八旗擴充
連年的戰爭，使這支戰鬥力極強的八旗子弟獲得墊葛拜了不少利益。他們在統一女真各部落，以及同明朝統治者爭奪天下的戰爭中，獲得了上百萬人口、牲畜、甲仗、兵器，以及大量的金銀財寶。努爾哈赤當時仿照明朝的官職，對作戰有功之臣分別授與不同的官銜，統兵轄民，並根據貢獻的大小，賜與大量的人畜財帛，供慨協講其享用。不少官將還領受敕書，子孫後代永遠襲職。這樣，就使滿洲的八旗子弟在進關之前即已形成了一個貴族階層，享受著特殊待遇。
八旗蒙古
努爾哈赤、皇太極勢力增大後，把征服的蒙古族人也編入旗內，統歸八旗管轄，被稱為八旗蒙古。後金天命九年(公元1624年)，努爾哈赤把征服的蒙古族人編成五個“牛錄“，隸屬於八旗滿洲。
八旗組織中蒙古旗與漢軍旗的建立比滿洲旗稍晚。
清皇太極天聰三年(1629年)，已有蒙古二旗的記載，稱為左右二營。
清皇太極天聰八年(1634年)，改稱左翼兵和右翼兵。
清皇太極天聰九年(1635年)，後金在征服察哈爾蒙古後，對眾多的蒙古壯丁進行了一次大規模的編審，正式編組為若干蒙古牛錄分屬八旗。至此，八旗蒙古出現了。
八旗漢軍
努爾哈赤進入遼瀋地區，大量漢人被掠為奴，編入八旗滿洲之內，成為家內奴或拖克索(農莊)內從事生產的奴僕。同時，為擴大兵源，從為奴的漢人中抽出一些壯丁(規定每20人抽一人當兵)，其所需馬匹器械由20名漢人共同出錢購買。其壯丁享疊姜狼家為漢軍戶，對漢軍戶有優厚待遇，比如，可以全家遷入努爾哈赤所在的城中居住，以示信任。
皇太極即汗位後，改變努爾哈赤對漢人的政策，不再把被征服地區的漢人編入滿洲八旗人家為奴，編莊別居，減少了滿漢之間的民族矛盾。對這些漢人，由投降過來的原明朝官員或後金提拔的漢人官員來管理。
清皇太極天聰五年(1631年)，建立時漢軍單獨編為一旗(一說天聰七年)。
清皇太極崇德二年(1637年)分漢軍為二旗，旗色玄青，四年分二旗官兵漏組為四旗。
清皇太極崇德七年(1642年)，把漢軍擴為八旗。至此，八旗漢軍正式出現，成為清朝三軍之一。所使用的旗幟和滿洲、蒙古相一致，即正黃、鑲黃，正白、鑲白，正紅、鑲紅，正藍、鑲藍。至此，滿洲、蒙古、漢軍各為八旗的制度臻於完善。
八旗改色
清天命十一年(1626年)，努爾哈赤死後，皇太極繼承汗位之後，為名正言順及鞏固權力，將多鐸、阿濟格二人統領的正黃、鑲黃二旗改色為正白旗與鑲白旗，而將自己親領的原正白旗改色為正黃旗，又奪取杜度的原鑲白旗主之位，交由長子豪格擔任，改色為鑲黃旗。皇太極首先在每旗仍設管理旗務大臣一名，也即固山額真，職責是“總理一切事務“。分散了主旗貝勒的權力，降低了他們的自主性。
清皇太極天聰四年(1630年)，阿敏獲罪，被罷官幽禁後，由他弟弟濟爾哈朗為鑲藍旗旗主。
清皇太極天聰六年(1632年)，皇太極取消了四大貝勒並坐的儀式，改為由皇太極一人“南面獨坐“，提高了皇太極的地位。
清皇太極天聰九年(1635年)，正藍旗主莽古爾泰意圖謀反事敗遭誅，該旗由皇太極所得，皇太極將其與自己親領的正黃旗混編重組，成為新的正黃旗和鑲黃旗，並從中分出8個牛錄給予豪格統領的原鑲黃旗，又再次將其改色為正藍旗。
清順治五年(1648年)，豪格因1643年的繼位之爭被攝政王多爾袞陷害下獄暴亡，正藍旗又為多爾袞所得，多爾袞將其與自己統領的正白旗混編重組，成為新的正白旗和鑲白旗，將胞弟多鐸統領的原鑲白旗改色為正藍旗。此後八旗旗色再未變化。
上下之分
八旗本無高低之分。
清軍入關前，八旗中的正黃、鑲黃兩旗由汗王(皇帝)直接統領，其它6旗分別由汗王的子侄統領。惟鑲黃旗只屬於皇帝一人。鑲黃旗內除了皇帝之外，沒有其他宗室。皇太極為加強君權，崇禎八年前，已將與他平起平坐的代善、阿敏、莽古爾泰三大貝勒借故治罪，將正黃、鑲黃、正白三旗收歸自己統轄，開創了清帝直接控制“上三旗“的制度。
