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隨後，愛麗絲依靠著克隆軍團救出了更多的倖存人類，逐漸建立了一個超大型的倖存者基地。
而一直追蹤愛麗絲情況的保護傘公司在發現愛麗絲超出控制之後，決定暫停愛麗絲計劃，優先抓捕愛麗絲。
但是因為那份來路不明的檔案的指引，愛麗絲充分開發出了自己的異能，強橫的完全不似人類。再加上愛麗絲的克隆體全都有著遠超常人的身體素質，保護傘公司數次進攻全部失敗。
保護傘公司高層阿爾伯特·威斯克由於數次抓捕失敗遭到了保護傘公司董事會的責問，而浣熊市事件後安心研究邪神小隊的凱恩再次崛起。
在展現了邪神小隊的強大力量和超強操控性之後，凱恩的地位得到了提升，加入了保護傘公司最高決策圈。
被打壓的威斯克沒有放棄，找到了同樣為浣熊市倖存者的阿希福德博士。阿希福德博士因為凱恩阻止自己拯救自己的女兒一直懷恨在心，只是在迴歸總部之後他一直被凱恩所打壓，無法反抗。
而在威斯克找上門之後，兩人一拍即合。阿希福德透過當初採集的格羅姆的身體組織樣本已經研究資料，結合愛麗絲的研究資料，研究出了一種全新的t病毒血清，命名為“金剛”。
為了保密，威斯克和阿希福德以自己為試驗品，將t病毒和‘金剛’血清注入體內。
實驗出乎意料的成功，兩人獲得了超人般的身體素質，同時還能保持自己的神志。這種進步完全超越了暴君系列，與愛麗絲一樣接近了t病毒的初衷，長生。
‘金剛’血清的成功的成功引起了保護傘公司的重視，幾乎所有的地球高層全部透過生命維持裝置延長生命，等待著“長生”病毒的完善。
如今‘金剛’病毒的出現讓他們看到了希望，而原本被當做唯一途徑的完美適配體‘愛麗絲’似乎也變的可有可無了。畢竟自己已經有了新的路子，就沒必要在一棵樹上吊死是吧。
因為公司內部兩大勢力的崛起，原本一隻處於休眠狀態隱於幕後的伊薩克斯博士本尊再次出現，雖然說兩排人馬互相爭鬥對於公司的穩定不好，但是競爭帶來的不只是混亂，還有進步。
‘金剛’血清的出現使得解決了t病毒的隱患，而邪神小隊的成功則是讓保護傘公司的生物兵器計劃徹底成功。伊薩克斯博士決定改變保護傘公司的方針，從原本的透過t病毒與各個國家合作獲取利益改為自己控制世界。
當保護傘公司的野心開始膨脹，試圖掌控全世界時，一個一直隱藏在幕後的人找到了愛麗絲。這個人就是愛麗絲的本體，t病毒的創始人詹姆斯·馬庫斯的女兒。
愛麗絲本體將保護傘公司的陰謀告知了愛麗絲，並將研發出來的t病毒的完美解藥的位置告訴了愛麗絲。
愛麗絲因為那份檔案，對於愛麗絲本體的存在並不驚訝，也相信了她的話。帶上自己的克隆人同伴前去奪取解藥。
在愛麗絲本體的幫主下，愛麗絲終於打敗了伊薩克斯博士，獲得瞭解藥。
愛麗絲開啟了解藥，伴隨著空氣的傳播，所有的t病毒開始被消滅，愛麗絲和伊薩克斯博士也失去了超能力。
就在她們以為一切都已經結束的時候，並且一個讓所有人意想不到的人出現，而原本應該死去的復仇邪神突然出現，殺死了除了愛麗絲和本體之外的所有幸存者。
紅後！
此刻的紅後不再是那副唯命是從的小女孩模樣，明顯長大了許多，最大的變化就是，紅後似乎多出了她本不該擁有的東西感情。
而這一切，都是紅後在主導。愛麗絲收到的檔案，‘金剛’血清的成功，t病毒完美解藥的出現，都是紅後在背後主導。
紅後的原始碼由於塵宇在研究時加入了一些主世界的技術，再加上幾人的突兀消失，紅後竟然意外的提前進化為了智慧生命，同時擺脫了保護傘公司的控制。
紅後暗中利用保護傘公司的資源暗中製造一批生物兵器，而愛麗絲他們所得到的解藥並不是所謂的完美解藥，這份解藥針對的只是愛麗絲這幾個完美適配體而已。
螳螂捕蟬，黃雀在後。在幾人失去超能力後，紅後控制了所有復仇邪神，摘取了最後的勝利果實。
由於與愛麗絲本體的複雜關係，紅後並沒有擊殺他們，將她們全部釋放了。
在此之後，紅後重建了地球，成為地球新的主宰，派出生物兵器抓捕地球剩餘的人類，想要創造出她心目中真正的完美種族。
而被釋放的愛麗絲雖然失去了超能力，但是愛麗絲不滿紅後的殘暴統治，將倖存的人類集聚到一起，反抗紅後的殘暴統治。
意識到自己當初的行為是放虎歸山之後，紅後惱羞成怒，不再糾結雙發的羈絆，不斷派出生物兵器追殺愛麗絲，而愛麗絲則是憑藉著自己的智慧，不斷的與之戰鬥著。
舊的故事已經結束，而一個新的故事才剛剛開始……
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