就這樣小皇帝阿離一家人，還有他的隨從十二人的家屬，他們在九蓮山後山過上了半隱居的生活。他們相互結親，相互之間都是親戚關係，小皇帝阿離也在這裡過世。關於他們的身份和來歷，只有一些核心人員才知道，其他人都以為他們知識南宋遺民而已。他們漸漸失去了和明王朝朱家搶奪天下的能力和時機。相信不久之後，等到他們徹底和政治脫鉤的時候，就是他們可以恢復自由的時候了。
明中期的倭寇事件，又一次改變了他們的命運。
倭寇是指十四至十六世紀侵擾劫掠中國和朝鮮沿海地區的海盜，除沿海劫掠以外主要從事中日走私貿易。抗日戰爭期間，中國人亦用倭寇指稱日本侵略者。
以日本為基地，活躍於朝鮮半島及中國大陸沿岸的海上入侵者。曾經被歸於海盜之類，但實際上其搶掠物件並不是船隻，而是陸上城市。
明謝肇淛《五雜俎·地部一》“亦使浙直諸軍士因之習於海戰，倭寇之來，可以截流而御之。“《明史·外國傳三·日本》“有捕倭寇數十人至京者，廷臣請正法。“郁達夫《遊于山戚公祠》詩“但使南疆猛將在，不教倭寇渡江涯。“老舍《四世同堂》第二部五十“這仙境中的主人已換上了殺人不眨眼的倭寇;那仙姿逸態又有什麼用呢?“陳毅《哭葉軍長希夷》詩“東進殺倭寇，舉世驚風雷。“
“倭“字從人從委，委亦聲。“委“意為“身材軟縮“、“身材小一號“。“人“與“委“聯合起來表示“身材矮小的人“。秦語中，寇與賊同意。“完“指“家園完整“，“攴“指“敲打“。“完“與“攴“聯合起來表示“家園破碎“。
所謂“倭寇“一辭的由來，是從'高句麗廣開土王碑'(西元414年)碑文上所記載“倭寇○○(某地名)“而來，在此“寇“當動詞，即“日本侵略(某地名)“之意，而之後“倭寇“二字作為名詞獨立，用以稱呼來自日本的侵略者。“倭寇“這一稱呼大約使用於公元7世紀後期，在16世紀倭酋豐臣秀吉的倭亂、以及中國的抗日戰爭裡。
十四世紀初葉，日本進入南北朝分裂時期，封建諸侯割據，互相攻戰，爭權奪利。在戰爭中失敗了的一些南朝封建主，就組織武士、商人和浪人到中國沿海地區進行武裝走私和搶劫燒殺的海盜活動，歷史上稱之為“倭寇“。
朱元璋建立明朝的時候，日本正處於封建割據的南北朝時代。早在元順帝至元二年(1336年)，打進京都的足利尊氏廢黜了後醍醐天皇，另立天皇，自任徵夷大將軍，設幕府於京都。後醍醐天皇南逃吉野，建立朝廷，史稱南朝，在京都的朝廷被稱為北朝。後醍醐天皇為了恢復王權，推翻幕府，派他的兒子在九州設徵西府。除了南、北兩個朝廷外，還有許多割據勢力守護大名。他們掠奪財富，除互相爭戰之外，還常常支援和勾結海盜商人騷擾和擄掠中國沿海地區，形成了元末明初的倭患。朱元璋即位後，連續派使者到日本，以恢復兩國關係，更重要的是為了消彌倭患。但由於日本處於分裂對抗狀態，幾次派使都毫無結果，倭寇侵擾日漸繁複。北起山東，南到福建，到處受到劫掠。洪武二十五年(1392年)，北朝統一日本。南朝的武士、失意政客和浪人失去了依託，於是流落海上，盤踞海島，形成了一股不小的力量，不時侵擾中國沿海，造成洪武末年日漸熾盛的倭患。
統一日本的足利幕府第三代將軍足利義滿，也想肅清南朝的殘餘勢力，打擊海上盜賊，同時也想發展與明朝的貿易，獲取豐厚的利益。於是，兩國恢復了關係。明成祖時，雙方建立了勘合貿易關係，明朝給予足利幕府貿易憑證，即勘合，日本方面憑勘合來中國進貢，進行貿易。明朝發展與日本的關係，主要是為了消除倭寇對中國沿海地區的侵擾，足利幕府也積極剿捕倭寇。在足利義滿死後，其子足利義持改變政策，雙方勘合貿易中斷，日本也不再剿捕倭寇，足利義滿時期稍有收斂的倭寇劫掠又在中國沿海一帶蔓延開來。
其後，在足利義教時期，中日勘合貿易又得以恢復。成化三年，即日本應仁元年(1467年)，日本進入了戰國時代，足利幕府衰弱，勘合貿易制度遭到破壞，一些守護大名為了爭得與明朝貿易的權力，搶奪勘合，沒有貿易勘合的大名便進行海盜活動，明嘉靖中葉以後，中日勘合貿易完全斷絕，倭寇侵擾日益嚴重。
明初，由於國力強盛，重視海軍、海運建設，因此倭寇未能釀成大患。正統以後，下西洋停止隨著明朝政治腐敗，海軍鬆弛，倭寇氣焰便日益囂張。正統四年(1439年)，倭寇侵擾浙江台州的桃渚村，殺人放火，掘墳挖墓，甚至把嬰兒束在竿上，用開水澆，看著嬰心啼哭，拍手笑樂。倭寇的罪行，給中國人民帶來了痛苦和災難。
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至嘉靖時期，隨著東南沿海一帶商品經濟的進一步發展，對外貿易相當發達。沿海一帶私人經營的海上貿易也十分活躍。一些海商大賈、浙閩大姓為了牟取暴利，不顧朝廷的海禁命令，和“番舶夷商“相互販賣貨物，他們成群分黨，形成海上武裝走私集團，有的甚至亡命海外，勾結日本各島的倭寇，於沿海劫掠。這些海盜商人如王直、徐海等，與倭寇勾結，使得倭患愈演愈烈。同時一些明朝官僚也與這些寇盜建立了聯絡。嘉靖二十七年(1548年)，明朝派朱紈巡撫浙江，兼提督福建軍務，朱紈到任後，封鎖海面，擊殺了通倭的李光頭等96人。朱紈的海禁觸犯了通倭的官僚、豪富的利益，他們指使在朝的官僚攻擊朱紈擅殺，結果朱紈被迫自殺。從此，罷巡視大臣不設，朝中朝外，不敢再提海禁之事。倭寇更加猖獗起來。
古代倭寇主要分為元朝、明初明朝中後期的前後兩期。前期(元初至明初)倭寇以日本的本國人為主，目的是為了報復徵日的蒙朝聯軍的侵略和女真海盜的擄掠，主要是以日本軍隊的軍事報復為主;中後期(正德至萬曆)的倭寇基本上是中日混編隊，原因為明朝的閉關鎖國(海禁)政策和日本國內分裂動盪。主要以中國沿海居民(海盜)和日本浪人為主，在巨大的經濟利益和豐碩的物質回報促使中日兩國的冒險家鋌而走險。
明朝之前
蒙古入主中原後，元世祖忽必烈於至元十一年(公元1274年)、至元十八年兩次征討日本，雖然因種種原因最終失敗，但日本政府也因為恐懼元軍的再度進攻，加強海軍，日本在元朝時期不敢和中國來往。朝鮮史取對馬島、壹岐島、平戶島三地之名，稱為“三島倭寇“。清朝的徐繼畭所著“瀛環志略“，以及朝鮮的安鼎福所著“東史綱目“，均指出倭寇的起因在於朝鮮人(高麗人)配合蒙古侵日行為所引發的報復。
後來日本進入南北朝的動亂狀態，倭寇的活動也由於政府管制力減弱而加劇。由於前期倭寇對於日本與明朝、高麗貿易造成破壞，初成立的明朝政府對日本南朝發出討伐倭寇的要求，隨後敕封討寇有功的南朝將軍“日本國王“的稱號。之後北朝室町幕府在南北朝合一後，由室町幕府將軍足利義滿再度進行討伐，隨後受封為新的“日本國王“。李氏朝鮮的開國君主李成桂因為討伐倭寇有功得到很大的聲望和勢力，後來進行政變取代高麗王朝建立朝鮮王朝。之後隨著明朝與日本間勘合貿易的盛行，以及對馬島與朝鮮之間的貿易開放，前期倭寇也逐漸式微。
前期的倭寇，是以日本人為主體，故被稱為“真倭“(以平戶藩松浦家為核心)。
明朝初年，移居南洋一帶的華僑迅速增加，其原因主要有二一是張士誠、方國珍的殘餘勢力流落到南洋一帶，二是因為海禁嚴厲，私自出海的商民留居南洋不歸張士誠、方國珍原來都是鹽商，以在海上販鹽為業。元末農民大起義中，他們各自雄據一方，部從都達數十萬眾。他們的根據地在江浙沿海一帶，其部下也多是沿海人民，熟悉海上形勢。當張、方集團被朱元璋陸續攻滅後，其部下多逃亡海上，繼續與朱明王朝為敵。這種反明活動一再失敗，其餘部就散居南洋各地，成為華僑。他們有的到了日本，大多數是“借交趾、占城、闊婆、暹羅為逋藪明成祖即位後，聞知逃居東南海上的中國人很多，便特地發了一道詔令中國人逃匿在彼者，成赦前過，俾複本業但收效甚微。明初厲行海禁，嚴禁私人出海貿易。這是對宋元以來海外貿易持續發展的反動，遭到沿海人民的強烈反對。沿海人民以海為生，或漁或商，久成習慣。實行海禁，無疑等於斷絕了他們的生路。他們“不肯束手困窮，於是所在聯結為寇，潰裂以出“為了逃避明王朝的懲罰，他們便滯留海外不歸，從而成為華僑。這正如顧炎武所說“永樂間......以小民衣食所賴，逐稍寬禁。“
明朝時，福建有不少武裝走私集團，或者是海盜。當中央政府進行鎮壓，他們在沿海待不住，就逃到臺灣。鄭成功的父親鄭芝龍與顏思齊這兩個海盜就跑到臺灣，在北港建立基地。管轄的居民中有漁民，也有大陸遷過去的其他漢人，大概有幾萬人。明朝的開國皇帝朱元璋有過“片板不許下海“的規定，但實際上，特別是當葡萄牙人、西班牙人、荷蘭人到達東南亞時，走私貿易就相當興盛，特別具有冒險精神的福建人就與他們貿易。福建地方政府眼開眼閉，因為商人每年交的錢可以補貼福建的財政開支，也可給地方官員發“獎金“。所以非但不管，還支援他們。如果朝廷下令清查，他們會通風報信，或者出動軍隊驅趕，海盜就會逃到外面去。
順便講一下，明朝有倭寇，以前都稱倭寇為日本人對中國的侵略。其實，“倭寇“主要是福建以及沿海的走私商人或海盜，他們僱傭一些日本人打仗，地方官打不過他們，就報告朝廷，我們不是打不過，因為都是日本人，很厲害，所以就稱為倭寇。倭寇主體是中國人，首領是王直(一作汪直)，是徽商。所以主要是中國商人、武裝走私集團自己在騷擾，借了日本人的名義，不是日本侵略中國。他們當時與日本人的來往很密切，比如鄭成功的母親鄭芝龍太太就是日本人，鄭成功是中日混血兒。現在日本還有她的碑和墓。這些事實以前歷史書上講得實在太簡單，長期造成誤導。
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明朝隨鄭和下“西洋“的鞏珍，圓國剛'寫了《西洋番國志》一書，曾介紹他在印尼見聞爪哇國的“杜板、番名賭班(tuban，在爪哇東部，華僑稱為廚閩)。此地約千餘家，中國廣東及漳州人多逃居於此……杜板向東行半日許至新村，番名革兒者(geresikgrisse，在爪哇東部，華僑稱為錦石)。此地原為枯灘，因中國人逃來，遂名新村……約千餘家……。新村向南行日許到蘇魯馬益港口，水淡沙淺，大舡難進，乘小舡行二十餘里到蘇魯馬益……華僑稱為泅水，有村主，管番入千餘家，亦有中國人。“他到巨港時，也發現“國多廣。東、福建漳、泉人。“同鄭和、鞏珍等一齊下“西洋“的費信在《星槎勝覽》中，也記載許多華僑在馬來亞、馬六甲的情況“滿刺加國……男女椎髻、身膚黑漆、問有白者、唐人種也。“《閩都記))記載明朝時福州華僑在馬六甲的情況“明永樂時，福州商人……住麻喇國多年，聚番好生子“。《明史》上有關福建人到國外去的i己載也很多，如“呂宋(屬菲律賓)居南海巾，去漳州甚近……先是，閩人以其地近且饒富，商販者至數萬人，往往久居不返，'至長子孫。“。婆羅，又名汶萊……鄭和使婆羅，有閩人從之，因留騰其地。“可見在明代，華僑在印尼、星馬和菲律賓一帶已形成村莊聚居，繁衍生息。“永樂在南洋設立舊港宣慰司、
