1925年8月，北京政府任命孫寶琦為駐蘇第一任特命全權大使，成為民國外交史上第一位駐外大使。後因經費問題遲遲不得到任及中蘇關係發生動盪，孫寶琦在1927年3月辭職，正式退出政壇。
晚年生活
1927年，孫寶琦赴天津靜養，並從事慈善文教活動，1928年，定居於上海。晚年的孫寶琦為人清廉，樂善好施，但他舉債投資失敗，生活終究拮据起來。
1931年2月3日，孫寶琦胃病發作，醫治無效，在上海病逝，享年65歲。
山東巡撫
1909年孫寶琦回國述職，他就在慶親王的極力保薦下當上了山東巡撫。但兩年之後，孫寶琦卻嚐到了當巡撫的另一番滋味。
被迫參與山東獨立
1911年11月13日，在山東聯合會大院裡佈置了“山東獨立大會”會場，上午8時已是人山人海，實現獨立如同盛大節日的來臨，山東各派政治勢力的代表，如聯合會的各界人士、同盟會的革命派、第五鎮的官兵，以及商界、學界都派代表出席了大會，與會者近萬人，孫寶琦也應邀參加會議。
時任山東省各界聯合會會長的夏溥齋宣佈大會開始，與會者情緒熱烈，眾口一詞認定以山東所處的環境而論，正在危急存亡、千鈞一髮之際，非立即宣佈獨立，否則決不能挽救當前的局勢。
但是，任憑群情激昂，孫寶琦仍然保持著那副頑固的面孔。夏溥齋力勸孫寶琦認清形勢，顧全大局。而孫寶琦卻說“吾為朝廷守土，土不能守，惟有死耳。即不死，亦不能率領諸君獨立。”
立憲派丁世嶧等人要孫寶琦儘快表態，免得惹起眾怒，局面不好收拾。孫寶琦卻說“我是清朝官吏，清政府只要存在一天，我須盡一日之責任。”同盟會會員紛紛厲聲譴責孫寶琦的頑固態度，而他依然放言“政府一日不倒，則山東一日不得與清政府斷絕關係。”孫寶琦的這種頑固嘴臉與獨立派形成水火之勢，局面就這樣僵持著。
時針已經整整轉了一圈，持續了一天的大會依然沒有走出僵局。晚上8點，同盟會與軍隊商議，不能再這樣拖延下去，必須立即採取行動。
同盟會負責人丁惟汾派人將會場的各個門口守住，嚴禁人員出入，一些軍人則掏出手槍，進一步鼓動示威，贏得會場上群眾的高聲附和，局面大有一觸即發之勢。這時，身穿黃咔嘰軍服、腰繫棕色寬皮帶、佩著肩章、斜挎紅色值日帶的五鎮參謀黃治坤一個箭步登上臺來，他拽著夏溥齋的胳膊厲聲喝道“夏會長，今天如果孫巡撫不答應獨立，這個會就要繼續開下去。我告訴你，我們五鎮官兵在會場裡有200多支手槍，他要是頑固拒絕，說不定會鬧出什麼事來，也許會出人命。”
孫寶琦一看這陣勢，頓時失去了溫文爾雅的常態，臉色由黃變紅，由紅變白，浸出一層冷汗。看到大勢已去，人心難違，再這樣磨蹭下去，局面將更加不堪收拾。他思考了片刻之後，便裝腔作勢地將頭上的頂戴花翎摘下來，往桌子上一放，帶著頹喪的腔調說“大家既都認為獨立相益，與山東有利，我也不堅持己見!”夏溥齋立即宣佈“孫撫臺已經承認全省宣告獨立了!”頓時，全場一片歡騰。同盟會會員將已經印好的《山東獨立宣言》張貼在會場的四周，會場響起了一陣陣的口號聲“山東獨立萬歲!中國革命萬歲!”
只當了13天的都督
“山東獨立大會”的最後一項議程是選舉山東都督，各派議論紛紛，意見統一不起來，還是夏溥齋從中斡旋“正是孫撫臺的顧全大局，山東獨立才得以實現，況且他提出的4個條件我們也都已接受，我看就選孫撫臺為山東都督吧。”大家沉默不語，夏溥齋接著說“既然大家都不說話，就算預設了，下面請孫都督宣誓就職。”孫寶琦也不推脫，慨然允諾，大搖大擺走到臺上宣起誓來。
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獨立實現後，孫寶琦身為已與清政府決裂的山東軍政的都督，仍循舊例在珍珠泉撫署召開司道會議，他態度曖昧，明裡暗裡卻極力縱容煽惑反獨立的情緒。他寄函外國駐山東官員，通報情況，仍襲用獨立之前所用政府關防，沿用清朝宣統皇帝的年號。
清政府、頑固派對山東獨立恨之入骨，因此，取消獨立的逆流也在暗中醞釀著。至袁世凱掌權，這股逆流便形成為強大的復辟力量。經過幾天緊鑼密鼓地籌劃，頑固派張廣建、吳炳湘夥同五鎮內的反獨立派、諮議局的失意政客、各界落難士紳，向新政權、獨立派、革命群眾發難了，他們成立了名曰“山東全體維持會”的反獨立組織，當天就在濟南的山西會館召集會議，孫寶琦參加了會議。
而此時，五鎮炮標標統張樹元則下令支起了4門大炮，其中兩門對著都督府，兩門對著聯合會駐所，以大炮威脅與會人員，並告知“會議事項立即議決，不得拖延。”炮口威逼下的會議，十分順利地簽署了“決議”。對於獨立，孫寶琦本來就不贊同，而取消獨立孫寶琦則是求之不得。一看時機已到，孫寶琦在會場上迫不及待地宣佈取消山東獨立，將都督改為巡撫，一切恢復舊制。山東獨立轟然而起，倏然而倒，僅僅維持了13天。
取消獨立後，孫寶琦的處境更為尷尬，宣佈獨立是他，取消獨立也是他，如此朝秦暮楚，視政治大事為兒戲，其主子對他不能原諒，革命黨人更是無比義憤，“議滅掘祖墳殲族類，以洩公憤”。此時的孫寶琦，內為清廷詰責，外被革命黨人及廣大民眾聲討，他曾自喻“君親兩負，不可為人”。心力交瘁的孫寶琦，對政事亦無力處置，對政場也無心眷戀了，至此，他開始杜門謝客，無奈之下藉機稱病，躲入外國醫院。之後，孫寶琦被正式解職，他在山東已無立足之地，惶惶然如喪家犬般離開了山東。
“我不是東西!”
孫寶琦的政治生命沒有就此結束，1913年9月他又就任當時政府的外交總長，次年代理國務總理。民國初年，民國政府與遜位清帝國舊官吏們之間的往來仍然比較多，但孫寶琦在山東獨立前後的表現一直被人“記著賬”。當時，清室遺老們常拿此類事情侮辱攀附新貴者。孫寶琦曾為大清山東巡撫，搖身變為民國政府裡的國務員，貴為外交總長，因而經常被人拿來詬罵。
一次，孫寶琦與趙秉鈞等國務員到大清“小朝廷”來致祭，孤臣孽子梁鼎芬一眼發現了“老朋友”，他直奔這位穿大禮服只鞠躬不下跪的國務員面前，指著孫寶琦的鼻子問“你是誰?你是哪國人?”孫寶琦被問怔了，梁鼎芬提高嗓門“你忘了你是孫詒經的兒子!你做過大清的官，你今天穿著這身衣服，行這樣的禮來見先帝先後，你有廉恥嗎?你是一個什麼東西!”
“問得好，你是個什麼東西!”清朝舊臣勞乃宣也跟了過來，他們倆一唱一合，引過來一大群人，把孫寶琦等人圍在中心。
孫寶琦面無人色，低下頭連忙說“不錯，不錯，我不是東西!我不是東西!”
內閣總理
