1862年同治元年），清政府認識到國子監“專課文藝，無裨實學”，下令“兼課論、策”，“獎勵留心時務者”。
1871年同治十年），下令考取生員的童試加試算學;1895年光緒廿一年），又下令加試時務，與算學任選一門。
在戊戌維新運動中，廢除八股是維新派的一項基本主張。
百日維新中光緒帝釋出上諭，指出八股文不能“勵實學而拔真才”，下令“自下科為始，鄉會試及生童歲科各試，向用《四書》文者，一律改試策論”。
不久，又根據張之洞、陳寶箴的建議釋出上諭，詳細規定了考試改革的具體內容“鄉會試仍定為三場。第一場試中國史事、國朝政治論五道;第二場試時務策五道，專問五洲各國之政、專門之藝;第三場試《四書》義兩篇，《五經》義一篇。”
又規定“嗣後一切考試，均以講求實學實政為主，不得憑楷法之優劣為高下，以勵碩學而黜浮華。”
然而不久戊戌政變發生，慈禧下令廢除各項新政，上述有關科舉考試內容的改革也被廢除。
八國聯軍之役後，清政府開始實行“新政”，最初計劃對科舉制度進行所謂“變通”，但很快就決定徹底廢除。
其大致過程是1901年，宣佈廢除武科科舉考試;同年，下詔舉行經濟特科。
1903年，經中央和地方官員保舉，選拔“志慮忠純，規模閎遠，學問淹通，洞達中外時務者”186人，在皇宮保和殿舉行了經濟特科考試。
這次考試主試、複試各一場，考試內容為論一篇、策一道;現任官員取中者略予升敘，舉人貢生取中者任用為知縣、州佐等官。
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對於文科常科考試，清政府於1901年8月頒佈上諭，命自第二年起在鄉試會試中廢止八股文，首場改試中國政治史事論五篇，第二場改試各國政治藝學策五道，第三場改試《四書》義二篇，《五經》義一篇;其他考試均依此例。
1903年3月，袁世凱、張之洞聯銜上奏，說科舉阻礙新教育制度的實行，請求將科舉中額按年遞減。
據此，清政府下令自丙午1906年）科起，每科遞減鄉會試中額三分之一，三科減盡。
至1905年9月，袁世凱、張之洞又上奏說“科舉一日不廢，士人皆有僥倖得第之心……學堂決無大興之望”，請求從次年丙午科開始，將所有鄉會試、各省歲考、科考一律停止。
這一建議得到清政府的批准，於是實行一千數百年的科舉制度至此被徹底廢除。
原來作為科舉制度一部分的各種官學和書院，也先後被廢除。
1901年9月，清政府令“各省所有書院，於省城均改設大學堂，各府及直隸州均改設中學堂，各州縣均改設小學堂”。
1905年又下令裁撤國子監，設立學部主管全國教育行政，原來隸屬於國子監的算學改隸欽天監，稱欽天監算學，八旗官學也被併入新學堂。
可以看到，有清一代，不斷有人對當時實行的科舉制度提出批評，至清末維新變法，人們對於它的抨擊更是尖銳。
從今天的觀點看，清代科舉制度可以說存在以下弊病
其一，考試內容陳舊，引導知識分子窮畢生精力從事無用之學。
清代科舉考試內容以《四書》為主，即使在當時也存在空疏無用的弊端。
清末維新派曾批評說，有人甚至中了進士都不知道漢武帝、范仲淹是誰。
在這種考試製度下，士子往往以畢生精力讀經，而對各種有裨實用的知識無心關注，無暇學習。
顧炎武曾說明代士子平日只讀八股文稿，其他書籍一概不讀，“有一好學者欲通旁經而涉古書，則父師交相譙呵”，認為沒有出息。許多士子皓首窮經，最終老死科場。
到了列強環伺，近代自然科學和社會科學日新月異的19世紀末20世紀初，科舉制度下的學習內容就更加顯得陳舊，更加不能適應時代的要求。
其二，士人受到嚴酷的精神摧殘，人格破損萎縮。
在清代科舉制度下，讀書、參試、做官是士人謀求社會地位、經濟收入的惟一途徑，因此，在各級考試中中式幾乎成為他們的第二生命。
為此，科舉士人往往數十年寒窗，皓首窮經，付出畢生的心血精力以求取功名，但最終金榜題名者少，名落孫山者多，許多人老死科場。
乾隆四十九年會試，在參試的舉人中有年屆90歲者一人，80歲以上者20人，70歲以上者5人，結果沒有一人中式。
在年復一年的各級考試中，士子須忍受各種凌辱、辛苦和精神折磨。
參考士子入場須經過搜身，考場中要忍飢受凍;出場後提心吊膽，坐臥不安;及到榜發，中式者甚至如《儒林外史》中的范進，欣喜而至於痴迷癲狂，名落孫山者則沮喪頹廢，失魂落魄，痛不欲生。
其三，使得士人成為一個寄生階層、特權階層和封建政權的附屬物。
