在鑑真東渡之前，日本的醫藥主要掌握在僧侶手裡，沒有專業的醫師，醫療體制混亂落後。鑑真深通醫藥，熟練掌握佛教“五明學”的“醫方明”能治療眾生疾苦的醫學）。他在傳授戒律的同時，還教人們醫藥知識。日本人對有些藥物不能分辨，根據淳仁天皇的旨意，失明的鑑真大師“以鼻別之，一無錯失”。他逐步推動日本建立起自己的醫藥學體系，改變了醫療落後的狀況，日本人稱他為“醫術之祖”。二三百年前，日本藥店的藥袋上都印著鑑真的頭像。日本正倉院至今儲存著唐朝的六十多種中藥材，應該就是由鑑真帶去的。
除此之外，鑑真東渡時還帶去了王羲之、王獻之的書法真品，掀起了皇室學習王右軍書法的風潮，王書逐漸成為書道的主流。著名的唐招提寺的門額字型就是王右軍書體。因此，日本書法的形成和發展也與鑑真有關。
鑑真在日十年，博愛為懷，樂善好施，嚴以律己，遷化引導，教人向善，體現了佛教慈悲濟世、無私奉獻的精神。天平寶字七年公元763年）五月六日，鑑真安排好一切，在自己建造的唐招提寺內圓寂。
二戰後，中日兩國關係陷入低谷，友好往來中斷，形成僵持的困難局面。20世紀60年代，兩國佛教界的高僧大德們藉助鑑真圓寂一千二百週年的大好時機，攜手合作，共同舉辦了轟轟烈烈、規模巨大的紀念活動，有力推動了兩國邦交正常化的程序。20世紀80年代，中日兩國佛教界秉持“為了不忘歷史，傳承中日友誼”的理念，開展了唐招提寺鑑真大師像回國“探親”活動。整個活動歷時一個多月，大師像先後在揚州、北京巡展，直接參觀群眾達到50多萬人。透過此次活動，將中日兩國關係推向了一個新高潮。時任的為此還專門在《人民日報》上發表了《一件具有深遠意義的盛事》的文章，盛讚：“在中日友好往來和文化交流的歷史長河中，鑑真是一位做出了重大貢獻、永遠值得紀念的人物。”
鑑真在唐招提寺內圓寂後，日本經歷了幾百年的太平盛世，到了1180年之後，日本國內政治和經濟形出現了比較混亂的狀況和戰爭態勢。給東大寺帶來了毀滅性災難。
東大寺早年的經濟收入主要來源於天皇施封的五千戶及數國的租稅。隨著收入的大幅度減少，為了補充財源，開始在大和(奈良)、伊賀(三重)、攝津(兵庫、大阪交界處)、山城(京都)、北陸道等地經營莊園。管理、經營大伽藍、莊園及物資運輸都缺幫手，故而新增了許多僧人，被稱為眾徒、大眾(後稱僧兵)，並形成集團，在社會上勢力很大。平安末期，東大寺與權力巨大的平家一門在經營莊園方面不斷產生摩擦。
治承四年(1180)，源賴政奉命舉兵，興福寺、東大寺眾徒與三井寺的眾徒聯手抗擊，終被擊敗，東大寺大半毀於兵火，盧舍那大佛因大佛殿燒燬而大損。
戰國時代的永祿十年(公元1567年)，發生三好、松永之亂，大佛殿再次被燒燬，盧舍那佛的頭部、左手被燒落，上半身及蓮華寶座受損嚴重。
由於東大寺各地莊園已歸武士所有，堺(在大坂附近)和兵庫港的關稅也不能徵收，經濟陷入危機。
直至江戶時代中期，盧舍那佛百餘年間仍裸露在外，遭受風雨的侵蝕。在公慶上人奔走之下，元祿五年(公元1692年)大佛修復完工，舉行了開眼供養大法會。法會規模宏大，並與萬僧供養法會同時進行，持續達一月之久。當時參加的僧眾二十餘萬人，結緣之人更是不計其數。寶永六年(1709)舉行大佛殿落成法會。其後大佛殿雖經過明治、昭和時代的大修，規模趨小，但它仍是世界上最大的木結構建築。
東大寺的建築名勝以大佛殿(金堂)為中心。在中門與南大門之間有東、西七重塔;北有講堂、三面僧房、食堂，西有戒壇院，西北是正倉院、轉害門;東側有二月堂、羂索院(法華堂)、開山堂等。寺域廣闊，規模宏大。
在奈良時代的日本，《華嚴經》廣受尊崇。除知識寺內有盧舍那大佛外，大安寺內也有依據《華嚴經》而作的數幅畫像。天平十二年(公元740年)，大安寺新羅僧審祥受邀到金鐘寺宣講六十卷本《華嚴經》達三年之久。金鐘寺是華嚴寺的前身，是日本最早宣講《華嚴經》的寺院。
金鐘寺是神龜五年(公元728年)為紀念未滿週歲即夭折的皇太子基親王而建。當時這座寺裡常住僧僅9人，進行《華嚴經》講座等教理研究，還舉行十一面觀音、千手觀音等古密教信仰活動。天平十七年(公元745年)始建大佛，金鐘寺被納入東大寺大伽藍。
羂索堂的本尊與十一面觀音、千手觀音一樣，同屬於密教的變化觀音，從這一點上，可以看出繼承了金鐘寺時代以來的傳統。羂索堂及羂索院之名，均緣於本尊。所以在這裡進行宗教活動的人被稱為“羂索堂眾“，這種獨特的稱呼保持了相當長的時期。每年在位於法華堂北側舉行的修二會(取水節)，是以十一面觀音為本尊，懺悔罪障，祈求天下太平、五穀豐登的法會。據最新的研究結果表明，它並不是國家明令進行的法會，而是以實忠和尚為首的羂索堂眾表達信仰的一種方式。由於每年舊曆三月在羂索堂舉行“法華會“，所以法華堂又稱三月堂。
二月堂之名緣於舊曆二月舉行的修二會。二月堂東北相傳有由行基菩薩(公元668749年，奈良時代高僧，致力於民間弘教及社會福利事業)建立的天地院，吉祥堂、如法院、千手堂點綴左右。
法華堂作為華嚴宗的根本道場，是東大寺諸堂中非常重要的殿宇。時至今日，東大寺在選拔學僧時，仍在這裡進行“豎義研學“(口試)儀式。二月堂是有名的觀音道場，不僅修二會期間，而且一年四季香客不斷。這些傳統都始於金鐘寺時代。
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