渭河上游河谷成為雙方爭奪的地區。
186年冬，叛軍首領——邊章病亡，北宮伯玉、李文侯死於內訌。
新任涼州刺史耿鄙認為可以從中取利，試圖在沒有其他援軍的情況下，在涼州重建中央的統治。
傅燮試圖勸阻，稱百姓並未習慣耿鄙這個長官、軍隊也沒有時間建立士氣，但耿鄙仍自行其是。
187年，耿鄙集結六郡軍隊進攻隴西。先前因為隴西太守李相如倒戈，使得隴西郡為韓遂軍所攻佔。但耿鄙任用貪官程球為治中，讓士紳和百姓感到寒心。
四月，軍隊開至隴西郡治狄道時，耿鄙軍發生兵變，程球和耿鄙都被殺死。變兵在狄道人王國帶領下加入叛軍，合圍隴西以東的漢陽。傅燮身為漢陽太守，善待百姓，遠近敬重，叛軍在和他作戰時躊躇了。
叛軍數次試圖說服他逃跑或投降，但儘管人力物力日益短缺，傅燮仍決心誓死守城。在一場孤注一擲的衝鋒中，傅燮陣亡。
此事後，耿鄙下屬軍司馬馬騰率本部投韓遂，共推王國為帥。叛軍一齊劫掠長安周邊地區，也首次統治了整個涼州，張溫則因平叛失敗而被解職。
188年末，朝廷幾乎放棄了收復涼州的希望，在很大程度上讓地方自守。
但當王國率大軍東進攻長安門戶陳倉時，朝廷再度起用皇甫嵩以解除眼前的危機。皇甫嵩被任為左將軍，帶兵兩萬；董卓也有兩萬部屬，協助皇甫嵩。
當皇甫嵩、董卓到陳倉後，董卓敦促皇甫嵩立即解圍。皇甫嵩卻不同意，認為陳倉防禦堅固，不易被攻克，他們只需要坐等王國軍洩氣。
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王國圍城八十餘日，毫無進展。
189年春，王國軍疲勞了，放棄圍城。
趁著王國軍休息時，皇甫嵩下令追擊，董卓以“窮寇莫追，以免其死戰”的道理反對。
皇甫嵩卻駁回了，認為王國撤退不是有組織的，而是鬥志全失的結果。
皇甫嵩率本部進攻，留董卓殿後，取得大勝，斬首萬餘。董卓為此羞憤，從此滋生對皇甫嵩的怨恨。
陳倉之敗後，王國被韓遂、馬騰廢黜，原信都令閻忠被推為涼州叛軍的新頭領。
但閻忠不久去世，叛軍內鬥並最終分成三個集團——金城的韓遂集團，渭谷的馬騰集團，枹罕的宋建集團。
叛軍的權力從起事的羌胡叛軍轉移到本土漢人叛軍手中，若非是189年都城洛陽的變故，涼州之亂在此時本可被平定。
漢靈帝於189年5月13日駕崩後，大將軍何進為宦官所殺，洛陽隨之發生了政亂。
董卓率兵進入洛陽並掌控朝廷，廢漢少帝立漢獻帝，自任相國。
年末，全國爆發起事，大漢陷入分裂並陷入了混亂。涼州三大叛首各自成為軍閥，並採取了不同的措施，以此適應新的地緣政治背景。
宋建遠離中原紛爭，自稱“河首平漢王”，割據枹罕和河關地區自立。
另一方面，韓遂和馬騰捲入整個政治中央的紛爭之中，並伺機開始與董卓和解。
192年，董卓身亡，餘部李傕、郭汜奪取政權。分別任韓遂、馬騰為鎮西將軍、徵西將軍，官方正式承認了兩位叛首的地位。
但曹操挾天子以令諸侯，認為韓隊、馬騰的官位不合法，於是分別改任二人為金城太守和隴西太守。
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