方原在福州城逗留了一個月，直到赤古臺的軍報傳來，徹底擊潰了鄭森的三、四鄭軍，鄭森已率軍逃亡出海後，才真正的鬆了口氣。
徹底擊潰鄭森，意味著玄甲軍終於能從福建撤軍回南直隸救援。
方原立刻任命步戰營副統領馮廷為福建總兵，總管福建的軍務，福建衛所投降了三萬軍士，方原再派駐一萬玄甲軍步戰營軍士，一同留守福建。
而施琅的艦隊，施琅本人率火炮母艦編隊暫時駐守在鎮海衛，一面監控金門、臺灣方向的動向，一面練兵備戰，做好收復臺灣的準備。與此同時，調派一艘鉅艦，五十艘福船，三十艘中型快船北上，回援南直隸。
納吉的兩、三山地特種營，還有出征的玄甲軍士，方原如數的兌現了戰前的承諾，分發了十萬畝良田作為獎賞。
餘下的五十萬畝，其中二十萬畝作為玄甲軍獎勵的軍田，還有二十萬畝則作為福建應急儲備的官田。這些軍田、官田，方原令馮廷派駐三千玄甲軍士守衛。
山地特種營經過實戰檢驗，確實是一支吃苦耐勞的勁旅，方原這次出征福建使用非常的順手，想著將來或許還能派上大用場，便與納吉商議，徵用其中兩萬精壯回南直隸，待遇比同玄甲軍士。
玄甲軍軍士的待遇十分豐厚，還有軍田獎勵分配，納吉所率的畲人、獠人哪裡會不應允？爽快的答應了方原的提議。
方原便將山地特種營納入玄甲軍步戰營的編制，納吉也升任為步戰營副統領，歸到步戰營統領甘輝的麾下。
佈置妥當一切，方原才率領六萬五千玄甲軍士，連同兩萬山地特種營軍士，班師回援南直隸。
方原掛心坤興公主的安危，實行了三段撤離的方案其一，方原，赤古臺率六千玄甲鐵騎星夜兼程的趕回;其二，甘輝率步戰營軍士，山地特種營隨後，沿途軍糧補給由當地州府補充;其三，侯承祖率後勤營帶民夫，軍糧撤回，沿途償還各州府之前支付的軍糧。
方原全力回援南直隸的同時，南直隸各方戰場也在惡戰不止。
南京城方向，採石磯遭到金聲桓所率十萬左軍，四百艘戰艦的猛攻，堅持了一個月，終於失陷，五千玄甲軍士，還有五千組織的精壯，戰死七千餘，餘下的三千軍士撤回南京城，繼續駐守。
南京城告急，景傑立刻調派京口碼頭的五千玄甲軍士立刻回援南京城死守。他又抽調了施福的主力戰艦，九十艘戰艦順長江而上，攻打左軍的水師，爭取切斷左軍的補給，替南京城減壓。
施福的水師與左軍的長江水師大戰三場，終於擊潰左軍的長江水軍一百三十艘，左軍的水師潰退到九江駐守。
金聲桓的五萬左軍剛剛攻陷採石磯，就被切斷了水路的支援，只能四下出兵，在南京的諸縣劫掠，補充軍糧。待五千玄甲軍士進入南京城後，金聲桓的主力才搶購了軍糧，推進到南京城下，開始攻城。
主政南京城的朱慈炤平日裡是目空一切，臨戰卻嚇得躲在皇宮裡不敢出門，連軍政會議也不去參加，更不用提前去城牆提振士氣。
高弘圖、姜曰廣等人則採取了隔岸觀火的態度，成日在五軍都督府，六部的議事大堂開會，算是應付差事。
南京城的守衛，全擔在了六千玄甲軍，還有王承恩、劉敬、趙明義等人組織的太監、民間壯丁身上。
金聲桓圍著南京城的十道城門猛攻了一，兩個月，還是沒能拿下南京城。但南京的諸縣已被左軍逐個蠶食，百姓損失慘重。
池州府方向，左夢庚的十萬左軍進入池州府後，分出三萬人將池州府治所西安縣圍了個水洩不通，餘下的七萬人則開始四下出兵，洗劫池州府。
趙全忠的一萬玄甲鐵騎並未死守在徽州府，而是出兵攻進池州府，也不與左軍主力正面交鋒，而是靠著機動性，不斷蠶食外出劫掠的左軍。
兩個月時間，趙全忠與左軍大戰了十三場，皆大獲全勝，斬首一萬三千。玄甲鐵騎的兇猛，左夢庚是無可奈何，只能合兵一處，五、六萬大軍直接向推進徽州府推進，想和趙全忠來個正面決戰。
趙全忠也不去和左夢庚決戰，而是繞道左軍之後，直接攻打西安縣城下的三萬左軍，一擊而潰，三萬左軍直接往左夢庚主力這方潰退。
左夢庚機動力不如玄甲鐵騎，軍糧的補給也跟不上，只能無奈的原地堅守，向左良玉求援。
