說起波多家的內亂，還要從上任家督波多盛說起。
歷史上波多家是從平安末期開始活躍在肥前松浦地區的上松浦黨最大的一族。由松浦黨佐志氏分裂而來，以東松浦郡波多村為中心，敘從五位下，以岸嶽城為根基，奠定了後期波多家的崛起。
波多家的譜系也是非常混亂的，像是波多氏家譜，松浦黨大族譜，源光寺松浦黨族譜等等記載還都有相互矛盾的一方。所以要考證的話，難度還是非常大的。
室町時代波多家和同為松浦黨的佐志氏、呼子氏、等共同進行海外貿易，但是由於沒有自己的港口，海外貿易並不順利。主要是因為佐志氏、呼子氏、鹽津留氏等支配著壹岐島，而波多家，是他們的對頭。
波多家也明白這一點，於是在文明四年1472）當時的波多家家督波多泰率軍突襲壹岐島，把佐志氏的代官驅逐，將壹岐島納入以及的統治範圍，從此波多家依託岸嶽城，再透過壹岐島的海外貿易，迅速在財力、軍力上超過了其他的上松浦，最終成為上松浦黨的首領。
帶領波多家走入最輝煌的時代，是波多泰之孫波多興，波多興透過於大內家結盟，並且於有馬、涉江、平戶松浦、相神松浦等國人聯姻，均操持非常友好的關係。
但是到了波多盛後，開始出現了問題。
由於波多盛無子，在天文十六年1547）波多盛突然去世後，波多家的重臣們包括鶴田氏、日高氏、相知氏青山氏等共同反覆商議，決定從波多盛擔任壹岐代官的弟弟三個兒子波多隆、波多重、波多正選出一個繼任波多家家督。
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但是，波多盛的遺孀真芳殿則認為想要在亂世中立足，就應該從國中有實力的大名中選擇領養一個作為養子，從而保證家運長久。於是她選擇了有馬義貞的兒子藤童丸後來的波多親）作為養子。
但是日高、鶴田等上松浦黨們認為自己的苦心被辜負，和真芳殿發生了激烈的爭執，雙方漸漸的劍拔弩張起來。
真芳殿認為反對她意見的頭目是日高資，於是在岸嶽城中將其毒殺，隨後又在永祿七年1564）將鶴田直邀請至岸嶽城，在其返回的途中將其殺害。
由於日高資和鶴田直結連被謀殺，於是日高家、鶴田家等上松浦黨們將真芳殿和藤童丸流放，二人逃到草野家的鬼之城。岸嶽城由日高喜支配，並將鶴田家奉為上松浦黨的首領。
但是日高喜和鶴田氏肆意妄為，最終由高江城城主有浦高聯合值賀、青山等家，並依靠龍造寺、有馬家的支援，在永祿十二年1569）重新奪回岸嶽城，擁立了真芳殿和藤童丸。
藤童丸領大友義鎮一字，改名波多鎮後改名為波多親）接任波多家家督，但是逃至壹岐島的日高喜將壹岐波多家的勢力驅逐後，投靠了平戶松浦家。
所以，雖然波多家的內訌解決了，但是波多家，也從此沒有了往日的輝煌。
龍造寺隆信崛起後，降伏鶴田氏，追討草野氏、討伐平井氏、逼降後藤氏。在此期間，波多親時而支援隆信，時而又和隆信敵對，態度曖昧不清。
於是天正五年1577）龍造寺隆信將養女嫁給波多親，又將自己的孫子彌三郎塞給波多家作為繼承人，這才平息了上松浦黨。
而後在沖田畷之戰後波多親又透過有馬家和島津家搭上了關係，和筑前原田家和平戶松浦家展開了攻略。
再往後，就是猴子豐臣秀吉九州征伐了，然後就沒有然後了。
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