明代從洪武初期就已建立起以土司為正，流官為佐的流官佐貳制度。
正如《明史·職官制五》所載：“其府州縣正貳熟官，或土或流，則因其俗。”
以達到“使之附輯諸蠻，謹守疆土。修職貢，供徵調，無相攜貳。有相仇殺者，疏上聽命天子”的目的。
使土司受到流官的監督。
根據土司勢力強弱，各地方土長官正副也各有不同，例如，由於貴州離內地較近，土司勢力較弱，中央容易控制，“布政司官屬俱用流官”，貴州少數民族地區府、州、縣的正職基本上由流官把持。
而廣西由於土司制度源遠流長，土司勢力根深蒂固，廣西土司統治的地方又遠離中央，偏居交通不便的南隅，明代丘浚說：“其府州正官，皆以土人為之。而佐貳幕職，參用流官”。
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流官佐貳制度的普遍建立，首先可以有效的保護地方穩定，流官為中央所派，有相當的權利，對上能及時彙報當地土司施政情況，對下可以給予土司必要的監督和控制。
其次為後世大規模的改土歸流奠定了基礎，創造必要的政治認同感。
如正統四年(1439年)，廣西南丹土司上奏朝廷：“臣竊不忍良民受害，願授臣本州土司知府。流官總理府事，而臣專備蠻戝，務擒捕真絕積年為害者。”
清代土司的職銜仍分文武兩種，文職隸於吏部，武職隸於兵部，西北一些土司則隸於理藩院，當然也歸所在的督撫、將軍、大臣管理監督。
職銜與明代相比，變化甚小，土知府降為從四品；土副長官升為正七品，其它職銜品級完全一樣。
但是清代是土司制度的衰落期，清朝從以下方面入手，調整土司制度，使其勢力逐漸削弱。
第一，實行“推恩法”。
明代已經採取推恩的辦法，把土司的管理地區析地給其子孫，到了清代，正式確立推恩辦法，由中央政府相關部門按原土司職銜降兩級給予號紙，分管不得超過原土司轄地的三分之一。
析地分管地方之支庶如果有子孫又要析地分管地方的，其分管地方的大小亦如前例，其職銜按原分管之職銜再降一等授予。
土地的多寡是土司賴以安家立命的根本，控制、管理的區域縮小，導致生存的經濟基礎日趨薄弱，使土屬地的土司影響力大大降低。
第二，提升流官吏目地位，制約土司的行政權。
雍正時期17231735年），鄂爾泰在《分別流土考成疏》裡說，流官吏目“職分卑微，無印信可行，無書役可遣，土司意中倘有輕忽之念，則未肯遵其約束”，因“酌土司之大小”，“將微員改設，重其職守，使流土相適”。
中央採納了他的建議，在各土屬地因地方不同而設有流官州同從六品）、流官州判從七品）、流官吏目從九品）和流官典史未入流），統稱為流官佐雜。
流官佐雜職責在於“稽查彈壓”土屬地方，並對地方上的失察事件也要負有責任。
流官佐雜銜職和品級的提高，意味著土司地位的下降。
第三，實行流官承審制度。
規定重要的命盜案件由規定的流州或是流縣長官來審判和處理，並逐漸加強承審官員的權力和職責。
諸承審官員除負責審理命盜案外，還要負責督查各有關土州、土縣的諸種事宜，這項政策的實行，不僅剝奪了土司對自己轄境內命盜案的司法權，還使土司受到流官知府、流官佐雜和承審流官的雙重監督，進一步加強了中央對土屬地區的控制權。
第四，清朝對土司賴以直接統治人民的土目、幕僚，聘用前進行考察，著重核實人品是否端正，品行是否優良。
清朝這種辦法其目的是為了讓土目頭人恪盡職守、幕僚遵紀守法，有效的防止這些人“遇事生風聚眾挾持”，使土司無法利用這些爪牙從事非法活動，從而達到削弱土司對統治區域的統治權，以鞏固清朝對土屬地方的統治。
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