順慶府劃歸御營行營，行營左協駐重慶，右協駐順慶。
王應熊被迫請辭，這三天，王應熊和樊一蘅也早被查出跟此次譁變有關聯，人證物證都有，難逃其咎。
兩人請辭，將一同前往南京面聖，這也是文安之給他們留些情面，否則直接鎖拿入京。
如此一來。
四川總督和雲南總督皆空缺。
文安之直接讓範文光為貴州總督兼巡撫。
讓張岱為四川總督兼巡撫，李乾德為雲南總督兼巡撫。
表奏朝廷以監軍詹天顏為四川巡按，楊喬然仍為雲南巡按。
貴督範文光、滇督李乾德各選兵士三千，充督標，命他們率標營返回本省，不再留在四川。
兩位巡按各隨本督同返。
張岱代四川總督兼巡撫後，標兵也為三千，由四川提督秦翼明、偏沅提督袁宗第各率本部三千，協助一同西進，收取成都。
文安之經略標營五千，秦良玉總統標營五千，加上御營川貴行營擴編至八千，駐防順慶、重慶、夔州。
松潘總兵率本部三千省營回松潘駐防，建昌總兵曹勳率三千本部回建昌駐防。
忠勇鎮總兵馬萬年，率本鎮石柱白桿兵三千，移駐遵義。
地圖上，文安之將整編後的各鎮重新部署。
第一集團，是文安之和秦良玉兩人的標營加上御營行營八千，一萬八千兵馬，駐防在順慶重慶夔州這一線，主力仍駐鳳凰山，既防止張獻忠往川東走，突防去湖廣，也做好隨時加入漢中大戰的準備。
可攻可守。
第二集團，由川督張岱，與四川提督秦翼明和偏沅提督袁宗第二將，聯兵九千，前往收復已經被張獻忠譭棄的成都。
剩下的第三集團，就是剩下的四川三鎮總兵，合計九千，松潘鎮、建昌鎮和忠勇鎮，他們分別回自己駐地松潘、建昌和遵義，任務就是清剿境內的流賊土匪，安定治安，恢復民生。
這三路人馬中，唯有袁宗第的三千人是客軍，其餘的都已經是四川省內兵馬。
總共也只剩下三萬六千兵馬而已。
雲南和貴州總督各三千標營，然後皮熊這個提督還有三千，九千人回到自己省內。
相比起不久前，這各路人馬紛紛雜雜號稱幾十萬，實際也有十幾萬的情況，這一下子砍的很兇。
但文安之態度堅決。
兵再多沒訓練沒裝備沒錢糧都是虛的。
必須得精兵化才行。
如果這些兵整合好了，有三萬六千，那也足夠守衛四川了。
再配上一萬三的輔兵，加起來也有近五萬人馬。
為了加強部隊戰鬥力，不僅精兵，而且規定所有各部營伍編制都得統一。
以營為基礎單位，步營五百人為一營，一營分前後左右四哨，再加上營官親兵六隊，每哨下轄八隊，其中鳥槍隊兩隊，刀矛隊四隊，重火槍隊兩隊（沒有就暫為弓箭兩隊），每隊十二人。
每隊里正勇十人，隊長一人，另配一個火兵。
每哨哨長有親兵一小隊，七人，護勇一人，正勇五人，火兵一人。
營官親兵隊下轄六隊，刀矛隊三隊，鳥槍隊二隊，火炮一隊。
全營官兵五百人整，另外配一百八十人輔兵，完全向御營標準靠齊。
軍餉標準則比御營低一檔，士兵分上中下和上輔、下輔共戰輔五等，上等兵日薪一錢三，中等兵一錢二，下等兵一錢，上輔兵日薪九分，下輔兵日薪八分。
