六月底，金俱難勸阻無效，又逢謝玄進據白馬，順風順水運用火船，截斷秦軍來自淮陰的漕運補給，彭超一面派信使聯絡留守淮陰的邵保，將軍糧改運至盱眙，再往三阿中轉，一面卻因為兩軍人數對比陷入猶豫。
秦軍在三阿自彭超、金俱難等將領以下約六萬人，但實際上來自中兵、鎮兵的精銳十分有限，如來自長安中兵的王顯，雖然麾下七、八千人，但核心戰力只有強弩營二千餘人，其餘都是徵召的軍戶兵，以及隨軍的營戶兵。出征時，軍中只需為這些人供給糧、鹽，偶爾發放衣裝，兵器、甲冑、馬匹都需自備，由於大多數都是貧戶，不少人都是扛根杉篙一類的長杆來應役，只能打打順風仗，一旦陷入困境往往引發營嘯，堂邑驚潰的四萬晉軍亦是如此。
白馬的謝玄所部晉軍有三萬餘，其中北府軍骨幹的流民帥軍隊約兩萬人，這些人平時屯戍的地方就在江北，可以說是切身利益所在，不得不拼命，加上謝安掌權後，不吝高官厚祿，錢糧、甲械也大開方便之門，優先給予補充，除了缺少戰馬以外，士卒的平均戰力略高於秦軍，剩下萬餘人則是挑選自各部潰軍的精壯，接受北府軍整編後，皆有雪恥之志。另外還有兩萬左右羸兵，留守在廣陵及北上途中的各處堰壩，進行休整的同時也預防萬一，要是北府軍戰敗，就能在接應撤退後立即執行毀廢任務，令秦軍無法利用水路追擊。
由於秦軍之前分兵，集中兩萬騎卒急襲堂邑，此時在三阿的主力沒有足夠的騎兵，無法進行有效的遮蔽和壓制，迫使晉軍進入己方預設的戰場，三阿秦軍雖然人數佔優，反而陷入被動。
金俱難部將，騎督、後軍司馬都顏，所部千餘臨時湊集的騎卒，最先與晉軍接觸。前往白馬觀晉軍兵勢並企圖襲擾、遲滯，途中與北上會合謝玄的何謙遭遇，在白馬塘以西被水陸兩面截擊，當場陣亡。
騎督為魏晉時統率騎兵的中級軍官，中、外兵各軍之中大多都設有此職，相當於品秩中下的雜號將軍。東漢末年，孫堅討伐董卓，董卓以胡軫為大督護、呂布為騎督，統兵攻打。三國時，成濟與兄長成倅受司馬昭心腹賈充指使，刺死魏帝曹髦，成倅當時的職位就是騎督。
晉軍小勝，士氣提振，謝玄又透過俘虜，確認秦軍沒有大部騎兵配合，並得知秦軍乏糧，於是改變計劃，全軍攻向三阿，與守城的田洛、戴逯內外合擊，形成反包圍。
秦軍方面，金俱難又一次提議退兵，可彭超仍是猶豫不決，他寄望於留守淮陰的邵保，成功向盱眙轉運軍糧，以及毛當、毛盛所率二萬騎兵能夠及時回援，從而扭轉戰局。
可謝玄的三萬人，配合田洛、戴逯的兩萬人，秦軍的兵力優勢已經不明顯，而彭超面臨兩面夾攻，至七月初，僅僅堅持了不到十日，就因斷糧導致全軍崩潰。
秦軍重新組織後，隨即退往盱眙就糧，謝玄會合田洛，緊跟著進抵石樑，東北方向是三阿，西北方向則是盱眙。
石樑城在商周時古名卑梁，春秋時為吳國邊邑，東晉時城池建於商代古城遺址之上，地處石樑溪南岸，下游向東連線樊梁溪，匯入樊梁湖。
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謝玄不給秦軍喘息之機，與田洛、戴逯合兵，率五萬晉軍進攻盱眙。彭超為了保護退路和漕運，被迫迎戰，秦、晉兩軍在城北君川交戰。
彭超跑路到盱眙時，已經不再存有僥倖，決意撤軍，於是以適應邗溝較淺航道的一種平底舫船，並列作為橋樑，迅速架設臨時浮橋，意圖退往淮北。
卻為謝玄察覺，以參軍劉牢之率軍自水面突擊，一舉燒燬浮橋，直擊要害，秦軍士卒因後路再次被斷，兵無戰心，心中驚懼，爭相逃亡，而來自淮陰的運糧船隊，失去接應後也被謝玄督護諸葛侃、單父令李都領軍破襲。
彭超、金俱難只得入破釜塘退往淮陰，秦軍大敗後，士卒爭相登船，溺死者不計其數，六萬大軍連敗之後已經摺損近半。
晉軍取得兵力優勢後，謝玄反而沒有急於在水面上以快船追擊，只是下令緩緩尾隨，集結各部調整攻擊次序。
秦軍留守在淮陰的邵保，在派往三阿、盱眙的運糧部隊接連損失後，所部兵力不足五千，接應彭超、金俱難等部敗兵後，士氣如傳染一般，也變得人心惶惶。
這種情形下，秦軍由於船隻運力不足，彭超等人認為分批擺渡撤退，極易引發營嘯，於是在淮陰再次並船修築浮橋。
秦軍此時一心想著撤回淮北，毫不遮掩意圖，很快就被晉軍偵查得知，並派出小股水軍拖延建造進度。
短短几天后，此時已經是七月中旬，趁著淮水夜間大潮，謝玄以何謙、諸葛侃為將，率晉軍水師船隊發起火攻，秦軍被迫接戰，天時、地利、人和一樣不佔，浮橋被毀，逃生無路。
僅王顯因為家學淵源，精通天文，提前設防，率本部二千強弩營精銳潰圍後，護著幾乎隻身逃出的彭超、金俱難登船，退至淮北，秦軍餘眾約四萬人一夜盡沒，邵保也在亂軍中被何謙麾下士兵殺死。
敗訊傳出後，毛當、毛盛隨即率軍北歸，晉軍騎兵稀缺，無力攔截，只得乘船望塵目送。
彭超、金俱難回到淮北後，分別上表長安，作出陳述，因屢勸不聽金俱難自覺不忿，一併告發彭超指揮失當。苻堅獲悉經過後，罕見的在朝會上發了火，即刻下令以檻車押送彭超還都，下廷尉獄，同時削去金俱難官爵，貶為庶民。
彭超不欲受檻車入京之辱，於彭城待罪時，自盡於獄中。三年前，彭超任兗州刺史之初，曾在濮陽城南，為鄧艾廟立碑，立志效仿其滅蜀一般滅晉，最後卻落得相似的下場，至死仍心中不甘。
前燕滅亡後，范陽涿縣人酈瑛作為降官仕秦，呂光在洛陽收捕據城兵諫的苻重後不久，奉命入蜀平李烏之亂，酈瑛也由苻洛麾下被調任為蜀郡太守，其子酈紹在淝水之戰後，跟從慕容垂，為後燕濮陽太守，酈紹的曾孫酈道元作《水經注》時，就記載了彭超於鄧艾廟立碑一事。
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