康熙掌權後的幾年裡，因為收回了滇南、臺島和漠北，整個天下相對還是比較安穩。
經歷過幾次猛烈的鎮壓之後，叛亂和各地的農民起義也少了很多，哪怕是黃河大水，河洛一帶農田被淹沒，大量人口無家可歸的時候都沒有發生暴動。
就這樣，時間過去了好幾年。時間療愈一切，就連以前的那些苦痛也慢慢被人遺忘，流傳著的也就是百姓口中幾句“那幾年啊，南邊北邊都在打仗，殺了好多人，死了好多人……”
就在天下人都以為滿清的統治將就此綿延下去的時候，邊疆的烽火燃起滾滾狼煙，新的戰事又來了。
順治十五年，葉尼塞斯克的總督帕休可夫就到達了黑龍江的支流石勒喀河，在那裡築起尼布楚城。
康熙五年，波蘭人啟爾哥布斯基在沙皇的支援下，又在阿爾巴津諾修築了阿爾巴津要塞，他在康熙八年獲沙皇委命為總管，此後沙俄便不斷向東北地區深入。
在平定三藩之亂後，康熙亦十分留心東北形勢，時常與臣子商討攻取雅克薩這一戰略要地以及經營東北的方略。畢竟那邊是他們的龍興之地，關乎根源所在，大意不得。
康熙二十四年，清康熙帝派將軍朋春起兵三千人直抵雅克薩，五月二十二日致書沙俄|軍隊勸退，被對方拒絕。清軍先禮後兵，經過部署之後，於五月二十五日攻入雅克薩，沙軍不敵投降。
康熙二十五年，沙俄|軍隊捲土重來，滿清派薩布素、郎談、班達爾善、馬喇等人率兵五千，再攻雅克薩。
經過幾個月的戰鬥，沙俄部隊首領托爾布津被擊斃，沙俄|軍隊傷亡慘重，雅克薩城指日可下。
和歷史上不同的是，這次沙皇政府並沒有向滿清乞撤雅克薩之圍，反倒是成功煽動了現在的準格爾大汗策妄阿拉布坦。
策妄阿拉布坦是葛爾丹的侄子，葛爾丹被殺後就成功上任新大汗，同時心裡也對滿清懷恨在心。在毛子的煽動下，他準備派兵攻打西疆。
因為在前不久，和碩特汗國發生內亂，正是千載難逢的好機會。
和碩特汗國領導人拉剎汗與活佛系統的第巴總管）桑結嘉措內訌，桑結嘉措被拉剎汗所殺。
第巴被殺後，拉剎汗還覺得不解氣，致書康熙皇帝稱五世活佛所立的六世活佛倉央嘉措整日在外廝混，不僅經常喝酒撩妹寫情詩，還不修佛法，不顧本職工作，沒一點出家人的樣子，請求康熙將其廢黜。
康熙皇帝看到後也覺得其不像樣，輕率地下旨廢黜倉央嘉措的活佛封號，還要求將其押送京城受審。
這直接讓西疆的兩個力量系統對立，拉剎汗國大亂。
康熙二十五年冬季，準格爾大汗策妄阿拉布坦派出名將大策凌敦多布，率領六千精兵翻越高聳入雲的喀喇崑崙山，穿越杳無人煙的阿里無人區，突然出現在拉剎城下。
拉剎汗毫無準備，加之一些信佛疆人關鍵時刻全部反水，結果被準格爾軍徹底擊敗，他本人兵敗身死，和碩特汗國滅亡，西疆全境就此全部落入了準格爾汗國的手裡。
準格爾汗國拿下青藏後，一方面可以直接威脅川西高原與關中谷地的安全，另一方面更是控制住了當地佛教的教權。
於此同時，沙俄也蠢蠢欲動，要不是冬季下了場特別大的雪，現在他們恐怕已經兵臨滿清北方邊境。
康熙皇帝聞訊後十分震驚，立即調集軍隊進軍雪域高原。
但是，大策凌敦多布確實戰力強悍，在康熙二十六年春季的喀喇烏蘇之戰中大敗侍衛色楞、總督額倫特統轄清軍。
康熙認識到青藏的準噶爾軍實力同樣不俗，決心親自率軍出征。
這回他調集兵力約二十萬人，還採取了之前進攻鄭克臧時軍事攻勢與政治攻勢兩手抓的策略，一邊對準格爾汗國在西疆的軍事力量實施打擊，一邊護送清帝國冊封的活佛回西疆。
終於在康熙二十九年，大策凌敦多布被清軍平逆將軍愛新覺羅.延信擊敗，不得不逃離西疆。
之後，清軍和策妄阿拉布坦新派來的軍隊在拉剎城展開了激烈的廝殺。
康熙二十九年夏，北邊的沙俄派軍五萬直擊滿清北邊各處，邊疆守衛沒有及時反應，被破。東北大半和部分漠北之地被沙俄吞沒。
清軍緊急抽調十萬軍隊北上反擊，但是這次沙俄派來的軍隊是西線戰場上久經考驗的精銳部隊。雖然清軍人數上佔據優勢，但因為對方只守不出，所以也難以取得突出戰果。
兩邊戰線的戰況都焦灼不下，國內也因為戰況不利而有些人躍躍欲試，但是因為十多年前的那場鎮壓，沒有多少人敢於冒頭。
康熙三十年，河洛和整個長江下游大旱，活不下去的百姓流竄進州縣。
