在同盟國方面，為了印度尼西亞作戰，而進行著密集的準備的時候，日本軍隊方面也為了印度尼西亞的作戰，而做了充足的準備。
由於在此之前，日本陸海軍方面已經達成了協議，相關的協議，包括了，雙方作戰區域的劃分，以及雙方在整體作戰，戰役當中，責任的劃分，日本陸軍將負責蘇門答臘島和爪哇島的攻擊行動，而日本海軍則將負責加里曼丹島和蘇拉威西島以及其他小島嶼的進攻行動。
為了能夠更好的執行，進攻任務，日本陸軍決定，將之前一直在東南亞地區有不錯表現的，山下奉文任命為，印度尼西亞戰役的，陸軍方面最高指揮官。
而山下奉文在得到了陸軍大本營的命令之後，直接在新加坡成立了印度尼西亞作戰的司令部，由於在印度尼西亞作戰需要考慮的事情，要比在東南亞其他地區作戰考慮的事情要多得多。
在東南亞其他地區作戰的時候只要考慮在雨林和潮溼炎熱地區作戰行動就可以了，但是在印度尼西亞作戰還需要考慮印度尼西亞當地的火山，以及各種各樣複雜的高山地形。
為此山下奉文，在正式發動對印度尼西亞的攻擊之前，在新加坡地區組建了日本陸軍特六師團。
特六師團，本來的番號是日本陸軍第六師團。而由於日本陸軍第六師團是正統的步兵師團，沒有經過任何的，特種作戰訓練，再加上山下奉文指揮的日本南方軍中，沒有任何一個師團是經過特種訓練的，為了能夠加快攻佔印度尼西亞的程序，剩下看完直接命令第六師團的師團長接受特種兵作戰訓練。
訓練完成之後的這個師團，將作為日本陸軍攻佔蘇門答臘島的先鋒部隊使用，在山下奉文的計劃當中，日本陸軍將在日本海軍取得在東南亞地區的區域性制海權之後，隨即發起對蘇門答臘島的進攻，由於在整個印度尼西亞看來，蘇門答臘島是向西北部延伸出去的。
對於同盟國海軍來說，維持蘇門答臘島的整個制海權是相當困難的，蘇門答臘島的北部甚至在新加坡以北，這對於蘇門答臘島的防禦來說是極其艱難的。
所以說在蘇門答臘島的登陸計劃，對於日本陸軍來說是比較容易完成的，而且，對於日本陸軍來說，說蘇門答臘島的整體作戰全程也將會非常的順利。
畢竟根據日本情報機關的相關情報，在蘇門答臘島北部的亞齊蘇丹國，已經同日本人之間達成了一定的協議，在這一協議當中，亞齊蘇丹國保證，如果日本軍隊可以快速的擊敗同盟國的軍隊，那麼亞齊蘇丹國，將在之後的作戰中倒向日本軍隊。
雖然說攻佔，蘇門答臘島對於日本陸軍來說是非常簡單的一個人，但是在，日本陸軍的，任務名單當中，蘇門答臘島只是簡單的一款，另一個難度係數比較大的是爪哇島，爪哇島位於印度尼西亞的南部，而且藏在加里曼丹島和蘇門答臘島的後面，更可怕的是，爪哇島上有印度尼西亞最重要的城市，巴達維亞。
這座城市在荷蘭人取得對印度尼西亞的統治之前，就是印度尼西亞地區最重要的城市，其曾經是三任殖民者的統治核心，而經過三任殖民者，特別是最後一段殖民者，荷蘭人的幾百年的加固之後，巴達維亞成為了一個重要的印度尼西亞樞紐城市和要塞型城市。
作為印度尼西亞的首都，巴達維亞一定會被同盟國軍隊層層保護的。
而在這種情形之下，日本陸軍只能指望日本海軍在加里曼丹島取得重大的勝利，才能繼續向爪哇島推進。
畢竟在蘇門答臘島，為攻佔，而這樣的要被攻佔的情況下，加里曼丹島和爪哇島組成的防線，還是對於日本來說是難以攻克的，如果在加里曼丹島被日本還真拿卡的情況下，才有希望，從數個方向爪哇島發動攻擊。
同日本陸軍的作戰方案有著非常大的，不同的是，日本海軍的作戰方案，日本海軍的作戰方案，在最初的時候根本就沒有這麼詳細的規劃。
在日本海軍的眼中，只要聯合艦隊能夠在，印度尼西亞地區取得海上了，那麼，對於任何一座印度尼西亞島嶼來說，日本海軍將會非常輕鬆的就攻佔了。
在日本海軍具體的作戰行動當中，日本聯合艦隊將從新加坡高校切入印度尼西亞的內海，而另外一支日本海軍將從菲律賓方向，進軍蘇拉威西島，然後以蘇拉威西島為中心向周圍擴張。
與此同時，日本海軍陸戰隊將在沙打撈，沙勞越登陸，這兩個英國在一東南亞地區最後的，殖民地，將作為進攻加里曼丹島南部荷蘭殖民地的跳板而存在，在攻佔上述地區之後，日本海軍主力將向巴達維亞發動攻擊。
巴達維亞在日本海軍的認為當中是，同盟國海軍最後一個防守的重中之重，由於巴達維亞在荷蘭印度尼西亞殖民地上具有樞紐性地位，所以同同盟國海軍，即便在前期的海戰，同盟國海軍處於失利的狀態，最終也會讓自己的剩餘力量來守衛巴達維亞的。
在攻佔巴達維亞之後，日本軍隊將在印度尼西亞地區沒有任何的敵人，同盟國海軍和陸軍將會從時遭到毀滅性打擊，剩下的情況就是日本海軍和日本陸軍一起，佔領那些同盟國海軍，已經放棄的，沒有餘力防守的島嶼。
而印度尼西亞戰役最終會在日本，的全面勝利之下結束，這是無論日本海軍還是日本陸軍，都非常堅信這一點。
而在印度尼西亞結束之後，日本陸軍和日本海軍都會進行一次長達一個月左右的休整時期，這是日本陸海軍大本營，提前已經制定好了。
由於之前的作戰行動能一直沒有得到休息，所以為了能夠攻擊更加堅固的巴布亞紐幾內亞，太平洋共和國的本土，以及澳大利亞方向，日本陸海軍必須做出休整。。。
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