此後，天子拜吳潛為左丞相兼樞密使，並欽命於兩淮軍中拜賈似道為右丞相兼樞密使，及京湖宣撫大使，率軍進師漢陽，以救鄂州之圍。賈似道雖然想起昔日漠北之遇便覺蒙古人可怕，但卻不敢推辭，只得拜命。
吳潛二次任相，乃坐鎮中央，協調各路軍民竭力抗蒙，倘遇軍情緊急，往往先斬後奏。他還力主清算丁大全餘黨，招來忌恨。天子無子息，欲立弟弟與芮之子忠王趙禥為太子，吳潛諫道：“臣無彌遠之才，忠王無陛下之福”，天子大忌。
賈似道則自知武功才學不足以禦敵，以此鬱郁不樂。時有門客舉薦太學生鄭隆文武兼全，賈似道便命將其招徠門下。鄭隆素知賈似道奸邪無比，只怕難與共事，乃具名刺，先獻一詩雲：“收拾乾坤一擔擔，上肩容易下肩難。勸君高著擎天手，多少傍人冷眼看。”賈似道見詩中有規諫之意，罵為狂生，把詩扯得粉碎。不在話下。
賈似道擇日率領門下賓客，文有廖瑩中、趙分如等，武有夏貴、孫虎臣等，精選羽林軍二十萬，披甲執銳，浩浩蕩蕩，開赴漢陽，旋入鄂州督師。宋蒙兩軍激戰近月，蒙軍萬戶張柔在百計用盡，久攻不克之下，遂會忽必烈集中手下精銳，發起強攻，終令宋軍守將張勝戰死，城中軍民死傷至一萬三千餘人。賈似道見鄂州將破，大驚，遂移師黃州，避敵鋒芒。途中，賈似道忽聞前軍遇敵，嚇得手足無措，連嘆“死了”。卻見探馬再報，說是叛將儲再興率領的小部老弱殘兵。賈似道心道：“原來是他！什麼時候竟成叛將了？”這便精神一振，立命孫虎臣率兵剿殺。儲再興嚇得落荒而逃，賈似道看得哈哈大笑。甫至黃州，賈似道便與廖瑩中諸人商議，乃修書一封，密遣心腹宋京赴蒙古軍乞和，求其退師，情願稱臣納幣。忽必烈不許。賈似道遣人往複三四次。此時忽必烈駐於牛頭山，忽得其妻密信，稱蒙古主蒙哥死於合州釣魚山下，幼弟阿裡不哥欲在漠北的和林稱汗。忽必烈一心要回師篡奪大位，遂無心戀戰，急欲撤軍鄂州，乃聲言趨臨安，卻移師青山磯；又遣張文謙告諭諸將六天後撤離鄂州，遂退保滸黃州。適賈似道在得知蒙哥死訊後，不僅不乘機反擊，反而再遣宋京以長江為界，歲奉銀、絹各二十萬兩、匹為條件，向蒙古軍稱臣乞和。忽必烈方從其請，卻以當請於朝為辭，將乞和之事擱置起來；即日，留張傑、閻旺接應兀良合臺軍，乃率大軍星夜拔寨北歸，奔喪奪位。
且說當日忽必烈揚言直下臨安，天子聞訊大驚，問計於群臣，吳潛建議遷都，天子疑道：“卿欲何之？”吳潛道：“死守於此”，天子當即不悅道：“卿欲效張邦昌耶？”
天子之疑吳潛，蓋因賈似道一方面指使侍禦史沈炎彈劾吳潛在立儲問題上“奸謀叵測”；一方面又上疏請立忠王為太子，藉以討好天子；同時力陳吳潛專權之謬，指出：“······欲除國之積弊，倘然‘頭痛醫頭、腳痛醫腳’，豈能根治？譬如牙病，必得良藥，君臣佐使，盡拔毒髓，然後可愈······”正巧天子久患牙痛，雖屢延太醫，也是經常發作，於是急詔賈似道擬方診治。賈似道遂以一劑《三黃瀉心湯》奉上；果然三日不到，藥到病除。天子大喜，於是盡信其言，即命翰林草制，罷吳潛相位，謫建昌軍。
賈似道時在軍中，見蒙軍果然北歸，鄂州之圍頓解，遂出動大軍，攔殺了殿後的蒙軍一百七十餘人；又將議和、稱臣、納幣之事，瞞過不題。反而上表誇張己功，只說蒙古懼己威名，聞風遠遁。又指使廖瑩中撰為露布，又撰《福華編》，以記鄂州之功。天子乃謂似道有再造之功，下詔褒美，又親率百官遠赴京郊迎接入朝；並加似道少師，賜予金帛無數；又賜葛嶺周圍田地，以廣其居；母胡氏封兩國夫人。
那時，蒙古派國信使郝經前來催討歲幣，賈似道唯恐事洩，乃密令淮東制置司將郝經拘禁在真州忠勇軍營中，不使旁人知曉。
且說賈似道既主朝政，偃然以中興功臣自任，天子因此全無疑忌；而賈似道趁此大權在握之機，開始實施高壓與利誘並濟的手段，樹立宰相威嚴，鞏固自身地位：
首先，賈似道以“黨人”之虞盡剿丁大全與吳潛餘黨，以免死灰複燃。其中猶以吳潛建議“遷都避亂”的過失，將其一貶再貶：徙潮州、責授化州團練使，直至循州安置，以防其東山再起，威脅自己的權位。吳潛最後終於因老病死在那裡，去了賈似道的一塊心病。與此同時，賈似道又把仍在天子庇護下幹亂朝政的董宋臣與盧允升調為外任，其把柄也是主張“遷都避亂”，使其餘黨不敢也無力妄為。
對於謝皇後孃家外戚謝堂驕橫不馴，外戚子弟都出任監司、郡守等要職這一棘手情形，賈似道乃設一計：先與謝堂套近乎，然後猝不及防的將其罷任宮觀，再請天子下詔“外戚不得任監司、郡守”，從而一舉解決了長期以來外戚幹政問題。隨後，賈似道便積極佈置自己的人馬掌權：凡門客都佈置在顯要職位，或任職大郡，掌握兵權。至此，賈似道真個是一人之下，萬人之上了。
其次，賈似道透過利祿引誘與政治高壓相結合的手法，派遣密探混入太學，監視太學生們的言行舉止；同時，又把曾經反對丁大全的“寶祐六君子”收買到自己門下。這一來，賈似道不但輕易地瓦解了太學生中的反對派勢力，而且增強了自己的聲威和力量。
賈似道還徵得天子首肯，在各路推行“打演算法”：此舉名為“核查軍費開銷，整飭不馴武將”，實為賈似道立威諸將、排斥異己的巧妙藉口。當時，武將邊帥虛報開支、大吃空餉，已是公開的秘密，這也造成軍費支出不斷看漲。實行“打演算法”，固然對理清財費、整頓軍政有積極作用，然而執行起來，打算者與被打算者之間就明顯夾雜著個人恩怨。
事實上，賈似道自己就明顯地妒賢嫉能：他把自己所不滿的武將，例如趙葵、高達、李曾伯、杜庶、向士璧、曹世雄、史巖之等都指摘為有貪汙的嫌疑，羅列為打算的物件。趙葵、高達雖因天子保駕才免予追究，但賈似道惱恨曹世雄、高達等曾經在鄂州之戰中輕視過自己，就羅織罪名，終將高達廢棄不用，另擇親信代之；李曾伯、杜庶、向士璧、曹世雄、史巖之等則都慘遭拘禁，備受折磨，向、曹最後還被迫害致死。這樣，不僅打演算法變了味，還在軍中産生了將士離心、鬥志日衰的負面作用。
另外，一些小人也積極地趁此機會剪除異己。逼叛潼川安撫副使劉整就是其例：
劉整是抗蒙戰爭中的一員驍將，曾在瀘州大敗蒙軍。然而，其上司四川制置使俞興與其素有私怨，不僅借機定其戰功為下等，還在打演算法中乘機報複，誣陷他賬目不清。劉整無奈之下，只得私下求情，繼而派人上訴，但都無濟於事。這時，他又聽說向士璧、曹世雄等因打演算法而被害死，自也唯恐不能自保，終於以瀘州十五州府、三十萬戶投降蒙古，嚴重改變了宋蒙雙方在這一地區的軍事力量對比，使戰爭形勢極不利於宋朝。
賈似道又欲推行富國強兵之策，禦史陳堯道獻計：要措辦軍餉，利國利民，宜行“限田之法”。陳堯道詳釋其法道：只因如今大戶多有良田萬頃，小民常無立錐之地，導致有田者不耕，欲耕者無田。為此，宜以官品大小，限其田數。例如：某等官戶只限擁有該田若幹，其民戶只限擁有該田若幹。多餘在限外的，許其回買，或派買，或官買。回買的，原系其人所賣，不論年限，許其回贖。派買的，則是選那有錢的，不超過限度地派給他，要他用錢買去。官買的，乃是讓超限官戶拿出超出部分的三分之一，由官府出錢買來，作為“公田”，僱人耕種，其收成作為軍餉之用。賈似道納其所言，先在浙右試行，準備略有成效後，再在各路照樣推行。結果實際運作下來，大抵回買、派買的都是下等之田，又要照高價抽稅入官；其上等好田，多由官府自買，又未免讓人虧損原價。這一來，浙中大受侵擾，無端破家者不計其數，一時民不聊生、怨聲載道。
太學生為此作詩雲：“胡塵暗日鼓鼙鳴，高臥湖山不出徵。不識咽喉形勢地，公田枉自害蒼生。”
賈似道聞知民怨，恐其法行不通，只得先將自家的浙田萬餘畝捐入官府作為公田；擠兌榮王趙與芮，讓他也獻出一些田産，浙西帥機趙孟奎也拿出田産出賣，一時朝中官員誰還敢多言，且因要奉承宰相，於是大多聞風獻田。時有翰林院學士徐經孫上疏逐條批駁公田之害，賈似道諷禦史舒有開劾奏，將徐某罷官逐出。
又有著作郎陳著，亦上疏論賈似道欺君瘠民之罪，也被賈似道別尋事端黜之於外。公田官陳茂濂目擊其非，棄官而去。又有錢塘人葉李者，字太白，素與賈似道相知的，也上疏切諫。賈似道大怒，黥其面，流放於漳州。自此滿朝箝口，誰敢非議？
賈似道又立經界推排打量之法。何謂推排打量之法？假如一人有田若幹，便要他出示契約，然後經過詳細查勘其買賣來歷，及質對四鄰，將經界搞清楚。若對不來時，即系欺誑，那就要沒入其田，這便是推排。又去丈量田地尺寸，若是多出，便是隱匿田畝數量，也要沒入，這便是打量。結果施行了此法，白白地沒入人們的田産，不計其數。
太學生為此又有詩雲：“三分天下二分亡，猶把山河寸寸量。縱使一丘添一畝，也應不似舊封疆。”
又有人作《沁園春》詞雲：
“道過江南，泥牆粉壁，右具在前。述何縣何鄉裡，住何人地、佃何人田，氣象蕭條。生靈憔悴，經界從來未必然。惟何甚？為官為己，不把人憐。
思量幾許山川，況土地分張又百年。西蜀巉巖，雲迷鳥道；兩淮清野，日警狼煙。宰相弄權，奸人罔上，誰念幹戈未息肩？掌大地，何須經理，萬取千焉。”
賈似道屢聞太學生譏諷，心中大怒！與禦史陳伯大商議，奏立士籍，規定：凡科場應舉，及免舉人，必由州縣出具簡歷一份，上面由本人親自書寫年貌出身，及所習藝業於簡歷頂格處，執以赴舉。表面上，這樣做的目的是旨在跨省對照應試案卷的筆跡異同，驗其真偽。然而事實上，這不過是賈似道等人藉以追查那些桀驁不馴的太學生等文人的一種手段罷了。結果是：賈似道等密令手下四下查訪上述作詩譏諷他的太學生等人，不成；便對那凡有些詞華文采，能詩善詞者，皆疑心他造謠誹謗，就於參對時尋其紕漏，有意取消成績。時有太學生鄭隆等因此冒死直諫並彈劾賈似道專權誤國，卻被天子斥為沽名釣譽、惡言毀謗。至此諂諛進身，賢良失路；天子失聰，文人喪氣。
時人有詩雲：“戎馬掀天動地來，荊襄一路哭聲哀。平章束手全無策，卻把科場惱秀才。”又有人作《沁園春》詞雲：
“士籍令行，條件分明，逐一排連。問子孫何習，父兄何業，明經詞賦，右具如前。最是中間，娶妻某氏，試問於妻何與焉？鄉保舉，那堪著押，開口論錢。
祖宗立法於前，又何必更張萬萬千？算行關改會，限田放糴；生民凋瘁，膏血俱朘。只有士心，僅存一脈，今又艱難最可憐。誰作俑？陳伯大附勢專權！”
