21o趁機偷襲9s，結果被a2殺死。
此時，被憤怒衝昏頭腦的9s，已經聽不進a2的話，直接和她進行戰鬥。
突然間，整棟樓崩塌，9s從高處墜落。
a2則要面對一個奇怪的機器人：
二週目開頭，9s看到的弟弟機器人拿桶接油，試圖救活死去的哥哥，但是沒有起到作用。
它最後和哥哥合體，以另一種方式“復活”了哥哥。
激戰之後，a2幫助它們獲得瞭解脫。
這時候，pot042與pot153進行了機密通話——它們懷疑自己產生了意識。
另一方面，摔到地面的9s，也在pot的幫助下，恢復了知覺。
他現在已經集齊了三個關鍵物品，便前往白色高塔繼續調查。
使用這些物品解開附近三個副塔的封印後。
主塔需要花費很長時間破解。
但大批機械兵鑽出來干擾9s的行動。
正在這時，紅髮兩姐妹及時趕到支援，阻擊了機械兵。
然而，9s卻發現，大門的封鎖根本無法破解——這意味著他之前搜尋關鍵物品的舉動，都是白忙活了。
紅髮兩姐妹為了彌補自己以往的過失，冒著燒掉迴路的風險開啟了高塔之門。
她們的記憶也共享給了9s：
原來，她們曾經是守護人類的機體，可是計劃失敗人類滅亡，十分自責，所以打算贖罪。
9s進入白色巨塔後，一路遇到感染的寄葉隊伍來阻擊。
當他進入高塔的大廳後，更是遇到了2b的複製體。
其中一個複製體趁其混亂時自爆，炸燬了9s的一隻手臂。
另一邊，a2得知白色巨塔大門開啟後，立刻趕了過去。
在門口見到了紅髮兩姐妹，她們已經奄奄一息。
她在高塔內找到了一座圖書館，獲得“2型計劃”的資料。
正準備開啟檢視時，一個巨型蜘蛛機器人突然衝了進來……
畫面切換，被爆炸衝擊震暈後的9s清醒過來。
他拆下了2b複製體的手臂，安裝在自己身上。
在前進的路上，遇到了二週目結尾時的紅衣姐妹。
她們表示只要9s擊退這裡的敵人，就能獲悉一個小秘密。
這個秘密是一份絕密檔案——廢除寄葉部隊的計劃。
原來，整個寄葉部隊的成員，都只是計劃中的炮灰而已。
9s衝出露臺，奪得機甲——他要摧毀這裡的一切。
然而，紅衣姐妹表示她們是無法被消滅的。
畫面切換到a2那邊，她重創了巨型蜘蛛後，對方選擇逃跑。
a2則在圖書館中找到了中樞，黑入了紅衣姐妹花的內部。
在pot的建議下，a2讓姐妹們互相否定自我，並且互相發起攻擊。
接著，a2搭乘電梯前往塔頂，遇到修復好的巨型蜘蛛阻擾；
9s也駕駛機甲前往塔頂，遇到另一隻巨型蜘蛛的阻擾。
他倆在塔頂匯合後，這兩隻巨型蜘蛛也組合成一隻超大型機器人。
