隨同聶有一同前來伏波廟祭拜的眾人也跟著將水囊倒空，又各自上前灌了些泉水在水囊之中，見天色還早，
聶有便繼續在伏波廟中逛了逛，聶有望著那伏波廟的大殿道：“伏波將軍一生南征北戰，為東漢立下了赫赫戰功，可惜最後還落得個含冤而死的下場，真是造化弄人、命運無常啊！”
光武帝建武十七年，馬援被徵入朝任虎賁中郎將。
維汜曾蠱惑百姓，後被殺）的弟子李廣糾集徒黨，攻下皖城，殺皖侯劉閔，自稱“南嶽大帥”。
朝廷派謁者張宗率兵數千人討伐，又被李廣打敗，於是派出馬援。馬援組織諸郡兵馬一萬餘，擊斬李廣等人。
建武十八年42年），馬援率軍到達浪泊，大破反軍，斬首數千級，降者萬餘人。馬援乘勝進擊，在禁溪一帶數敗徵側，敵眾四散奔逃。
建武十九年43年）正月，馬援斬殺徵側、徵貳，傳首洛陽。朝廷封馬援為新息侯，食邑三千戶。馬援犒賞三軍，大發感慨，三軍將士齊呼萬歲。
接著，馬援率大小樓船兩千多艘，戰士兩萬多人，進擊徵側餘黨都羊等，從無功一直打到巨風，斬俘五千多人，平定了嶺南。
馬援見西於縣轄地遼闊，有三萬二千多戶，邊遠地方離治所一千多里，管理不便，就上書劉秀，請求將西於分成封溪、望海二縣。
馬援每到一處，都組織人力，為郡縣修治城郭，並開渠引水，灌溉田地，便利百姓。
馬援還參照漢代法律，對越律進行了整理，修正了越律與漢律相互矛盾的地方，並向當地人申明，以便約束。
從此之後，當地始終遵行馬援所申法律，所謂“奉行馬將軍故事。”
建武二十年44年），馬援率部凱旋迴京。劉秀賜馬援兵車，朝見時位次九卿。
馬援回到京城一個多月，正值匈奴、烏桓進犯扶風，馬援見三輔地區受到侵掠、皇家陵園不能保全，就自願請求率兵出征，劉秀同意了。
建武二十一年45年），馬援率領三千騎兵出高柳，先後巡行雁門、代郡、上谷等地。烏桓哨兵發現漢軍到來，部眾紛紛散去，馬援無所得而還師。
馬援曾經患病，而梁松前往看望，在床邊向馬援行禮，馬援沒有回禮。
梁松走後，馬援的兒子說：“梁松是陛下的女婿，貴重朝廷，公卿以下莫不害怕，大人為何獨不答禮他？”馬援說：“我是梁松父親的朋友，就算他顯貴，怎能失掉長幼的輩份呢？”梁松因此記恨馬援，這便是馬援太過耿直，方才招致後面的禍事了。
建武二十四年48年），南方武陵郡五溪蠻暴動，武威將軍劉尚前去征剿，冒進深入，結果全軍覆沒。
馬援時年六十二歲，請命南征。劉秀考慮他年事已高，而出征在外，親冒矢石，軍務煩劇，實非易事，沒有答應他的請求。
馬援當面向劉秀請戰，說：“臣還能披甲上馬。”劉秀讓他試試，馬援披甲持兵，飛身上馬，手扶馬鞍，四方顧盼，一時鬚髮飄飄，神采飛揚，真可謂烈士暮年，老當益壯。
劉秀見馬援豪氣不除，雄心未已，很受感動，笑道：“這個老頭好健康啊！”於是派馬援率領中郎將馬武、耿舒、劉匡、孫永等人率四萬人遠征武陵。
出征前，親友來給馬援送行。馬援對老友謁者杜愔說：“我受國家厚恩，年齡緊迫餘日已經不多，時常以不能死於國事而恐懼，現在獲得出征機會，死了也心甘瞑目，害怕的是一些長者家兒或在左右，或參與後事，特別難以調遣，我獨為此耿耿於心啊。”
建武二十五年49年），馬援率部到達臨鄉，蠻兵來攻，馬援迎擊，大敗蠻兵，斬俘兩千餘人，蠻兵逃入竹林中。
