南山大本營作為軍司令部。
劉正任興漢軍司令，賈詡任總參謀長，郭嘉任總參議長，王越任暗衛提督，甘寧任海軍提督，太史慈任兩棲戰隊隊長，編制為團級。
趙雲任第一軍軍長，下轄三個團：第一團為幷州團，團長方悅；第二團為涼州團，團長張繡；第三團為丹陽團，團長周泰。
這是劉正配備的陸戰軍，作為即將到來的亂世中第一支展示鋒芒的勁旅。
軍長趙雲擁有一個加強營編制為千人的直屬部隊。
第一軍的幾支部隊的特點為：幷州團擅長陣地戰，涼州團突擊能力很強，丹陽團馬上步下，天下至銳，所有戰士黑馬黑甲，又稱黑甲騎兵團。
這支隊伍交給趙雲，劉正是想讓他第一個參與時代風雲。
黃忠為第二軍軍長：第四團為守備團，團長郝昭；第五團為屯墾團，團長張合；第六團為預備團，團長蔣欽。
第二軍有三個任務：郝昭團負責南山大本營的防務，張合團負責開荒種地，並且按照黃忠交代的辦法教會所有的南山百姓科學種植。
第六團作為預備團，主要負責兩個任務：一是新兵集訓，替各團準備合格的預備兵員；二是營以下軍官培訓，為未來的擴編儲備人才。
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海軍下轄兩支艦隊：錦帆艦隊為海上艦隊，主要由甘寧負責，駐紮地點：泉州。編制五千人，並負責籌建淨海城。
第二艦隊為青州艦隊，負責內陸水上戰事，太史慈統領，並訓練一支兩棲作戰的勁旅，編制三千人並負責南山大本營四周的剿匪。
至於政務方面：魯肅總領政事。
劉義負責與鄒靖交涉，儘可能的購買南山周圍的土地。
沮授負責以紀效新綱為藍本，編撰新的律令，以抑制土地兼併為第一要務，按田畝徵稅，綜合稅率十稅一。正式確立士農工商的平等地位，商稅按交易量收稅，為十稅二。
劉正賜馬鈞天工開物手冊，負責籌建南山城。
荀攸負責農具督造以及基礎製造業的相關規劃，劉正也賜下了相關範例，供荀攸理解分析，以先進的工具帶動農業發展，便是興漢軍選擇的發展道路。
關於暗衛方面：王越提督大漢十三州的情報機構，劉正把最先進的間諜思想給王越拓印了一份，利用王越在武林中泰山北斗的地位，組建一支集情報收集，分析與處理的高效運作團隊。
特別是劉正特別交代的幾個風雲人物，都會在第一時間安排人手，以最合理的方式進入他們的視線。
特別是劉備，成了王越當前最大的任務目標。
史阿負責主持暗殺、除奸等相關戰鬥編制的武林人士的統一籌劃。
燕趙多慷慨悲歌之士，劉正覺得，武林人士，就不能太閒了，人盡其用，你好，我好，大家都好。
賈詡負責秘衛，對內部人員的秘密監督。
也許會存在隱患，但是沒有監督的放權，會是滋生野心的溫床。憑藉著記憶，劉正知道誰堪大用，但卻不會因為個人好惡，武斷的認定忠奸。
真金不怕火煉，被煉壞了的，都不是真金。
暗衛才是劉正的殺手鐧，也是他最後的底牌。
劉正最滿意的，還是被方悅拐帶而來的典韋。
