一個月間，方原的玄甲軍駐紮在雞籠城，既不劫掠也不擾民，糧食也是一船一船從泉州港運輸而來。
玄甲軍的軍紀比之前的西班牙人，尼德蘭人要好上百倍，之前本還是驚慌躲避的城中商人，百姓，還有原住民經過半個月的瞭解，也漸漸的放了心，願意與方原做買賣交易。
方原拿出的是真金白銀，買賣本地人的糧食以解決軍需的不足。因能在本地得到補充，頭疼的軍糧問題是逐漸緩解。
馮廷在雞籠城裡一共搜出了八萬兩沒來得及運走的銀子，火藥、鉛彈等軍需物資不計其數。之前尼德蘭人撤走前，先搬走的是值錢的金銀，各類獸皮，將搬不走的火藥、鉛彈全留在了雞籠城。
這是正中方原的下懷，令馮廷去試驗一下這些火藥、鉛彈，大部分還是能用，這下就解決了玄甲軍的軍備物資的問題。
鄭森曾派使者從海路北上前來接管淡水、雞籠二城，也向位於西北沿海的淡水城開出了投降條件，就是責令尼德蘭人無條件離開，交出淡水城。
恰逢方原的使者也到了淡水城，開出的投降條件和雞籠城的一樣，每人領五十兩銀子，然後送回泉州港。
淡水城的尼德蘭駐紮權衡了雙方的條件，投降了鄭森是雙手空空，而投降方原有銀子拿。這些軍士又不是傻子，當然知道取捨，直接將鄭家派來的使者押送到方原的軍營，向方原投了降。
鄭森得到這個軍情，本想趁著方原立足不穩，派劉國軒的澎湖水師北上，切斷方原的後援路線。但澎湖方向卻傳來緊急軍情，施琅的龐大艦隊已抵達金門港口，放棄了金門島不打，準備直接攻打澎湖島。
施琅的水師大軍壓境劉國軒的澎湖水師被壓制得動彈不得，哪裡還敢北上去和方原的艦隊決戰？
鄭森摸不清方原在臺北的艦隊數量，還以為方原這一路乃是虛應故事，孤注一擲的派出僅存留守臺灣本島的五十艘戰艦北上攻打淡水、雞籠二港的港口，企圖切斷方原的海上補給線，徹底將方原登陸的軍士困死在島上。
鄭軍五十艘戰艦組成的艦隊立刻北上，在攻打淡水城時，施福率領駐紮在雞籠城的水師從側翼襲擊了這支水師艦隊。雙方艦隊的噸位根本不在一個數量級上，鄭軍水師一戰而潰，被擊沉了三十八艘。僅存的十艘戰艦嚇得扭頭就逃，回臺灣城去向鄭森彙報。
鄭森得到水師戰敗的訊息，一聽方原登陸臺北的水師至少有一，兩百艘之多，而且還沒有那支可怕的火炮母艦編隊，不由得深吸口冷氣。他這才深深的意識到，玄甲軍水師的強大，足以南北兩線開戰，而鄭軍眼下的水師單是應付一線已是捉衿見肘。
這種國力上的懸殊，令他生出些些的畏懼之心，或許被困死在島上的，不是方原，而正是他這支殘餘的鄭軍。
鄭森不愧是一代梟雄，在經過短暫的震懾之後，立刻將恐懼拋在腦後，作出了本島防禦的戰略部署。
單憑鄭軍是無論如何也不可能擊退方原登陸的玄甲軍南下的，唯一求生的法子，就是發動島上的原住民並肩作戰，共同抵禦方原入侵。
鄭森召來了臺南已表示歸順，在臺中、臺東勢力最強大的阿美、排灣二族首領，在臺灣城舉行了軍事會議。
他先是利用原住民對外來勢力的一無所知，連恐嚇帶嚇唬的向二族首領告知一支比佛朗機紅毛更可怕的侵略者已在臺北登陸。這支侵略者會殺盡所有島上的原住民，將漢人遷來本島。
二族族長嚇得是面無血色，佛朗機紅毛的戰力已令他們望而生畏，只敢躲在高山裡，靠著買賣硫磺、獸皮為生。若再來一支比佛朗機紅毛更可怕的侵略者，還打著殺死原住民的口號，這日子還怎麼過？
鄭森見嚇唬住這些沒什麼見識的原住民，沉聲說，“這支侵略者乃是我們共同的敵人，我可以和你們並肩作戰，將他們趕出臺灣島。”
二族族長也不是傻子，對他們來說，誰來統治他們也是在大山裡，大不了繼續往大山深處逃跑，誰還會追到了無人煙的深山老林來殺死他們？
鄭森看出了二族族長的猶豫，又仿效方原之前在福建玩的那一招空手套白狼，向二族族長承諾說，“臺灣初定，若我們能共同趕走侵略者，我會將屏東平原的沃野分封給你二族。你們二族族人戰後便可走出高山，在平原生活。”
這個條件對二族族長算是相當的誘人，能在富庶的平原生存，誰願意去鑽蛇蟲鼠蟻出沒的深山老林？何況阿美族的人口有九萬，而排灣族人口有七萬，深山的漁獵生活已不足以支撐二族龐大的人口，所以之前時常為了山林的獵場，還有東部沿海的漁場，與泰雅等族發生戰爭，死傷無數。
唯一能解決二族族人生計的法子，就是告別物資缺乏的高山，搬到肥沃的平原，採用農耕民族的生活方式。之前無論是漢人統治，還是佛朗機紅毛，二族都沒能撈到半點平原的土地。
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眼下鄭森開出的這個條件，可說是正中二族下懷，便應允了與鄭森聯軍抵禦侵略者的方案。
既然阿美、排灣二族願意並肩作戰，鄭森就可以將防線佈置在臺中的山林之間，狙擊方原。
鄭森派出之前從福建跟隨他到此的蠻族僱傭軍北上，和阿美、排灣二族參戰的軍士在臺中的山林間佈防，務必狙擊方原南下的大軍進入無險可守的臺南平原。
臺中的這一條防線可說是臺灣城最後的屏障，一旦這一條防線被突破，方原的玄甲軍進入臺南平原，一日之間便能抵達鄭家軍政中心臺灣城下。以玄甲軍火炮的強大威力，區區一個臺灣城絕扛不住多久，便萬事皆休。
鄭森召來了蠻族僱傭軍的頭領盤狄，捉著他手兒，嘆聲說道，“臺中盆地乃是臺南平原最後一道防線，萬萬不能有失，鄭家一門的興衰就全交到你手中了。”
他令屬下抬出了一大箱銀子，交到盤狄面前，“鄭家僅存的二十萬兩銀子，這裡是五萬兩銀子，給你了吧！”
盤姓本是畲族四大姓之一，自盤氏一族的青壯跟隨鄭森逃亡之後，福建官府已將福建境內盤氏族裡的老弱病殘，還有女子盡數逮捕，交由其他三姓來瓜分、統治。
盤狄半跪在地，揮著畲刀直接切下了左手的小指，頓時血流如注。
盤狄強忍著斷指的劇烈疼痛，向鄭森盟誓道，“我盤氏已無家可歸，今次一戰，一萬盤族的勇士誓與鄭總兵共存亡！”
鄭森躬身與他行禮，連忙令醫士給他包紮。
待包紮之後，鄭森又交代說，“之前攻滅臺南幾個不馴服的小族，族裡的兩千女子已被盡數關在臺灣城。三日後兄弟們再出徵臺中，這兩日間，兄弟們先快活快活吧！”
鄭森此舉就是用這些被滅族的原住民女人給即將出徵的盤氏一萬青壯勞軍壯行了。
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