滿族的先世女真人以射獵為業，每年到採捕季節，以氏族或村寨為單位，由有名望的人當首領，這種以血緣和地緣為單位進行集體狩獵的組織形式，稱為牛錄製。
八旗的最小單位是牛錄(牛錄意為大箭;額真，又稱厄真，意為主。滿語niruiejen)，每300人為一牛錄，設牛錄額真1人;牛錄既是一種社會組織，也是作戰時的一個單位編成，每牛錄300戶，每戶出一個壯丁，父死子繼，兄亡弟代，在全軍出動時才有每牛錄300人。一般作戰，每牛錄只有幾十人。
5牛錄為1甲喇(隊)，設甲喇額真(參領)1人;
5甲喇為1固山，設固山額真(都統、旗主)1人，副職一人，稱為左右梅勒額真(副都統)。
八旗的組成是滿洲八旗300牛錄，其中包括約100個已經滿族化的蒙古牛錄，純粹滿洲牛錄僅210個。蒙古八旗129牛錄和漢軍八旗167牛錄。終清一代牛錄的數字增加不多。
據史籍記載，當時編有滿洲牛錄308個，蒙古牛錄76個，漢軍牛錄16個，共400個。此時所編設的八旗，即後來的八旗滿洲。清太宗時，又建立八旗蒙古和八旗漢軍，旗制與八旗滿洲同。八旗由皇帝、諸王、貝勒控制，旗制終清未改。
八旗初建時兵民合一，全民皆兵，凡滿洲成員皆隸於滿洲八旗之下。
旗的組織具有軍事、行政和生產等多方面職能。入關前，八旗兵丁平時從事生產勞動，戰時荷戈從徵，軍械糧草自備。入關以後，建立了八旗常備兵制和兵餉制度，八旗兵從而成了職業兵。清定都北京以後，絕大部分八旗兵丁屯駐在北京附近，戍衛京師的八旗則按其方位駐守，稱駐京八旗，俗稱京旗，實即禁軍。另抽出一部分旗兵派駐全國各重要城市和軍事要地，稱駐防八旗。八旗有一套完整的制度。如封爵，崇德元年(1636)始定親王、郡王、貝勒、貝子、鎮國公、輔國公、鎮國將軍、輔國將軍、奉國將軍9等。八旗按引軍旗色定戶籍。八旗興辦宗室覺羅學、官學等，課其子弟。
清代的八旗軍，包括八旗滿洲、蒙古、漢軍，在行軍、駐營時所居的位置是固定的。據說是依“五行相剋”說制訂的。在《八旗通志》中有如下的記載“兩黃旗位正北，取土勝水。兩白旗位正東，取金勝木。兩紅旗位正西，取火勝金。兩藍旗位正南，取水勝火，水色本黑，而旗以指麾六師，或夜行黑色難辯，故以藍代之。”
京旗各佐領在行政上歸本旗都統管轄，但在軍事系統上，又按照兵種，將前鋒、護軍、馬甲、步甲獨立編營。其中，驍騎營(馬甲)、護軍營、步軍營(步甲)均按旗分設，前鋒營按左右翼分設。護軍營與前鋒營平時警衛宮禁，皇帝外出時扈從行營，是八旗兵的精銳。以後陸續增設虎槍營、火器營、健銳營、善撲營、神機營(火槍)為特殊兵種。
康熙年間開始，八旗逐漸移居城外，因為當時在西郊營造圓明園，便從北京城內抽調八旗官兵前往保護安全。圓明園落成後，幾朝皇帝每年都要在圓明園住上幾個月，並設朝理政，圓明園事實上已成紫禁城之外的另一座皇宮。為了護衛圓明園的安全，於雍正二年(1724年)設立八旗護軍營規劃為鑲黃旗駐圓明園後樹村西，正白旗駐樹村東，鑲白旗駐長春園東北，正黃旗駐蕭家河村北，正紅旗駐北安河橋西北，鑲紅旗駐玉泉山東北，正藍旗駐海淀東，鑲藍旗駐頤和園南藍靛廠。八旗兵駐紮城外，在地名中可以反映出來，比如“廂紅旗”、“藍旗營”等。
清代禁旅八旗順治年間約有兵丁8萬，乾隆年間為10萬餘人，清末增至12萬餘人。禁旅八旗以滿洲八旗為主，遇有戰事，派出作戰，戰畢撤歸京師，為清朝基本的軍事力量。
京畿駐防的駐防地，分為幾大類。如順義、昌平、三河、良鄉等地，均是最靠近北京城區的地方，他們實際上是作為京城護衛的外圍。更遠的駐防地，如保定、太原、滄州、德州，均是從北京向各個方向的交通要道。起初清廷重點佈防於南方，特別是東南。後來到了康熙中期之後，準噶爾等勢力崛起，故而康熙帝開始將京畿駐防中薄弱的北方地區進行加強。
直省駐防，指的是清代在各行省設立的駐防地點。最初多是臨時性的駐紮。後來，其中的某些重要地區的駐防陸續成為定例，就形成了清朝直省駐防的結構。
順治十七年(1660年)，諭令固山額真清文仍稱固山額真，漢文稱為都統;梅勒章京漢文稱為副都統;甲喇章京稱為參領;牛錄章京稱為佐領。這樣，牛錄(佐領)甲喇(參領)固山(都統)逐漸成為八旗都統的分層管理機構。
京師八旗中，八旗都統每旗一人，從一品;副都統每旗二人，正二品，下設參領、副參領、佐領，曉騎校及印務參領、印務章京、筆帖式等。參領各旗人數不一，正三品。其中滿洲八旗每旗五人，共四十人;蒙古八旗每旗二人，共十六人;漢軍八旗每旗五人，共四十人，合計為九十六人。副參領，正四品，與參領額同。
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佐領，正四品，滿洲八旗有六百八十一人，蒙古八旗有二百零四人，漢軍八旗有二百六十六人，共計一千一百五十一人，由參領統領。曉騎校，正六品，與佐領額同，即每佐領下設一曉騎校。印務參領，滿洲八旗十六人，蒙古八旗八人，漢軍八旗十六人，共四十人。印務章京，滿洲八旗共六十四人，蒙古八旗三十二人，漢軍八旗四十八人，共一百四十四人。筆帖式與印務章京額同。另外，各旗還設隨旗行走散秩官，無定員。
在八旗中，都統為一旗滿洲、蒙古、漢軍的最高長官，既負責軍務，又負責一旗民政事務。清入關前，滿語稱固山額真，設1人;設左右梅勒額真(後改為梅勒章京)各1人。京師八旗滿蒙漢各有都統1人，從一品，共設都統衙門24處。在各省置駐防八旗，轄兵2000名以上者，以將軍領之。全國設將軍衙門13處均從一品，以滿洲王公或親信大臣兼任。各防以將軍或都統為長官。一般將軍與都統不併設，凡設將軍處，下置副都統。在某些地區，副都統即為一地駐防旗長官。
副都統協助都統工作，參領則是承上啟下之官員，介於都統與佐領之間。佐領負責一牛錄的事務。都統和副都統都不世襲，由皇帝臨時任命。參領也不世襲，於本旗內補授。佐領多為世襲職，如勳舊佐領，世管佐領，也有非世襲的，如公中佐領。
驍騎營：清代禁衛軍之一，起皇太極天聰年間所設的阿禮哈超哈營。順治時詳定製度，八旗均設驍騎營，為八旗都統的直屬部隊。滿洲驍騎營所轄有馬甲、領催、匠役，其人員從八旗滿洲每佐領下抽調。
護軍營：清代禁衛軍之一。始建於皇太極天聰年間的巴牙喇營，上三旗守皇宮禁門，即午門，東西華門和神武門等，下五旗守王公府門。雍正時，改為均司禁衛。從滿蒙八旗中抽調，每旗設護軍統領(tuijanggin)一人;雍正三年，增設了圓明園八旗護軍營，駐於該園周圍，以司禁衛。
前鋒營：清代禁衛軍之一。始建於皇太極天聰年間葛布什賢超哈營。挑選八旗滿蒙各佐領下的擴軍馬甲，養育兵等技藝優秀和身強力壯者銳部隊，獨立為營。清代大規模的巡活動很多，前鋒營負責皇帝巡幸時的前哨警衛。
健銳營：清代禁衛軍之一。也稱雲梯兵。乾隆十四年(1749年)設立。健銳營駐紮在北京香山實勝寺旁，習攻堅之戰。營兵從八鋒中壯健者挑選，兵額2000，滿人居多。設總統大臣管理，下有翼長(gida)，參領等官。
火器營：清代京軍之一。康熙帝因平定三藩之亂之需，非常重視火炮技術，於1691年定全營均練習火炮，並掌皇帝的守衛擴從。營兵從八旗滿蒙漢各佐領中抽調，共轄官兵近八千人。火器營在平定三蕃，收復臺灣和抵禦沙俄侵略等戰役中，發揮了重要作用。
步軍營：清代禁衛軍之一。步軍營守衛京師，八旗滿蒙漢各佐領分駐京城，人數較多，康熙十三年，定製兵額人。
神機營：清代禁衛軍之一，始建於咸豐十一年(1861年)，主要職責是守衛紫禁城三海(中南海、北海、什剎海)並從皇帝巡行，神機營由八旗滿蒙漢各佐領及八旗前鋒、護軍、步軍器、健銳等營伍中挑選的武藝高強和善騎射的營餘構成。
虎槍營：清代禁衛軍之一。虎槍營於康熙二十三年設立，負責滬從圍獵，如在塞外皇家圍場的守獵，稱木蘭圍場(木蘭滿語。原為哨鹿，後為地名)各個善騎射，都是從八旗、前鋒、擴軍和火器等營伍挑選的，兵額約六百。
善撲營：清代禁衛軍之一。康熙年間設立，善撲營兵被稱為“少年大力士“，他們協助康熙帝剷除了叛臣鰲拜，立下了汗馬功勞。
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