在土司統治的地區，土司佔有絕大多數的耕地、山林、水源，土民只有零星而少量的土地，無地或少地的土民，在經濟上被迫依附於土官，成為土地的附屬物，形成土司對土民的人身佔有關係，而且，這種“主僕之分，百世不移”，嚴重地阻礙了封建經濟的發展
據《戶部則例》卷四載貴州“興義、普安一帶客民，有置當苗民全莊田土者，所招佃戶，多系漢人。”
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說明地主經濟已在貴州西南部地區出現和發展，它必將衝擊土司制度下經濟基礎的崩潰，由領主制向封建地主制變革。
在政治上土司享有各種特權，擁有軍隊、監獄和制定各種成文的或不成文的法令，以實現土司和頭人的意志，壓迫剝削土民，目無朝廷國法。
雍正二年(1724年)五月，諭令四川、陝西、湖廣、廣東、廣西、雲南、貴州等省督撫提鎮“朕聞各處土司，鮮知法紀，所屬土民，每年科派，較之有司徵收正供，不啻倍蓰，甚至取其牛馬，奪其子女，生殺任情，土民受其魚肉，敢怒而不敢言。”
藍鼎元在《論邊省苗蠻事宜書》中寫道“愚聞黔省土司，一年四小派，三年一大派，小派計錢，大派計兩。土民歲輸土徭，較漢民丁糧加多十倍。土司一日為子娶婦，則土民三載不敢婚姻。土民一人犯罪，土司縛而殺之，其被殺者之族，尚當銀以奉土司，六十兩、四十兩不等，最下亦二十四兩，名曰玷刀銀。種種朘削，無可告訴。”
可是有些土司依舊並不滿足對轄區內的剝削，而且還恃強掠奪轄區外的土地、人畜，因而土司之間戰爭也相當頻繁。
有的甚至經年不懈，世代為仇。
如廣西西隆州古隆地方土司王尚義等與貴州普安州捧酢地方的土司阿九等常年爭奪烏舍、歪染、壩犁、魯磉等寨，雍正二年(1724年)告到官府，因事涉兩省相互推諉，直到雍正四年仍未審理，兩方一直爭鬥不休。
土司與各級地方政府之間也是矛盾重重。
土司承襲需要州縣官轉呈，有的地方官就藉機敲榨，多方刁難，或無端欺壓，釀成仇殺。
有的土司向州縣官送禮，若被上司知道，州縣官則反誣土司行賄鑽營，若不送禮，“則加以傲抗之名，摭拾小事，申報上司”，使土司左右為難。
土司和地方官之間的矛盾，有時又進而引起相互挑動漢民與土民之間的矛盾，同時又加劇了漢民與土官，和土民與地方流官之間的矛盾，成為製造民族紛爭或事件的肇端。
其次，是貴州廣大的“苗疆”，尚未直接納入流官的統治，因地方官吏的壓迫，或統治階級製造的“苗患”，也成為雍正時期在貴州進行改土歸流，開拓“新疆”的緣由。
如藍鼎元《論邊省苗蠻事宜書》稱“楚蜀兩粵滇黔之間，土民雜處，曰苗曰徭曰僮曰仡佬，皆苗蠻之種類也。其深藏山谷不籍有司者為“生苗”，附近郡邑輸納丁糧者為“熟苗”。
熟苗與良民無異，但亦畏漢民，而尤懼官長。
但土民之頑順，惟視土司，土司多冥頑不法，坐縱其行兇殺奪，而因以為利，即使事蹟敗露，大吏督責，無參罰處分之加乎其身，是以無所忌憚，而敢於無所不為也。”
因此，藍鼎元向清廷建議實行“削土”之法“可令土司畏懼。”其具體則例是“照所犯輕重，削奪村落裡數，以當罰俸降級。所犯重大至革職者，相其遠近強弱，可以改土為流。即將土地、人民歸州縣官管轄，勿許承襲。並土民有不甘受土司毒虐，願呈改土籍為漢民者，亦順民情，改歸州縣。其深山窮谷，流官威法所不及之處，則將所削之土，分立本人子弟為眾土司，使其地小勢分，事權不一，而不能為害。將來教化日深，皆可漸為漢民。至山中生苗，責成附近土司，招來響化，一體恩撫。如此數年之間，生苗可化為熟苗，熟苗可化為良善，而悉為衣冠禮義，戶口貢賦之區。”
藍鼎元的“削土”之法，實際是實行改土歸流的舉措，他提出“化生苗為熟苗，化熟苗為良善”、並將“苗蠻”地區悉歸流官管轄，“悉為衣冠禮義，戶口貢賦之區”的主張，正是總結了早在康熙年間，黎平府所屬的平鰲、文鬥、苗光、苗餒等寨“生苗”內附，皆納糧附籍的實踐經驗而建議的。
雍正四年(1726年)，鄂爾泰上奏朝廷的《改土歸流疏》，公開主張實行大規模的改土歸流。
並且開宗明義的指出改土歸流的目的，就是“剪除夷官，清查田土，以增租賦，以靖地方”。
所謂“剪除夷官”就是要革除不法土司，而廢革土司的目的又在於“治夷”。
因為“竊以苗倮逞兇，皆由土司，土司肆虐，並無官法”。“此邊疆大害，必當剪除者也”。
“統計滇黔，必以此為第一要務”。
所謂“清查田土，以增租賦”，就是要把土官管轄下的人民土地，改歸州縣流官直接管轄，清查田畝，報畝升科，把土司佔有的土地收歸國有，把被土司侵吞的賦稅納入國庫，這才是改土歸流的根本目的。
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