為政舉措
政治
整頓吏治
在政治上，面對乾隆末年的種種弊端，顒琰也努力扭轉。乾隆末年權臣當道，言路堵塞。顒琰首先“詔求直言，廣開言路“，鼓勵大家向皇帝提意見。還褒獎起復了部分乾隆朝以言獲罪的官員。
乾隆後期吏治敗壞，貪汙腐敗嚴重。嘉慶五年(1801年)十月，他在上諭中指出“整飭吏治，以清廉為本“，“貪墨之風，首當嚴懲“。對此，顒琰一方面繼續重用乾隆後期重用的王傑、朱珪、董誥等清廉的老臣，他還聽從老師朱珪“身先節儉，崇獎清廉“的建議，限制地方向他呈送寶物，“詔罷貢獻，黜奢崇儉“，平時生活也比較節儉，五十大壽禁止民間演戲慶賀，六十大壽又禁止給他送金珠玉器。
除掉和珅
嘉慶四年(1799年)正月，乾隆駕崩，和珅失去靠山，初四日，顒琰發出上諭解除和珅死黨福長安的軍機處大臣職務，命和珅與福長安晝夜守靈，不得擅離，切斷他們與外界的聯絡。並削奪了和珅的大學士、領班軍機大臣、步軍統領、九門提督的軍政大權。
初九日，革除和珅、福長安的職務，下刑部大獄。查抄和珅家產，並會同審訊。十一日，宣佈和珅二十大罪狀，考慮到他曾任領班軍機大臣，為了朝廷體面，賜他自裁。
顒琰懲治和珅案沒有株連，也沒有擴大化，這是嘉慶的聰明之處;但他只把和珅當作個案處理，而沒有把“和珅現象“當作制度性的弊端去解決，進行制度性的改革，這是顒琰的平庸之處。
打擊貪官
另一方面，他“整飭內政，整肅綱紀“，除和珅及其黨羽外還陸續懲治了好些貪官
嘉慶五年(1800年)，處死了向糧道、衛弁索取數萬兩銀錢的漕運總督富綱。
嘉慶十一年(1806年)四月十六日，革去勒索錢財的河東河道總督職務，九月，查處了直隸司書王麗南侵吞帑銀31萬兩大案，獲銀萬兩以上的斬首，萬兩以下的遣戍黑龍江。
嘉慶十四年(1809年)五月，巡漕御史英綸以貪汙卑汙處以絞刑，七月處死貪汙救災款並殺害前來查賑官員的安徽山陽縣知縣王伸漢，為此還革職流放了兩江總督鐵保、江蘇巡撫汪日章。
改革官風
對於官員的翫忽職守之風，顒琰首先從自己做起，學習先帝，勤於政事。每天一大早就起身閱讀祖宗實錄，批閱奏章，早飯後還召見大臣。對於拖拉延擱的現象嚴斥不貸。嘉慶十三年(1808年)四月，皇孫出世，內閣考慮到顒琰正高興，怕送奏摺影響他，他知道後就對這種做法進行了斥責。
嘉慶八年(1803年)閏二月二十日，顒琰從圓明園回宮時在神武門遇刺。隨從都嚇得呆站在原地，只有貝勒丹巴多爾濟以身衛之。侍衛這才反應過來，擒獲了刺客。所幸顒琰未受傷，陳德後被凌遲處死，兩個兒子也被處絞。事後顒琰懲罰了失職的官員、侍衛，加強了紫禁城的門禁制度。
嘉慶十五年(1810年)正月顒琰斥責部院衙門因循怠玩。
嘉慶二十三年(1818年)十一月，顒琰又下令查部院疲玩現象，十二月初九規定了部院行查時間逾限處分嗣後逾限11到20案，罰俸6個月;逾限21到40案，罰俸2年;逾限40到60案，降一級留任;……他還多次要求地方官員對民隱民情“纖悉無隱“，據實陳報，力戒欺隱、粉飾、怠惰之風。
軍事
平定川楚教亂
乾隆末年，國內階級矛盾尖銳，由於乾隆皇帝大興文字獄，川、楚、陝等地就爆發了大規模的白蓮教起義，到乾隆去世前，朝廷多次派兵圍剿，起義軍雖然受到一些打擊，但仍然如火如荼。
顒琰親政後，他透過誅殺和珅，緩解民怨，並把幾年來鎮壓起義不力的責任推給和珅，說他欺罔擅專，以至將領在他庇護下虛冒功績，坐糜軍餉，另一方面更易統兵大員;獎懲分明，逼將領用命;嚴密軍事部署;實行剿撫兼施的兩手政策，分化瓦解起義軍;推廣寨堡團練，堅壁清野的做法，割斷了起義軍與人民的聯絡。
嘉慶十年(1805年)將起義鎮壓下去，在歷時九年多的戰爭中，白蓮教起義軍佔據或攻破州縣達204個，抗擊了清政府從十六個省徵調來的大批軍隊，殲滅了大量清軍，擊斃副將以下將弁400餘名，提鎮等一、二品大員二十餘名，清政府耗費軍費二億兩，相當於四年的財政收入。這次起義使清王朝元氣大傷，此後清朝的統治逐漸走向衰落。
鎮壓東南匪亂
由於清政府對民眾的壓榨加劇，東南沿海部分民眾被迫下海為盜，從乾隆五十九年(1794年)起蔡牽在東南海上劫船越貨，封鎖航道，收“出洋稅“，後來進一步發展為反清起義。清政府命浙江水師提督李長庚赴閩造大艦，鑄炮負責鎮壓，後來李長庚陣亡，直到嘉慶十五年(1810年)，起義才被鎮壓。
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鎮壓天理教起義
嘉慶十八年(1813年)，趁嘉慶帝離京前往熱河圍獵，北京防務空虛，北方爆發天理教起義，部分天理教徒在太監接應下衝進皇宮，當時正在宮內的皇次子綿寧(道光帝)用鳥槍打死了兩個天理教徒，鎮國公奕灝調來火器營、健銳營兵入宮，義軍終因寡不敵眾，被全部消滅。獲悉事變後，嘉慶帝下詔罪己，同時嚴令對沖進皇宮的起義軍血腥屠戮，並誘捕在城外的頭目林清等。隨後，各地的天理教起義陸續被鎮壓。
經濟
蠲免錢糧
他親政後除了他死的那年外，年年都蠲免災區的錢糧;六十大壽還普免全國積欠錢糧，大約有兩千一百多萬兩白銀，四百多萬石米。
重農政策
嘉慶帝重農抑商，他多次禁止開礦。在位時期正是19世紀初，英國的工業革命已經進行幾十年了，但嘉慶帝對此一無所知，繼續嚴守先君之制，重農抑末，壓制各地工礦業，閉關自守，清朝只能沿著衰微的道路繼續走下去。
