9月5日，外交部專員尹明德受重慶軍事委員會，十一集團軍總司令宋希濂，雲貴監察使李根源委託，到達南甸司署宣慰，會見老土司龔綬，新土司龔統政，將委員長所頒電文玉照，及宋總司令，李監察使聯銜書贈'為國干城'匾額，並宋總司令賜與手提機關槍一挺，子彈二百粒，一併頒發。
龔綬當面表示“決心追隨抗戰，即任何犧牲，亦所不惜“。
於是在9月6日，龔綬向宋希濂，李根源發出輸誠通電。
9月1215i，第十一集團軍總司令委任龔綬為滇西邊區自衛軍第二路司令，轄尚自貴，龔統政兩個大隊。
1944年，滇西反攻，封維德隨軍推進，到大廠恢復設治局。
9月，梁河設治局成立遮島第一軍民合作站，組織供應軍糧。
這一階段中日矛盾成為中國社會的最主要矛盾，在日本大軍入侵，邊疆淪陷的特別時期，政務改革已非當務之急。
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因此，民國政府對南甸宣撫司採取了暫停改流，團結抗日的政策。
到了最後的第三階段，改流再起，不過最後卻不了了之了。
的確，在抗戰勝利後，民國政府再議改土歸流。
像是1945年，梁河司法處在大廠成立，設有院長，檢察官，司法兵，開始受理梁河地區的民刑案件，並通知設治局和土司今後不許在受理民刑案件，但沒有實效，土司依然受理。
同年，設治局改十九鄉鎮為四大鄉鎮，在四大鄉鎮成立中心小學。
1947年，國民黨梁河黨部遷入土司署。
1948年，設治局，黨部在土司署召開參議會成立大會，多數議員，鄉長懾於土司權威，被迫同意龔綬為參議長。
6月，龔統政成立“民眾自衛組訓總隊“，擴大勢力範圍。
9月2日，土司在司署召開鄉鎮長，紳士會議，成立改革委員會，選舉設治局長，以行使自治權。
9月15日，末任設治局長到局視事。
當時，土司有令，凡縣人進出設治局，或給設治局納糧納稅者，抽筋剝皮。
此時，國民政府大勢已去，已無力也無暇採取舉措來改變這一狀況了。
到最後抗戰勝利後，時雲南省第六區行政督察專員李國清提出了一個措辭激烈的《廢除土司制度意見書》，認為“土司制度本系封建餘孽，早應廢除“，“土司制度實系國家之毒瘤，割治癒遲，潰傷愈大“，希望“政府當機立斷，以一團之眾進駐騰龍邊區，解除土司武裝，實行設立縣治“。
雲南省政府也曾推出了《雲南各設治局改縣方案》，準備將梁河盈江兩設治局合併改設一縣。
但同時又說“至於土司制度，亦為法制所不許，本應令飭一律廢除，惟現值剿匪戡亂時間，地方尚未安定，擬仍採取逐漸改廢辦法，俟土司出缺，不再準其承襲。”
這個方案道出了雲南省政府對待土司的真實趨向。
此時，雲南省政府越來越陷入內戰的泥淖之中，已經無心也無力推行改流的舉措了。
1949年8月，時任滇西軍隊指揮官餘建勳提出了《土司政治制度改革綱要草案》，主張“為適應邊地特殊情形，司官制度仍舊儲存“，“縣局對司署居於監督指導地位，不必強令土司制度與內地完全劃一，致生干預。”
該草案事實上給民國時期南甸宣撫司改土歸流的歷史劃上了句號。
綜上，這些大致勾勒了民國時期南甸宣撫司改土歸流的歷史過程。
在這一過程，雖然雲南地方政府的改流設想最終不了了之，但南甸宣撫司在改流的衝擊下已發生了巨大的變化。
像是土司制度被逐步納入了國家統一的行政體制之中。
在南甸土司一統天下的轄區，先後承設了八撮縣丞，八撮分治員，八撮縣佐，騰衝第六區公所，設治局。
尤以設治局機構較為完備，初期局內就設有秘書室，第一科(掌管戶籍，自治，禁政，風俗)，第二科(掌管財政，糧食等)，第三科(掌管軍事，建設，教育，衛生)。
此外還設定了政警隊，同時，先後曾設過民眾辦事處，戶籍辦公室，統運煙收購總站和禁菸協會(這兩個機構人員由局署職員及鄉鎮長組成)
設治局在基層初設五區，1933年改為十九鄉鎮，1938年，推行了戶口調查，實行保甲制度，將原土司基層行，保，甲，區，鄉，鎮長，由設治局政組織變革為鄉鎮委任，初步廢除了土司委派的嶽尊，田亢頭。
不過抗戰爆發後，國民政府有關部門接納了土司參與政務活動，龔綬曾任禁菸視察員，滇西邊區自衛軍第二路司令，參議長等。
至於土司的司法，稅賦事務管理權也漸漸向流官政權轉移。
