十日後，徵臺軍登陸臺灣，戰事總體較為順利，只在臺灣府城、淡水廳兩地發生了相對激烈的戰鬥。
臺灣府城位於今之臺灣省臺南市，是臺灣府的府城，也是臺灣道道臺、臺灣府知府、臺灣鎮總兵的駐地。
一城駐有一道臺、一知府、一總兵，自然是臺灣清軍的防禦重點。清軍在此駐紮了四千人馬，然則疲弱不堪。
臺灣鎮總兵是個旗人，不願投降革命軍，故奮不顧身，作戰頗為勇猛。府城靠近大海，全靠炮臺防禦。
革命軍派戰艦逼近府城，利用大炮轟擊城牆。又派出三千登陸兵，在府城南翼登陸。清軍在城外略作抵抗，即收縮防線，退回城內。
戰至第三天，革命軍掃清府城外圍障礙，架設雲梯突入城內，攻破臺灣府城。
府城一破，總兵戰死，道臺投降，清軍頓失憑恃，群龍無首，再也不能形成有力的抵抗。
不久之後，楊國瑞率徵臺軍司令部進駐府城，在此佈告四方，宣佈成立臺灣軍政府。
臺南的局勢迅速穩定下來，徵臺軍隨即北上，掃蕩臺灣西海岸，嘉義、彰化等重鎮皆望風而降。走到淡水廳，遭遇到一股強有力的抵抗。
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淡水廳初設於1723年，掌管臺灣中部以北區域。廳治本設立於臺灣中部的彰化。1756年，，淡水廳官署移至竹塹今新竹）。自此之後，竹塹城成為北臺灣政經文化教育的中心。
淡水廳有一個名叫姓陳的大地主，坐擁土地上千頃。他仇恨革命軍，害怕革命軍沒收他的土地，糾集了兩千名團練，號稱“虎頭軍”，試圖阻擋革命軍進佔淡水。
“虎頭軍”取的是“猛虎吞羊”的意思。因為革命軍為楊烜所創，楊為“羊”，虎能吃羊。
然而，姓陳的自知“虎頭軍”徒有其名，又招募了三百名“熟番”、兩百名“化番”，湊成了一支兩千五百人的隊伍。
清朝統治臺灣，將臺灣島上的原住民分為熟番、生番和化番。
所謂熟番，是指漢化程度比較高的原住民，多居住在平原地區，從事農業耕種。生番則是漢化程度比較低的原住民，多居住在山區，靠狩獵採集維持生計。化番則介於生番與熟番之間。
原住民開化程度不高，卻熟悉地形，勇武剽悍。歷史上，日本殖民臺灣五十年，高山族原住民時常起義，給日本殖民者以沉重的打擊。以霧社起義為原型的電影《賽德克.巴萊》，極為形象地表現出了臺灣原住民的風采。
徵臺軍從臺南至淡水廳，一路無往不勝，清軍皆望風而降。逼近淡水廳時，有人說淡水的“虎頭軍”頗具聲勢，需要多加防備。
先鋒由副團長王玉寶率領，聽聞“虎頭軍”的故事，不禁嗤之以鼻，笑道：
“老子從小就是土司兵。第一次東征戰役時，老子是新兵蛋子，連長給我佩的是長矛。老子不服，深入敵後，搶下了四杆火槍。
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“徵越戰役時，老子做連長，帶領全連充當全師的尖刀連，才進入越南就遭遇象兵。越南人的戰象，站起來就像一座小山似的，老子照樣打趴了戰象，也給手下兄弟們弄了好些象肉。
“他孃的，那象肉又老又柴，嚼起來就像木頭一樣。要是牙口不好，真吃不下這越南象肉……
“老子稱自己為‘虎頭軍’，還差不多。淡水廳那個姓陳的地主算什麼東西，有幾桿槍，拉了一群佃農，就敢稱虎頭軍了？
“……”
王玉寶仍和以前一樣，執意要帶部隊，雖是副團長，其實兼任步兵營營長。他喜歡說大話，經歷的事情又多，吹起牛來有根有據，令手下崇拜不已。
主將如此，部下也就放鬆了戒備，沒把“虎頭軍”當回事。走到一處小道，斥候發現了虎頭軍的旗幟。尖刀排急於爭功，衝到虎頭軍跟前。
虎頭軍一觸即潰，丟下許多軍資給養，有戰馬、大米、蔗糖、魚乾等。尖刀排不知是計，放鬆了戒備，一窩蜂撲上去搶奪軍資。
誰知道，幾十個番兵已經潛伏在附近幾十米遠的樹叢中。突然一聲唿哨，番兵跳了出來。他們赤身跣足，臉上、胸口皆有文身，或持毒箭，或持土槍，向尖刀排發起了突然襲擊。看書喇
尖刀排猝不及防，來不及反擊，就被番兵一一撂倒。番兵習俗野蠻，以取人首級為功勞多寡，生番甚至還有食人的習俗。
這群番兵隨手持有斧頭，先斬掉尖刀排的首級，再搶下尖刀排的步槍，然後迅速逃入樹叢。
