實存在的新四軍基層烈士），其他都進行了改名，也方便人物角色的合併。但在龍套角色中，也會偶爾出現原來的名字，來吸引原遊戲玩家。
