內閣負責人由某殿大學士、首輔什麼的統一改稱為首相，首相有兩個副手，稱副相。首相的權力極大，在民政這一塊，文官五品以下的任免，單筆財政支出在100萬銀元以下者，首相主持召開內閣會議就可以單獨決定，不必再票擬送司禮監批紅——自朱元璋廢除丞相制度，大學士只是顧問和參謀的狀況，到了這裡得到了改變。大明的文臣們再一次有了像唐宋的丞相們那般，在一些具體事務上有了獨斷的權力。
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這當然是朱由棟在立憲方面得罪了文臣後，拿出來安撫文臣的措施之一。當然，做皇帝這麼多年，他也深切的感受到：哲學裡的重點論是真理，什麼都要管什麼都要抓是可以的，但這麼做很可能是什麼都做不好。適當的放出去一些權力，抓住更重點的東西，才符合取捨之道。
首相與副相之下，是各部尚書。但是現在，大明徹底廢除了三省六部制，而是改為了帶有濃厚穿越者風格的近代政府制度。
吏部拆分為人事部、勞動部。前者掌官員考核升遷任免，後者主要負責社會保障。
戶部拆分為財政部、稅務總局、農業部、工商總局、商務部、審計總署。
禮部拆分為教育部、外務部，專門負責接待外賓的鴻臚寺併入外務部。部分禮部人員與太常寺、光祿寺合併，成立新的禮儀總局，負責國家內部各項典禮的安排籌備工作。
兵部拆分為國防部、兵役總局。以前專掌全國馬政的太僕寺合併入國防部。
刑部拆分為公安部、司法部，部分人員與大理寺合併，成立最高法院。
工部拆分為建設部、重工業部、輕工業部。
以方山科學院為基礎，合併欽天監，新成立科技部。
以方山科學院醫學實驗室為首，合併太醫院，成立衛生部。
詹事府、國子監、翰林院三個機構合併，成立大明政治學院：從此之後，這裡就是大明的官員繼續提高的地方。
以張世澤的既有班底為基礎，新成立宣傳部，專掌文化宣傳。全國的報紙、劇團、說書人甚至秦樓楚館的職業女性們全都劃入了宣傳部管轄範圍。除此之外，將逐步的允許民間資本進入傳媒業。
大明皇家銀行繼續保留，但存款貸款的職能要逐步減弱。國家準備再成立三至五家官方銀行，並逐步開放民間資本成立私人銀行。
通政司保留原名，但其職責轉變為內閣的辦公廳。
都察院保留原名，但其職責已經徹底轉變：風聞言事被禁止，糾察官員道德問題被置於極靠後的位置。現在的都察院，獲得了獨立的經費，獨立的調查權，其工作職能主要在於監察百官的履職和經濟問題，另外還承擔政府公訴職責。
錦衣衛保留原名，詔獄繼續保留。不過作為國家情報機關，雖說他仍然保留了一定獨立的司法權，但這種權力，更多是針對被認為可能是間諜的相關人員的審訊。對於官員的一般審訊，只能走法院。
廢除尚寶丞，其掌管、製作印璽的職責，轉入內廷。
內閣首相、樞密使、最高法院首席法官、都察院左都御史四人，是大明大臣的頂端，俱為正一品。
副相、樞密副使。次席法官和右都御史為從一品。
新成立的各部尚書、總局局長，政治學院院長，錦衣衛指揮使，皇家銀行行長等，均為正二品。
按照朱由棟的旨意，在中央政府各部門完成重整後，大明境內的各省、區，以及省下面的州府，除外交、國防、民族事務、幹部培訓、國家情報等部門外，其他的，均要按照中央政府新部門的設定，在地方政府裡設定相應的部門。
至於縣級政府，限於這個時代的社會發展水平，倒是暫時不用把相應的部門全都也跟著設定齊全。但是縣衙裡也要設定相應人員來對接上級政府各廳局的工作。
在這一整套政府架構設定完成後。朱由棟又下了一道聖旨：新機構設定完成後，逐步廢除吏、役，改以全面公務員制度。從天啟十三年開始，國家不再有所謂的科舉，而改以中央政府公務員考試和地方公務員考試！
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