本次軍機會議最終達成了三項決議，一是確立了對後金以守為主的戰略，放棄了短期內收復遼東這項不切實際的計劃。
今後的寧遠防線，堡壘最多隻修到錦州一線，不再向東擴張，孫承宗欲以堡壘戰術收復遼東的算盤，可謂是半途而廢了。
在座君臣已經預料到，當遼餉從每年五百萬兩削減至四百萬兩，遼西將門集團必定煽動兵『亂』，即將督遼的兵部尚書王在晉，已經感覺到萬鈞重壓在肩上。
二是把新軍和軍校提高到關係大明生死存亡的地步，在座官員們都自動成為西山軍校的教員，現在就開始展開軍校的籌備工作。
西山軍校的組織架構是朱由檢抄襲自黃埔軍校的，朱由檢將親自擔任西山軍校校長，副校長為孫承宗，司業為袁崇煥，教授為鹿善繼、茅元儀等。
為了籌備新軍和軍校，朱由檢將從內帑中掏出一百萬兩交由孫承宗，其中四十萬兩將用於西山軍校，六十萬兩則用來組建新軍。
而這，僅僅只是新軍和軍校未來一年的糧餉而已，想要新軍形成戰鬥力，西山軍校成為黃埔軍校，朱由檢還要花費更大的代價。
三是對軍機處群臣的工作安排，首先是軍機大臣孫承宗，負責輔佐皇帝軍機大事，主持軍機處全面工作，並主要負責新軍和西山軍校的籌建。
軍機中丞、兵部尚書王在晉的頭銜上又多了個薊遼總督的職務，會議結束之後，王在晉將帶著朱由檢賜予的尚方寶劍前往遼東上任，總督遼東、薊州二鎮。
袁崇煥、鹿善繼、茅元儀不僅要輔佐孫承宗籌建新軍和軍校，還要負責組建軍機處參謀司，培養參謀人才，這也是為日後朱由檢組建總參謀部打基礎。
範景文、李邦華兩位東林黨骨幹則被分配到四衛營，督四衛營。
所謂四衛營，便是皇帝二十六衛親軍中的精銳，分別為騰驤左衛，騰驤右衛，武驤左衛，武驤右衛。
在二十六衛中，其他衛營都是守衛皇城，俱為步兵；而四衛則是隨駕護衛，屬於皇帝的親衛部隊，基本皇帝走到哪裡，四衛則跟到哪裡，且四衛還是最精良的騎兵，這也是四衛歸屬御馬監掌管的原因。
按照衛所編制，一衛兵馬應有5600人，但如今衛所制度已經徹底敗壞，一個衛所能有一千兵馬都算不錯了。
而四衛營多年沒有徵戰，戰力早已荒廢，全部兵馬加起來也不過五千而已，御馬監的軍馬，也僅有三千之數，五千兵卒中，能騎高頭大馬的騎兵不足一千。
在朱由檢的估算中，大概還有兩年他就要領兵親征大戰後金，可作為皇帝親衛的四衛營如此不堪，朱由檢肯定是不滿意的。
於是他便將四衛營交給範景文、李邦華去折騰，範景文督騰驤左右二衛，李邦華督武驤左右二衛。
朱由檢命範景文、李邦華督四衛營，也有為將來改革京營打前站的打算，只是京營牽扯極大，在新軍和四衛營還未形成戰鬥力前，朱由檢不打算輕動，以免觸動利益階層，狗急跳牆煽動京營叛『亂』。
須知道京營一旦叛變，朱由檢僅憑錦衣衛和四衛營，很難有百分百的把握平定叛『亂』，屆時一旦被京營打進皇宮，生死存亡也只在一線之間了。
朱由檢毫無疑問，是個貪生怕死之人，在沒有絕對把握之前，他不會對京營大動干戈的，欲動京營，新軍和四衛營必須擁有鎮壓京營的戰力才行。
徐光啟、孫元華則組建軍機處兵備司，負責為新軍研製大炮、火槍。
朱由檢開金手指特招來的楊嗣昌、孫傳庭、盧象升三人也沒閒著，朱由檢知道進入崇禎年後，陝西便會爆發連年乾旱，成為農民起義的中心地帶。
為此，朱由檢特命楊嗣昌、孫傳庭、盧象升三人在西山軍校學習三個月後，便奔赴陝西，要求三人各以西安府、臨洮府、延安府為中心，在三地展開招兵工作，招募秦兵組建新軍。
秦兵向來英勇善戰，為歷朝歷代兵源最好之地，歷史上孫傳庭率領的秦軍，便和關寧鐵騎、天雄軍齊名，號為明末三大軍。
朱由檢命楊、孫、盧三人到陝西招募兵丁，一可削減流民數量，二可編練精兵，可謂是一舉兩得。
軍機會議散會之後，朱由檢還特地將楊、孫、盧三人留了下來，面授機宜。
朱由檢此舉也是向漢武帝學習的，漢武帝劉徹發現衛青的外甥霍去病有帶兵天賦，便將霍去病接到自己身邊培養，霍去病的作戰思想由漢武帝親自傳授，漢武帝簡直把霍去病看成了自己的影子，對其恩寵無限。
結果霍去病也未讓漢武帝失望，幾次出征匈奴，便成就了封狼居胥的千古功業，成為歷代漢家將軍爭相效仿的物件。
說實話，楊、孫、盧的軍事天賦是遠遠不如霍去病的，但霍去病的天賦才情可遇不可求，千年以降亦唯此一人罷了。
朱由檢只希望透過後天的培養，他們能有一人達到戚繼光的水平就足矣。
三人首先拜謝朱由檢的皇恩浩『蕩』，將他們從六部冷板凳調入軍機處授予重任。
朱由檢道：“朕簡拔爾等進入軍機處，皆因從爾等身上看到了知兵天賦，楊卿家學淵源，孫卿多有謀略，盧卿天生神力，此皆為名將之資也，倘若著重培養，爾等未必不如戚少保矣。
且頗為難得的是，爾等皆為進士出身，倘若能立得軍功，朕以為大可不必循入閣舊制，非要在翰林院枯坐二三十年冷板凳方可入閣。
朕所期望的閣臣，是漢唐時‘上馬能治軍，下馬能治國’的宰輔之臣，而非那些只曉得抱著四書五經治國的腐儒。”
楊嗣昌、孫傳庭、盧象升三人至此方知，原來天子竟對他們寄予何等隆重厚望，這是將他們當作未來閣臣培養啊！
須知道，三人都不是一甲進士及第，唯有盧象升一人是二榜進士出身，楊嗣昌和孫傳庭都是三榜同進士，按理說應該沒有入閣希望的。
可如今朱由檢卻許以他們入閣機緣，這叫他們如何不對朱由檢感恩戴德，恨不能以死相報。
三人原本想跪下對朱由檢三叩九拜，但想到朱由檢剛剛廢除了軍中跪禮，只好拱手彎腰拜道：“陛下之恩比天高，比海深，臣等唯有披肝瀝膽，死而後已。”
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