方原放走了島津光久，還有不足十個親信的倭兵，餘下的倭兵全當作苦役去清掃戰場。
如今方原已徹底掌控了戰局的主動，開始清點戰果，論功行賞。
施琅先交出了水師的捷報，被俘虜的鄭軍統帥林習山，十餘個鄭軍千戶，還有看押在舟山海軍基地的一萬餘鄭軍。他的叔叔施福，他是想再勸降歸順，並不在獻俘的名單之內。
這次施琅是立下了大功，再多的獎勵也不足以褒獎他的功勞，方原將他提升成玄甲軍副統領，與赤古臺的地位並列，相當於副總兵的職位。
至於施福，還有林習山等人的處治，方原全權委託給了施琅處治。若是施福願歸降，可以用林習山，還有一萬鄭家水師的性命，去換回在福建的施家上千口族人，以免再遭鄭芝龍屠殺。
方原對施家族人的保護，令施琅是感激涕零，急著回了舟山基地，再派人去和鄭家談判，交換俘虜之事。
景傑也報上了陸戰的清點結果，今次玄甲軍傷亡九千二百人，其中步戰營損失最為慘重，達六千一百人；騎兵營損失二千人；水師營損失一千一百人，消耗的糧食、軍備、戰馬、火炮、硝石等摺合銀子二十三萬兩。
而敵方傷亡總數在七萬五千人，被俘虜一萬二千人。其中鄭家陸軍損失三萬七千人，俘虜一萬二千人，連最精銳的五千虎賁近衛也損失了四千，幾乎被打殘；鄭家水師損失戰艦二百二十艘，戰死四千八百人；倭兵損失三萬七千人，俘虜三千人。
玄甲軍一共繳獲了鄭軍水師的軍糧兩萬石，金銀二千兩，火炮八十門，倭刀三萬一千把，倭式的鳥槍八千支。
雙方戰損比達到了1：8左右，玄甲軍雖損失不小，但打出這麼大的戰損比，確實是一場了不起的勝仗。
景傑彙報了戰果後，負責錦衣衛的秦展又彙報說，“老大，這次大戰期間，轄內除了被入侵的蘇州府、松江府，引起了當地百姓的恐慌，並無一起大規模的聚眾鬧事事件。”
方原問道，“那幫官員呢？文人呢？顧炎武的那個光明報呢？”
秦展如實的說道，“那幫官員是各司其職，沒有任何異動，常州、鎮江的王秉鑑還親自召集民夫支援京口碼頭的戰事；蘇州府的陳洪謐也在召集蘇州府百姓前去太倉州支援抵抗倭兵入侵。”
“文人嘛！談的最多就是在蘇州、松江二府被入侵時，指責方總督根本不會打仗瞎指揮，要換他們來，直接放上幾炮，騎兵一衝，倭兵就沒了。”
方原忍俊不禁的笑了笑，這些酸文人喜歡自恃清高，自以為是的打嘴炮全在他的預料之中，但他們談論的是怎麼抵抗外敵，而不是如同浙江一樣希望引狼入室，充分證明了如今的五府，無論官員，還是民間都安心的認可了方原的統治。
方原欣慰的一笑，支撥了秦展，錦衣衛五千兩銀子，算是獎賞。
秦展彙報後，麻林又前來請罪，等候方原的責罰。
麻林丟失了鎮海、金山二衛，但在湖州府以區區兩千人拖住了鄭森的四萬大軍，更取得了湖州大捷，可以說是功過相抵，方原也就稍作訓誡後，令他繼續擔任步戰營統領。
方原還交給麻林一個任務，就是由水師營配合，派人前去河南、湖廣等人招募流離失所的精壯流民、年輕女子十萬人回來安置，用於充實損失慘重的步戰營，還有給玄甲軍士分派配偶。
他還支撥給了麻林五萬兩銀子用作這次流民招募、安置的費用。
方原逐一論功行賞後，景傑站了出來開始請戰出兵浙江，“老大，鄭家現在已遭受重創，再無一戰之力，我軍該趁勝出擊，將鄭軍徹底趕出浙江。”
眾將是群情激奮，紛紛出來請戰，要將鄭軍趕盡殺絕。
方原搖了搖頭，只衝著麻林說道，“麻統領，趙全忠，你二人繼續固守湖州府，我再調撥三千步戰營，三千玄甲鐵騎，和杭州府的鄭森繼續對峙，其餘的各營軍士全回太湖基地休整。”
眾將見他不趁勝追擊，反而收兵，都是面面相覷。
