重建軍部
新四軍在抗日新四軍第一軍部戰爭中不斷發展壯大，使國民黨頑固派十分恐懼和嫉恨。1940年3月，國民黨頑固派將反共重心從華北轉到華中，矛頭主要指向新四軍。他們先是要新四軍全部調到長江以南，隔斷新四軍與八路軍的聯絡，以便各個擊破。這一陰謀未能得逞，又要八路軍、新四軍全部開到黃河以北，企圖與日偽軍夾擊予以消滅。
1941年1月，國民黨在第二次反共高潮中，製造了震驚中外的皖南事變，葉挺被扣，項英遇害。蔣介石下令取消新四軍番號。20日，中共中央革命軍事委員會命令在江蘇鹽城重建新四軍軍部，以陳毅為代理軍長，劉少奇為政治委員，張雲逸為副軍長，賴傳珠為參謀長，鄧子恢為政治部主任。1月25日，新軍部以華中總指揮部為基礎宣告成立。隨後成立了中共中央軍委華中分會，又稱新四軍分會，劉少奇為書記，陳毅、張雲逸、鄧子恢、賴傳珠為委員。新軍部將長江南北的新四軍和隴海鐵路以南的八路軍，統一整編為7個師1個獨立旅。共9萬人。
新軍部包括司令部、政治部、供給部、衛生部、軍工部、財政經濟部。司令部設參謀處和作戰、偵察、左起曾山、陳毅、賴傳珠、饒漱石通訊、機要、訓練、管理科。參謀處處長先後是陳銳霆、陳鍾昆。政治部設5個部處，秘書長鄧逸凡，組織部部長饒漱石(後張凱)，宣傳部部長錢俊瑞，鋤奸部部長湯光恢，敵軍工作部部長劉貫一。情報部部長封裔應。供給部部長宋裕和，副部長葉進明。衛生部部長沈其震，副部長戴濟民、崔義田、齊仲桓。軍工部部長韓振紀，副部長吳師孟、孫象涵、喻篙嶽。財政經濟部部長朱毅，副部長朱人俊、駱耕漠。財政經濟部兼管地方的經濟工作，包括銀行和稅務，1941年8月撤銷。
新四軍組成
第一師
從蘇中到浙西
1941年2月，新四軍蘇北指揮部及所轄部隊改編為新四軍第一師。師長粟裕，政治委員劉炎，政治部主任鍾期光。原第一、第二、第三縱隊依次改編為第一、第二、第三旅。第一旅旅長兼政治委員葉飛，參謀長張藩，政治部主任吉洛(即姬鵬飛)，轄第一、第二、第二團和特務營。第二旅旅長王必成，政治委員劉培善，副旅長段煥競，參謀長杜屏，政治部主任陳時夫，轄第四、第五、第六團和特務營。第三旅旅長陶勇，政治委員劉先勝，參謀長張震東，政治部主任盧勝，轄第七、第八、第九團和特務營。
第一師活動於東瀕黃海，西抵運河，南臨長江，北至淮安、阜寧、黃沙港一線的蘇中抗日根據地(今江蘇省鹽城、泰州、揚州、南通地區)，擔負著開展蘇中抗日遊擊戰爭和作為新四軍主力部隊機動作戰的任務。
為了更好地堅持蘇中的抗日鬥爭，1941年4月26日成立了蘇中軍區，領導機關由第一師兼，轄第二、第三、第四軍分割槽和聯抗。後來又增加了第一軍分割槽和在蘇南的第五、第六軍分割槽。蘇中軍區成立後，第一師在3個旅中各留一個主力團，即第一、第四、第七團，將其餘主力分散加強地方武裝，使蘇中各縣都有了子弟兵團。聯抗所轄部隊也於1944年10月編入地方武裝。蘇中軍區還有一支“海軍”。1942年11月組建海防團。1943年擴建為海防縱隊，負責漁場巡邏、海上運輸和組織漁民抗日。
為了準備對日進行戰略反攻，並配合盟軍在東南沿海可能實施的登陸作戰，中共中央於1944年12月27日，粟裕率第三旅第七團和特務第一、第四團南下，於1945年1月6日到達浙西長興縣，與第十六旅會合。2月5日成立蘇浙軍區，統一指揮蘇南、浙西、浙東的新四軍。司令員粟裕，政治委員譚震林(未到職)，參謀長劉先勝。
在粟裕南下後，重組蘇中軍區領導機關，司令員管文蔚，政治委員陳丕顯，副司令員兼參謀長張藩，副政治委員兼政治部主任吉洛。8月，蘇中軍區為適應大反攻的需要，新建了17個步兵團，編成3個旅。
新四軍第一師組成時共1.3萬餘人，抗日戰爭時期轉戰於蘇中、蘇南、浙西，在戰鬥中不斷發展壯大，到對日反攻時，已發展到主力3.1萬餘人，地方武裝6000餘人。
第二師
戰鬥在淮南
1941年2月，新四軍新四軍副軍長張雲逸第二師由原江北指揮部及所轄部隊改編組成，轄第四、第五、第六旅和津浦路東、津浦路西兩個聯防司令部，共1.8萬餘人。師長由副軍長張雲逸兼任，政治委員鄭位三，副師長羅炳輝，參謀長周駿鳴，政治部主任郭述申。原第四支隊改編為第四旅，旅長梁從學，政治委員兼政治部主任王整合，參謀長詹化雨，轄第十、第十一、第十二團。原第五支隊改編為第五旅，旅長成鈞，政治委員趙啟民，副旅長林英堅，參謀長黃序周，政治部主任侯政，轄第十三、第十四、第十五團。原江北遊擊縱隊改編為第六旅，旅長兼政治委員譚希林，副旅長孫仲德，副政治委員黃岩，參謀長朱紹清，政治部主任徐祥亨，轄第十六、第十七、第十八團。
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第二師活動於東起運河，西至淮南鐵路和瓦埠湖，北臨淮河，南瀕長江的淮南抗日根據地，擔負著堅持淮南抗日遊擊戰爭和對西防禦國民黨頑軍東犯的任務。
為統一指揮淮南抗日根據地的地方武裝，1943年2月成立了淮南軍區，轄津浦路東軍分割槽和津浦路西軍分割槽。淮南軍區領導機關由第二師領導機關兼。此時第二師領導人均已變動師長兼軍區司令員羅炳輝，政治委員譚震林，參謀長韓振紀，政治部主任蕭望東。
新四軍第二師在抗日戰爭中發展壯大，到抗日戰爭勝利時，已有4個旅11個團，共3.5萬餘人，另有地方武裝1.5萬餘人。
第三師
八路軍南下部隊
根據中共中央確定的“發展華中”的戰略方針和“增援新四軍”的指示，八路軍先後有4支部隊越過隴海鐵路南下華中，並在1941年1月皖南事變以後編入新四軍。
1941年2月，八路軍第五縱隊改編為新四軍第三師，原第一、第二、第三支隊依次改編為第七、第八、第九旅。師長兼政治委員黃克誠，參謀長彭雄，政治部主任吳文玉(即吳法憲)。第七旅旅長彭明治，政治委員朱滌新，副旅長田維揚，參謀長黃煒華，政治部主任郭成柱，轄第十九、第二十、第二十一團。第八旅旅長田守堯，政治委員吳信泉，副旅長兼參謀長常玉清，政治部主任李雪三，轄第二十二、第二十三、第二十四團。第九旅旅長張愛萍，政治委員韋國清，參謀長楊志雅，政治部主任張震球，轄第二十五、第二十六、第二十七團。
第三師活動於隴海鐵路以南，淮安、阜寧、黃沙港一線以北，東瀕黃海，西至運河的蘇北抗日根據地，擔負著堅持蘇北抗日遊擊戰爭和作為新四軍主力部隊機動作戰的任務，還起著華中連結華北抗日根據地的樞紐作用。
1942年12月，蘇北抗日根據建立統一的黨政軍機構。蘇北軍區領導機關由第三師領導機關兼，領導人相同。淮海軍區和鹽阜軍區同時改為軍分割槽。淮海軍分割槽領導機關由第十旅領導機關兼。第十旅並實行主力地方化，與淮海地區的地方武裝合編為4個支隊，每個支隊轄3個小團。淮安軍分割槽領導機關由第八旅領導機關兼。第八旅也以第二十四團實行地方化，分編為射陽、阜寧、漣東的地方武裝。
新四軍第三師在蘇北浴血奮戰5年，主力部隊發展到2.8萬餘人，並組建了地方武裝2.2萬餘人。
第四師
淮北鐵騎
1941年2月，八路軍 1942年，陳毅代軍長與二師、四師幹部合影第四縱隊改編為新四軍第四師。師長兼政治委員彭雪楓，參謀長張震，政治部主任蕭望東。第十旅由八路軍第二縱隊第三四四旅改編。旅長劉震，政治委員康志強，參謀長沈啟賢，政治部主任高農斧。轄第二十八、第二十九團。第十一旅由新四軍第六支隊第一、第二團合編。旅長滕海清，政治委員孔石泉，副旅長張太生，參謀長鍾友松，政治部主任黎同新。轄第三十、第三十一、第三十二團。第十二旅由新四軍第六支隊第三團和第一、第二總隊各縮編的一個團合編。旅長譚友林(饒子健代)，政治委員賴毅，副旅長吳信容，參謀長羅保廉，政治部主任劉作孚。轄第三十三、第三十四、第三十五團。另轄蕭縣獨立旅，旅長縱翰民，政治委員李忠道(李砥平)，參謀長廉平，政治部主任陳其五，轄第一、第二團。
第四師師長彭雪楓第四師共1.5萬餘人，活動於隴海鐵路以南，淮河以北，新黃河以東，津浦鐵路兩側的淮北抗日根據地，擔負著堅持淮北抗日遊擊戰爭，對西防禦國民黨軍東犯，並向河南敵後發展的任務。
