七月，曹操回到許都。
荀彧問曹操：“之前您料定一定會打敗敵軍，這是為什麼？”
曹操回答：“敵人阻止我回歸的部隊，與我軍死地戰，我由此而知一定會勝利。”
九月，曹操東征徐州，進攻久與他為敵的呂布。
十月，曹操破彭城，擒獲呂布的彭城相侯諧。
曹操進軍下邳，呂布親自率騎兵逆擊，曹操大破呂布，擒獲他的部將成廉，並追擊到下邳城下。
呂布欲圖投降，陳宮等人勸阻呂布，又勸呂布出戰，呂布再次戰敗，退回城內固守。
曹操用荀攸、郭嘉之計，決泗、沂之水灌城。
十二月，呂布部將魏續、宋憲等生擒陳宮，歸降曹操。
呂布見大勢已去，下城投降。
曹操將呂布、陳宮、高順等人處死，收降呂布部將張遼以及泰山豪傑臧霸、孫觀等人，初步控制了徐州。
曹操將青、徐二州委託給臧霸等泰山諸將。
當初，曹操統領兗州時，任命東平人畢諶為別駕。
後來張邈叛亂，劫走畢諶的母親、弟弟、妻小，曹操放任畢諶離去，對他說：“你的老母親在張邈那裡，你可以離開。”
畢諶叩頭表示不會懷有二心，曹操十分讚賞他，並感動地流下了眼淚。
但是畢諶出去後，還是選擇逃到張邈那裡。
呂布敗亡後，曹操生擒畢諶，眾人為他擔心。
曹操說：“作為人能孝順他的親人，不也會忠於他的君主嗎！這正是我所需要的人。”
於是，任命他為魯國相。
建安四年199年）二月，曹操到達昌邑。
張楊的部將楊醜殺死張楊響應曹操，眭固又殺楊醜，率眾屯射犬，聯合袁紹。
曹操把司空之位讓給太僕趙岐，朝廷不從。
朝廷因曹操討呂布有功，為他增邑三千戶，曹操固辭不受。
四月，曹操親征河內，並派史渙、曹仁擊殺眭固。
曹操渡河進圍射犬，河內太守繆尚與張楊手下長史薛洪率眾投降。
曹操取得河內郡，把勢力範圍擴張到黃河以北。
當初，曹操舉魏種為孝廉。
兗州叛亂時，曹操說：“唯獨魏種不會背叛我。”
結果，魏種叛逃。
曹操怒道：“你魏種只要沒有南逃越地、北走胡地，我就一定不會放過你！”
取得射犬後，魏種被生擒。
曹操既往不咎，下令給魏種鬆綁，並任命他為河內太守，將河北之事委託給他。
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