北洋中堅
民國二年(1913年)7月，“二次革命”爆發。15日，黃興在南京宣佈討袁。23日，馮國璋受命出任江淮宣撫使率部由津浦路南下，不久攻陷了宿縣、蚌埠和滁縣各處，8月6日直達浦口。16日，他的女婿、參加反袁鬥爭的南京第八師師長陳之驥，率少數衛兵偷偷過江向岳父投降。陳將南京群龍無首的混亂情況及其設防佈局向馮國璋作了詳細彙報。馮國璋喜形於色，對陳之驥說“你提供的情況很是重要，待我揮軍渡江，我倆裡應外合，攻下南京，給你立個首功。”隨後，馮國璋會合張勳的辮子兵及劉冠雄海軍，部署了聯合攻克南京的作戰計劃。南京何海鳴率討袁軍與北洋軍鏖戰半個多月。
9月2日，馮國璋指揮北洋軍炸燬城牆進入南京。入城後北洋軍如同野獸一般，恣意燒殺淫掠，南京商民家破人亡者，不可勝數，許多婦女被奸|淫後投秦淮河自盡。張勳辮子軍獸行尤甚。馮國璋因攻佔南京有“功”，被袁授予一等文虎章。南京陷落，“二次革命”宣告失敗。袁世凱深知南京虎踞龍蟠的戰略地位對他控制南方至關重要，因此他本來打算在攻克南京後任命心腹大將馮國璋為江蘇都督，然而事不湊巧，因為馮國璋在攻佔南京前夕，允諾了張勳提出的“先攻入城者為都督”的協議，張勳不惜辮軍慘重傷亡，搶先一步攻入南京，馮國璋只得保舉張勳為江蘇都督。
9月10日馮國璋故居，馮國璋北上繼任直隸都督。然而張勳治軍無方，終引出“南京交涉案”。日、英、美等國公使以張勳在南京其僑民生命財產得不到完全保證為由，向袁世凱施加壓力。於是袁世凱於12月16日任命馮國璋出任江蘇都督，並於第二年授予宣武上將軍;改任張勳為長江巡閱使，令其率“辮子軍”駐防徐州。
馮國璋接任江蘇都督後，打著維護江蘇社會秩序的旗號(其實是為了鎮壓革命黨人)，首先於前清江寧府署設立江蘇全省執法處。在此之前又從天津調來大批警察，代替張勳軍警維護南京治安。馮國璋又將沿江的四路要塞加以整頓，統一指揮，任命王遇甲中將為總司令;同時設立軍事研究所，又在南京設立憲兵司令部，任命陳調元為司令。接著又成立陸軍講武堂、水師學堂、陸軍警察學校。馮國璋在軍事上的一系列措施，旨在加強北洋軍閥的統治，但在客觀上保障了江蘇社會秩序的穩定，因此江蘇在馮國璋統治的幾年間，經濟、文化的發展是有長進的。馮國璋手握四師重兵，據有富庶的江蘇省，一時成了國內各省軍閥中舉足輕重的人物。
袁世凱為了籠絡馮國璋，於民國三年(1914年)1月特將自己的家庭教師周砥介紹給馮國璋為妻。袁氏父子想藉此左右馮國璋，因此袁世凱指揮部下將這次婚禮辦得格外隆重，一時轟動了大江南北。袁氏給周砥陪送的金銀首飾、珠寶玉器達120餘擔，其他妝奩五光十色，不可勝數。婚禮場面十分熱鬧。婚後結算，僅招待費就支出白銀數萬兩。不久，馮國璋還被授以“宣武上將軍”。馮國璋深感袁氏的知遇之恩，曾多次通電支援袁世凱解散國會，撕毀約法，反對內閣制，主張總統制，曾通電竭力叫囂中國“應於世界上總統之外，別創一格，總統有權則取美國，解散國會則取法國，使大總統以無限權能展其抱負”。
公開反袁
在袁世凱擔任中華民國大總統後，馮國璋聽聞袁氏父子在京策劃帝制的訊息後，十分驚訝。經與周夫人商量，決定進京瞭解內幕，於是於民國四年(1915年)6月親赴北京謁袁。馮國璋回到南京後，北京“籌安會”即公開倡導恢復帝制，馮國璋不敢不信又不敢全信，只得去密電向反對帝制的總統府機要局局長張一磨詢問，不久得到“事出有因”的答覆。馮國璋深感受騙，便憤憤不平地說“他哪把我們當自己人呢?他的做功倒真不壞!”從此，馮國璋與袁氏的矛盾逐漸尖銳化。
袁世凱對馮國璋很不放心，便採取了嚴密的防範措施。首先在馮國璋身邊安置王子銘等人監視其行動;又據傳張勳曾接袁世凱一密電，謂馮國璋為人不可靠，囑其就近監察。不僅如此，袁世凱的死黨上海鎮守使鄭汝成被刺後，袁又派其親信楊善德率第四師移住上海監視馮國璋。未幾，又加派盧永祥率第十師駐吳淞，也為了防備馮國璋。馮國璋見此情形，明白了袁世凱不再相信自己，從此與袁氏父子的關係逐漸疏遠，不肯再為袁世凱賣力。不久，袁氏父子指示江蘇巡按使齊耀琳選舉代表，舉行改變國體投票。齊指派代表時，馮暗示督軍署人員一律不當代表，不參加投票活動。在舉行投票那天，馮國璋託病不去;齊親自到署勸請，他才勉強到場，然而卻呆坐在那裡，一言不發。
12月18日，袁世凱任命馮國璋為參謀總長，急電催促進京就職。馮乃託詞害病拒不進京，並策動江蘇軍民電請“挽留”，李純等督軍也致電主張留馮。袁世凱沒辦法，只得允他在南京“遙領”。然而，袁世凱馮國璋仍不放心，一面派阮忠樞、蔭昌等人赴寧繼續催馮離寧北上，一面電令楊善德、盧永祥、倪嗣沖調兵控制長江下游。12月25日，蔡鍔等宣告雲南獨立，組織護國軍，討伐袁世凱。馮國璋鑑於全國討袁運動興起.也就不再裝病了。民國五年(1916年)3月9日致電袁世凱銷假視事，從此放開膽量，公開反對帝制，遂成為“北洋派中反對洪憲皇帝之第一中心人物”。
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民國五年(1916年)3月19日，當直隸省巡按使朱家寶將“五將軍密電”呈送袁世凱過目時，袁氣急之下，幾乎暈倒;帝制派見此電，亦個個瞠目無詞，足見“五將軍密電”對袁氏帝制的打擊程度。袁世凱鑑於全國人民反對帝制鬥爭正方興未艾，內部已處四分五裂、眾叛親離之勢，深知已臨滅頂之災，但為了仍然保住權力，企圖繼續盤踞大總統職位，便於3月22日宣佈取消帝制。自從“五將軍密電”洩漏後，馮國璋與袁世凱的裂痕更無法掩飾。
於是馮國璋一不做，二不休，決定對袁世凱施加更大壓力，以迫其將政權讓予他。為此，馮國璋於民國五年(1916年)4月1日和16日公開致電北京政府，勸袁世凱及早退位。各省軍閥紛紛效尤，亦先後通電勸袁世凱迅速退位，袁世凱不得不派親信阮忠樞南下向馮國璋乞情。馮國璋在阮忠樞的請求下，答應聯絡各省，擔任調停。5月18日，馮國璋邀集未獨立各省在南京召開代表會議。馮國璋意圖透過南京會議逼袁下臺，由他取而代之。但由於倪嗣沖的破壞和各省區將軍代表謀略不一，遂使南京會議夭折。馮國璋弄巧成拙，被輿論斥責為“與其名為解決袁氏地位之會議，毋寧名為解決自己地位之會議。”
袁世凱復闢帝制激起了全國人民的無比憤怒，導致護國戰爭爆發，北洋軍閥集團內部四分五裂，袁世凱於民國五年(1916年)6月6日在全國人民的聲討聲中，憂懼而死。在此過程中，馮國璋是起了一定作用的。
進京任職
袁世凱死後，黎元洪出任總統。民國五年(1916年)10月馮國璋被選為副總統，11月在南京宣佈就職，仍兼江蘇督軍。馮國璋就職副總統後，便在南京設立副總統辦事機構，並以國家元首的姿態公開接見中外記者，大談治國方略，主張中國建設要漸次進行，反對國民黨的激進方針，一時政副總統馮國璋(前排右三)治上頗為活躍。民國六年(1917年)初，江蘇商民鑑於馮國璋坐鎮南京，維護社會治安有功，便發動集資為馮國璋豎立“豐碑”;未幾，江蘇軍界聯合會聞知，亦願加入發起，改為建立馮公生祠，取華符之“華”字名為“華園”，並擬鑄造銅像。事為馮國璋所聞.他“恐為人所譏議，立即致函辭謝”，謂“華園一事千萬打消，如不能中斷，請即改為勸工場，以利民生經濟。”不久，將建華園和鑄像之捐資建成貧民工廠和勸工場，此事一時傳為美談，併為馮國璋增添了幾分光彩。不僅如此，馮國璋更以反帝制餘孽面孔出現。
段祺瑞出任國務總理後，將閣員名單派人送到南京請馮核准，馮國璋一看名單上竟有曹汝霖，便對身邊的人說“這張名單我能同意嗎?連帝制餘孽也要當閣員了，太不象話了，芝泉(段祺瑞)真是胡鬧呀，我準備把它退回去!”
民國六年(1917年)2月，馮國璋赴京調解黎元洪與段祺瑞因對德斷交而引起的“府院之爭”。馮國璋到京後，住在禁衛軍司令部，整天忙於接見軍政各界要人，發表個人對時局的看法，“欲求對外一致，不可不先求內政重新整理”，一時贏得各界的好感。他還在中國大學以“教育救國”為題演講，獲得了師生的歡迎。3月，段祺瑞因不滿國會和黎元洪的外交政策而辭職赴津，馮國璋受黎元洪之託親自赴津挽留，並與段祺瑞聯袂回京。馮國璋見段祺瑞剛愎自用，目中無人，最後表示無力調解，
回南京後，馮國璋預料到段祺瑞必將對己不利，於是決定集聚實力，迎擊段祺瑞的種種挑戰。他聯合江西督軍李純、湖北督軍王佔元，建立了“長江三督”勢力，又竭力籠絡各省軍閥和英、美勢力，從而伏下了未來的直皖之戰。不久，黎元洪在美國公使“允為後盾”的支援下，斷然下令免掉段祺瑞國務總理的職務。段憤然赴津，立即煽動“督軍團”倒黎，於是皖系各省軍閥在段的指揮下，紛紛獨立，使黎進退兩難。
這時，馮國璋曾致電表示支援黎元洪，並建議由王士珍出來組閣。由於王士珍首鼠兩端，害怕招致災禍，一時沒敢答應;段卻趁機派其親信徐樹錚慫恿安徽督軍張勳出面調停，且暗示使清遜帝溥儀復辟，結果黎氏受騙，解散國會，引出了一場復辟的醜劇。
代理總統
民國六年(1917年)7月1日，張勳在北京擁戴溥儀復辟，黎元洪避入日本公使館，致電南京請馮國璋代行總統職權，維護共和。馮國璋於7月3日通電全國指出“國璋在前清時代，本非主張革命之人，國璋今日之不贊成復辟，亦猶前之不主張革命，彼(指張勳)恃京師為營窟，挾幼帝以居奇，手握主權，口含天憲，名器由其假借，度支供其虛糜，化文明為野蠻，委法律於草莽，此而可忍，何以國為!”
第二天，馮國璋在軍署接見英國領事時說“中國政體已走上了共和。不容許再有皇帝，我可以告訴你們，我跟段總理都是站在反對地位的。”復辟敉平，馮國璋於14日致電“奉還大總統職權，請黎元洪覆職”。黎愧於解散國會，故決心去職，致電馮國璋說“慚魂雖化，枯骨猶生，黽載河間，奠我民國。”
